阿克巴用武力和懷柔的手段，15年的時間裏統一了北印度。他又用16年時間把版圖擴大到遙遠的西北地方。最後，他又用了3年的時間，平定了南方的幾個王國，從而建立了一個強大的莫臥爾王朝。
為了鞏固自己的政權，阿克巴對自己國家的內務進行改革整頓。他命令官員重新丈量土地，將帝國分為182個稅區，嚴格分別等級征稅；他還廢除將戰俘賣為奴隸的習俗；下令取消人頭稅、香客稅（對朝聖的印度教徒征收的稅）、田賦附加稅，遇到天災人禍，則一律免交田賦；全國統一了度量衡，促進了工商業的發展。正是阿克巴這一係列“懷柔”政策，有力地緩解了因爭戰而帶來的各種矛盾，為這時期印度的繁榮穩定做出了巨大貢獻。
在解決各教派衝突方麵，阿克巴本著相互尊重、平等互讓的原則做了大膽的嚐試。阿克巴信仰伊斯蘭教，而印度長期流行的是印度教，因此印度教和伊斯蘭教之間經常發生矛盾衝突在所難免，這極大地影響了國家的安定團結。為了協調印度教和伊斯蘭教教徒們的關係，阿克巴采取了一係列措施。他宣布各教派平等，選用印度教人士做高級官員，自己還娶了信奉印度教的貴族的女兒做妻子。阿克巴自己還在宮廷中采納印度教慣例，每天清晨登陽台接見臣民，參加印度教節慶，朝廷覲見時佩戴印度教標誌等。印度教把牛當做聖牛，不許宰殺，阿克巴為此禁止宰牛、殺生，還在宮中點上了長明燈。
阿克巴不僅在解決各教派矛盾的問題上做出了貢獻，而且還在印度宗教發展的曆史上貢獻了智慧。阿克巴出於自己“寬容大度的個性”和自己“對宗教思想的追求”，創立了一個沒有上帝、沒有先知、沒有教務的“聖教”。這種宗教的特點是提倡廉儉，其教義是要求信徒“棄絕世俗欲望而求得救”。要求入教的人，可以直接見到阿克巴，將頭巾放在阿克巴的手中，將頭放在阿克巴的腳上，阿克巴將人扶起，向他祝福，給他戴上頭巾，送他一幅自己的肖像，這人就算入教了。這個宗教要求信徒忠於國君阿克巴。教徒們把阿克巴當作上帝，相見時呼叫“安拉——阿克巴”（意為“阿克巴即真主”）。信徒還效忠皇帝獻出自己的財產、生命、榮譽等。阿克巴的“聖教”既無廟宇，又不祈禱，隻要求教徒平時愛護動物，盡可能施舍、賑濟或做好事。“聖教”也不強迫別人信教。阿克巴的宗教措施，緩和了當時的宗教矛盾，使不同教派和平相處，莫臥爾帝國的統治也因此得到了鞏固。
阿克巴做為國王，一方麵他尊重印度教，但另一方麵對印度教的陳規陋習則加以禁止，反對寡婦自焚殉身、殺嬰、童婚、近親結婚以及不許寡婦再嫁等，這些人性化的規定，不僅說明一個社會文明的進步，也是對傳統文明的挑戰。
阿克巴當政時期，既善於理財和用人，又尊重各民族不同的宗教信仰，這樣，印度國內的矛盾緩和，人民過著安居樂業的生活。
1605年10月，阿克巴去世。他的後代繼續統治印度的五十多年（1605～1657年），這是莫臥爾帝國興盛、封建經濟發展的時期。後期莫臥爾王朝的曆史是一段戰亂頻繁，民不聊生，帝國主義入侵加劇並最後確立對印度殖民統治的曆史。
印度古文明的暴力終結
葡萄牙人占領下的印度地區
葡萄牙人在開辟東方航線上扮演了重要角色。1488年，航海家巴托洛梅烏·迪亞士到達非洲南端的好望角。1498年5月，瓦斯科·達·伽馬率領遠航隊繞過好望角，到達印度西岸的卡裏庫特。他從這裏運回大批絲綢、香料、象牙和寶石等，獲純利達航行費用的60倍。巨大的利潤的魅力深深誘惑著貪婪的達·伽馬。1502年，達·伽馬再次來印。野心勃勃的他企圖排擠阿拉伯人，獨攬同印度的貿易，遭到當地印度教派的反對。但他還是成功地在卡裏庫特、科欽和坎納諾爾建立了葡萄牙人的商業據點。1505年，葡萄牙人任命阿爾梅迪亞為第一任駐印總督。為了充分利用葡萄牙強大的海上力量，阿爾梅迪亞把工廠和商業中心建在沿海地區，以獲取最大利益。1509年，阿布奎基接替阿爾梅迪亞。次年他從比賈昔爾的蘇丹手裏奪取了果阿，以後又在印度洋建立了一係列海軍基地。為了在印度長久立足，阿布奎基采用了最直接有效的辦法，他鼓勵葡萄牙人與當地人通婚，從而達到“殖民”的效果。在占領了馬六甲（1511年）和霍爾木茲島（1515年）以後，他終於排擠掉阿拉伯人的勢力，如願壟斷了東方海上貿易。他的後繼人又沿印度西岸和孟加拉建立了若幹新的定居點，如第烏、達曼、薩爾塞特、巴塞因、喬爾、孟買、胡格利等，到16世紀中葉葡萄牙便控製了錫蘭島。
葡萄牙人不僅在經濟政治上統領著印度，而且還企圖在意識形態上奴役印度人民，在他們的占領區內實行瘋狂的宗教歧視政策，用種種手段強迫當地人改信基督教。不僅如此，他們的行徑也到了令人發指的地步，他們到處拆毀印度教寺廟，甚至把受到南亞和東南亞佛教徒普遍崇拜的佛牙搗碎，扔到海裏。1550年，宗教裁判所成立，最初隻針對穆斯林，後來又加上了印度教徒。他們把汙物塞進阿拉伯商人的嘴裏，再用豬肉堵上，或者把婆羅門的耳朵割去，縫上狗耳，以此侮辱折磨不肯放棄原有信仰的人。對於反抗者，他們用盡殘酷手段，或把他的肢體砍去，或者殺死。派駐印度的葡萄牙官員由於薪餉不足，大多玩忽職守，而把精力集中於個人經商，根本無心管理，也不管印度人民的死活。印度人民的反抗，葡萄牙殖民者本身的腐敗，加上莫臥爾軍隊的南下，以及荷蘭、法國和英國人的相繼到來，在各種因素的影響下，葡萄牙人在印度和東方百餘年的優勢逐漸喪失。17世紀初葉，葡萄牙在印度的殖民地紛紛被荷蘭人掠去，到40年代，剩下的隻有果阿、達曼和第烏了。