1946年5月3日，由中、蘇、美、英等11國代表組成的遠東國際軍事法庭，在對東條英機等戰犯進行了長達半年的調查後，正式開庭審判。法庭設在日本軍國主義的老巢——原陸軍省的一座建築內。上午11時，東條英機、板垣征四郎、土肥原賢二等28名甲級戰犯被押解到法庭上。在近兩年的審訊過程中，東條英機始終拒不認罪。他竟胡說日本發動對外侵略戰爭是“自衛戰爭”，“天皇對戰爭沒有責任”；還胡說什麼“九·一八”事變和“七七”事變是“由中國人的不正當行為引起的”。當法庭宣布他將要被判處絞刑時，他故作鎮靜，微微點點頭說：“死刑嗎？好，明白了，明白了。”他在死前寫的遺書中說：“想起剛開戰時的情況，令人悲痛斷腸！這次死刑，對個人是個安慰，但作為國際性的犯罪，我始終認為是無罪的，隻不過是在強力麵前的屈服。”
1948年11月4日，遠東國際軍事法庭再次開庭，宣判日本首要戰犯25人有罪。其中東條英機、板垣征四郎、土肥原賢二、鬆井石根、木村兵太郎、廣田弘毅、武藤章等7人被判處絞刑。
7，東京都豐島區東部，東條英機等戰犯被捕後便一直被關押在這裏。盡管美軍方麵給了戰犯們一定的行動自由，但由於生死未卜，被關押的戰犯都極度恐慌，惶惶不可終日。11月12日，判決下達後，被處絞刑的7名戰犯便被關入了單間，與其他戰犯隔離開來，由專門的衛隊看守。醫務人員每15分鍾為他們檢查一次呼吸、脈搏。
1948年12月22日，7名戰犯被告知次日淩晨將對他們執行絞刑。當時7名戰犯都很悲傷，麵色陰沉。此時的東條英機已變得十分敏感。他原來最怕未被通知就被從床上拖去行刑，如今得知了自己的行刑時間後，他要求吃一頓日本飯菜，美軍滿足了他的要求。23日淩晨，受刑的7名戰犯中的第一批東條英機、武藤章、鬆井石根、土肥原賢二4人分別從單間牢房由看守帶到一樓特設的佛壇前，由和尚為他們做最後的禱告。驗明正身後，4犯走上13級台階。行刑人員給他們戴上黑頭巾，套好繩索。總行刑官向監刑官敬禮並報告死刑準備就緒後，就發令執行。當時為零時1分30秒。東條英機被宣布於零時10分30秒死亡，與他同時受刑的其他3犯也先後死去。隨後第二批也同樣行刑。這一切都是在秘密狀態下進行的，聞訊前來采訪的各國記者均被憲兵阻攔在大門外。
行刑完畢後，在蒙蒙細雨中，7具屍體被裝上兩輛大卡車，送往橫濱久保山火葬場。為防止東條英機等人的墓地成為日後軍國主義分子的朝拜地，一架美軍飛機秘密起飛，將他們的骨灰倒進了太平洋。