岡比西斯的日子並不因目的達到好過多少，在埃及期間，他的癲癇病越發嚴重起來，整天情緒暴躁，不時發狂。有一天，正好是埃及人的一個宗教節日。他看見埃及人歡天喜地慶祝自己的節日，便認為是在嘲笑他征服埃塞俄比亞的失敗。於是，大發雷霆，親自率人將正在慶祝的埃及人趕走。並將埃及人最崇拜的聖牛殺掉，使在場的埃及人大驚失色。
不久，為防止自己的親兄弟巴爾迪亞爭奪王位，他又派人返回波斯將他謀殺。因為他的皇後規勸了他幾句，他暴跳如雷，拔刀將皇後殺死。
他的神經總是處於十分的敏感狀態，特別忌諱人們說他有病，生怕手下人說他施政無方。一天，他問自己的大臣普列克撒斯佩斯：“你說波斯人認為我是怎樣一個人，都在談論我什麼？”普列克撒斯佩斯小心翼翼地答道：“他們都在稱頌陛下，但是……”但是什麼？岡比西斯接著問道。“但是……他們也說您喝酒有點太多了。”岡比西斯臉色立刻陰深起來：“上次我問了幾個人，他們都說我比我父親居魯士還強，隻有一個人反對，他說我隻有一點比不上我父親居魯士，因為我還沒像他那樣，有像我一樣出色的兒子。怎麼他們現在又認為我有缺陷呢？”他憤憤地繼續說：“我現在就要判定一下，是波斯人講了真話，還是在說謊。”
岡比西斯說完，便派人把普列克撒斯佩斯的兒子帶到宮中。然後對普列克撒斯佩斯說：“你的兒子就在門外，如果我一箭射中他的心髒，那就說明說我不好的波斯人錯了。如果我射偏了，那他們就說對了，是我失去了理智。”說完這番話，他便讓士兵揪住那個孩子，拿起弓箭，一箭射了過去，正中孩子的胸膛，把孩子射死。岡比西斯狂笑道：“我很清醒，是波斯人瘋狂了。”
在埃及的3年期間，岡比西斯的癲癇病越來越厲害，發狂的時候也越來越多。許多大臣每天都是膽戰心驚，生怕岡比西斯哪一天發起狂來，將他們其中的哪一個殺掉。
就在岡比西斯在埃及胡作非為的時候，波斯國內出現了大亂。在岡比西斯皇宮裏，有一個叫高墨達的拜火教僧侶，利用波斯人對岡比西斯暴虐無道的不滿情緒，假冒被岡比西斯殺死的王子巴爾迪亞的名義，於公元前522年3月，在首都愛克巴坦那發動了政變，宣布廢黜岡比西斯，自立為波斯皇帝。
政變之後，高墨達又宣布，免去帝國境內所有人民3年捐稅和兵役。高墨達的這項措施大得民心。大多數波斯人、米底人、巴比倫人、亞述人早就痛恨岡比西斯的暴政，因此高墨達的免征賦稅和兵役的措施一頒布，人人都說新皇帝好，紛紛起來擁戴冒名巴爾迪亞的高墨達。一些不滿當地豪門貴族的百姓，也趁機揭竿而起，將那些經常作惡多端的富豪，殺死或趕走，把他們的家財分光。
岡比西斯得到國內大亂的消息後，急忙率領部隊回國，還未平定叛亂，不久，就因癲癇病發作一命嗚呼了。