審訊了兩個月之久，秦檜始終得不到足以置嶽飛於死地的罪狀，便以尚書省的名義下了一道《敕牒》給萬俟卨。稱嶽飛“淮西之戰，十五次被受禦劄，坐觀勝負”，應即以此作為嶽飛的最大罪狀。然而此事既非王俊《告首狀》所舉發，也不是張憲在誣服時所涉及的；審問時又經嶽飛逐一加以辯駁，據此定案終顯十分牽強。
因為罪證不足，參與審訊嶽飛的大理寺官員李若樸和何彥猷認為造反的罪名難以成立，隻應判處兩年徒刑。萬俟卨和羅汝楫則極力主張把嶽飛父子和張憲三人一律處死。由於未能取得一致意見，案子便拖了下來。
當時朝廷內外對嶽飛一案十分震驚，許多具有正義感的官員，紛紛出麵進行營救。宗室首領齊安郡王趙士依上書說“中原未靖，禍及忠義，是忘二聖不欲複中原也。臣以百口保飛無他。”南劍州（今福建南平）布衣範瞪之上書說：“胡虜未滅，飛之力尚能載定，豈可令將帥相屠，自為逆賊報仇哉！”還有進士智浹、布衣劉允升也上書為嶽飛鳴冤。這時已罷官閑居的韓世忠，本已社門謝客，絕口不談政事，但實在無法平息憤懣的心情，還是去質問秦檜，有什麼根據說嶽飛謀反？秦回答說：“飛子雲與張憲書雖不明，其事體莫須有？”他蠻不講理地認為，盡管嶽雲給張憲的書信找不到了，難道這個事也沒有嗎？我看是或許有的，可能有的。韓世忠見他硬把無理說有有理，隻好拂然說道：“相公，莫須有三字，何以服天下乎？”
高宗和秦檜既然決心與金人講和，就必須滿足金人的條件殺掉嶽飛。這既除掉了妨礙自己的絆腳石，又殺雞給猴看，警告擁有軍權的武將們必須順從，使自己的統治基礎得到加強和鞏固，又何樂而不為呢！於是不顧眾人的反對，一意孤行，在這年的除夕，下達了“嶽飛賜死，張憲、嶽雲並依軍法施行”的“聖旨”。
當天，大理寺的執法官遵旨來到獄中，逼嶽飛在供狀上畫押。嶽飛知道最後的時刻到了，他想到自己一生盡忠報國，光明磊落，問心無愧；現在無辜被害，老天有眼，終有昭雪的一天。便鎮定自若地提起筆來，在供狀上寫下了八個大字“天日昭昭！天日昭昭！”
一代忠臣，愛國名將，民族英雄嶽飛，就這樣慘死了。年僅三十九歲。明朝名士文征明在題《杭州嶽飛廟》中說“拂試殘碑，敕飛字依稀堪讀。慨當初倚飛何重？後來何酷？果是功成身合死，可憐事去言難贖。最無辜堪恨亦堪憐，風波獄。”
千百年來，人們一直都以為是秦檜害死了嶽飛，其實仔細想想，害死嶽飛的真正凶手應該是宋高宗，秦檜隻是幫凶而已。
造成宋高宗殺嶽飛的原因主要有三：
第一，迎還二聖，釀成禍根，宋高宗是在父兄被擄走的情況下登基做的皇帝，天無二日，國無二主，況且，如果迎回二聖將是三主，當康王畢竟不如當皇上，徽、欽二宗回朝對高宗的皇位會構成一定的威脅，自己還位於徽、欽二宗，還是繼續當皇上，都很難處理，嶽飛抗金所打的口號其一就是：“迎還二聖”，這必然會遭到高宗的忌恨。
第二，擴軍遭忌，功高震主。宋朝自太祖開國以來主要以文官治天下，而嶽飛以武將居高位，以引起高宗和文官的不滿，況且，嶽飛為了抗金，還一再的招軍擴軍，擁兵近二十萬之眾，其本人在軍中也素有威望，大有軍中隻知有嶽帥而不知有朝廷之勢。因而引起了高宗的驚懼，也就是犯了功高震主的官場大忌。
第三，反對議和，招致禍殃。宋高宗是個性格軟弱、貪圖安逸的人，而對金國氣勢洶洶的進攻，早以給嚇破了膽，偏安江南小朝廷，到也清閑自在，決定與金國議和，而嶽飛則以恢複中原為己任，以“靖康之恥”為大宋之恥，為的是徹底打敗金兵，而金國議和的條件是“必殺嶽飛”所以構成了嶽飛冤死的悲劇。而這場悲劇的導演正是宋高宗，秦檜隻是幫凶而已。
點評：
堪恨亦堪憐的風波冤獄冤殺了一個民族英雄，改變了一段曆史。從中我們也不難看出一點，愛國未必是忠君，忠君更未必是愛國，要想長久，隻有“忠君”。就像秦檜一樣搞好“人際關係”卻得長久。