遺憾的是坎寧安也與哈拉巴文化失之交臂。當時坎寧安作出了一個錯誤結論，認為這枚印章是從外國傳入印度的。盡管如此，前人的發現特別是坎寧安發掘的黑色印章，仍為後來的考古學者提供了重要的線索。
1902年，躊躇滿誌的約翰·馬歇爾來到印度後，繼任為印度考古勘察總監。他根據坎寧安等人留下的線索，指揮各支考古隊在哈拉巴等地繼續進行發掘，但一直沒有進展。
研究員J·H·弗利特給馬歇爾的事業帶來了轉機。弗利特仔細研究了大英博物館收藏的哈拉巴出土的印章文字，正確地判斷到：印章文字絕非婆羅迷字母係統，也不同於兩河流域蘇美爾人的楔形文字，它的年代必定比人們的想象更為古老。
在馬歇爾和沙尼在哈拉巴發掘的同時，R·D·班納基也發掘了死亡之丘——摩亨佐·達羅。兩地都發掘揭示出一種相同的古代城市文明，即學者們所謂的“哈拉巴文化”。
至此，馬歇爾可以驕傲地向全世界宣布：他與同伴們發現了一種極為古老而獨特的偉大文明，而且它是在印度河流域自身獨立發展起源的。
公裏。盡管城市的大小不一，但其建築布局相類似。城市分衛城和下城兩大部分，甚至蓋房用的小磚和砌城牆用的大磚，其長、寬、高的比例都大體一致，為4：2：1.這並非偶然的巧合，而是充分說明哈拉巴文化各地之間存在著密切頻繁的交流。
哈拉巴文化的城市以摩亨佐·達羅存留的遺跡較多，也最能體現這一時期城市的特征。摩亨佐·達羅的衛城建在較高的山崗上，四周圍以磚牆。其中心地區有一個磚砌的大浴池，長12米，寬7米，深2.4米，池壁有防水的瀝青層。兩端的階梯通向池底。這個浴池大概是人們舉行宗教儀式時沐浴淨身的地方。衛城東麵是一組建築物，其中的一個大廳，麵積約170平方米。南邊有一排建築物，包括一個25平方米的廳。這些建築物無疑是城市的辦公地點和公眾聚會的地方。衛城的西麵有27排建築物，帶有通風孔道，是堆放糧食的倉庫。倉庫的周圍有一些供勞動者居住的小房舍。從衛城的建築來看，這裏是城市的統治中心。
摩亨佐·達羅的城市建築，在一定程度上反映了當時整個社會的狀況。衛城的城牆和辦公用房，表明統治權力的存在和淩駕於普通勞動者之上的國家機構已經形成。住宅的差別，表現出居民貧富的分化和階級對立的存在。這一時期的城市國家，無疑是建立在階級對立基礎之上的。不過，要對哈拉巴文化的結構和城市國家的政治特點作出詳細的說明，是相當困難的。因為，作為文明重要標誌之一的文字，在哈拉巴文化的遺址中雖已發現，但這些文字至今尚未譯讀成功。由於無法運用文獻資料，隻有依據考古資料來作一些分析。
據考古資料，可知哈拉巴文化是由多種文化成份構成的。從遺址中的遺骸來看，有地中海人、南方古代人、蒙古人等等。居民的葬式有各種不同的土葬和火葬方式，表現出不同的社會風俗特點。宗教習慣也多有不同之處。摩亨佐·達羅、卡利班甘等城市建了大浴池，有與沐浴相關的宗教禮儀，而哈拉巴和洛塔爾等則沒有。洛塔爾設有火祭壇，這種火祭壇又見於卡利班甘。不過，在多種文化成分構成的哈拉巴文明中究竟何者占主導地位，至今還難以定論。
哈拉巴文化城市國家的分布情況，也不十分清楚。據現有的資料，僅大體上可以認為哈拉巴、摩亨佐·達羅和甘瓦裏瓦拉是三個較大的城市國家的都城，或是城邦聯盟的中心所在地。這三個城市的勢力範圍較大。甘瓦裏瓦拉靠近印度河五條支流的彙合處，周圍的居民點密集，農業較發達，並與拉賈斯坦的銅產地及其銅器製造地相鄰。它在控製農產品和銅產品的加工、貿易方麵起著重要的作用。哈拉巴位於印度河上遊，北部的小喜馬拉雅山脈、西部的蘇來曼山脈和西南的北拉賈斯坦蘊藏了豐富的礦產，旁遮普則有茂密的原始森林。在控製礦產和森林資源方麵，哈拉巴有相當的勢力。摩亨佐·達羅位於印度河下遊，距哈拉巴約600公裏。周圍分布著許多大小不一的城鎮和村落遺址。古代印度與西方交流的三條重要通道，即波蘭山口、俾路支斯坦南部平原和通往阿拉伯海的港口都由它控製。摩亨佐·達羅所處的位置，表明它的作用更多地是往其他城鎮輸送資源產品，以及與西方的兩河流域、波斯灣地區進行貿易。這三座城市在社會經濟生活中發揮了不同的作用，其文化特點也多有相異之處。哈拉巴的手工業品有花色多樣的陶器，印章上的動物形象豐富多彩，陪葬品也各種各樣，表明其居民有不同的文化背景。摩亨佐·達羅的文化則表現出較強的統-性。
關於城市國家的政治體製情況投有確實的記載，人們隻能根據考古發現作-些推測。哈拉巴文化的遺址中未見大型的王室墓地，可能強大的王權還沒有形成。遺址中出土了近兩千枚印章。它們可能是權力與所有權的象征。印章上的圖形有獨角獸、公牛和山羊等等。在圖形印章中，刻有獨角獸的最多，約占60%；其次為刻有公牛的印章，且這兩類印章分布也較廣泛。據此，可以推測源於獨角獸氏族和公牛氏族的人在哈拉巴文明的統治階級中占有較重要的地位，國家權力機構中還留有一些氏族製度的殘餘。
軍隊是維護統治的工具，據考古發現，我們可以知道這些城市國家已組建了軍隊。在遺址中發現許多三角形、球形的石塊或陶塊，是用於作戰的兵器。印度河流域邊緣地帶有一些孤立的哈拉巴文化遺址，出土物多為這一類的石塊和陶塊，還有燒製陶塊的窯，這些很可能是城市國家派出的軍隊的營地。在哈拉巴文化遺址中未發現製作精良的兵器。摩亨佐·達羅出土的長矛單薄，矛頭易彎，箭頭也很小。種種跡象表明，哈傳巴文化時期的城市國家軍事力量並不發達，這給後來雅利安人的侵入留下了有利的時機。