與敦煌文獻主要出自莫高窟藏經洞不同，吐魯番文獻既有出自佛教寺院圖書館遺址者，也有來自墓葬、城址、洞窟廢墟者，因此出土文獻與墓葬、城址、洞窟的關係，就是我們在研究文獻時所要特別關注的，其中墓葬出土的墓誌、器物，城址或洞窟遺址的建築布局和壁畫、雕像等遺存，都是我們需要同時關照的資料。因此，我們應當對早期西方探險隊的考察報告加以整理和翻譯，其中像格倫威德爾和斯坦因的報告書，對於我們認識高昌城遺址、阿斯塔那墓地等，都有著非常重要的參考價值。有些以挖寶為目的的“探險家”，如勒柯克和大穀探險隊，他們本身的記錄很不細致，我們也應當收集有關他們的考古調查情況以及文物移動情況的相關報道，這對於了解大穀探險隊的收集品尤其必要。1959年到1975年阿斯塔那和哈拉和卓的考古發掘情況，目前隻有簡報發表，而正式的考古報告還在撰寫當中，相信這個報告的出版，對於認識吐魯番文書以及古代高昌地區居民的物質文化和精神生活都會有很大的幫助。我們也期待有人對20世紀初葉西方探險隊的考古發掘作出係統的整理，也希望新中國吐魯番考古發掘的正式報告早日出版。
不論敦煌還是吐魯番文獻，主體內容都是佛教典籍和公私文書，時代都集中在中古時期（南北朝到隋唐），但由於兩地的曆史發展在某些時段並不相同，因此兩地的文獻也各有各自的特點，比如敦煌文獻中以吐蕃到歸義軍統治時期的文書居多，而且越到藏經洞封閉的時點（約1006年前後），文書的量越大；而吐魯番文獻的跨度要較敦煌文獻長得多，從十六國時期高昌郡文書到元代，各個時代都有大量的官私文書被發現，比如高昌郡（327－443年）、高昌大涼政權（443－460年）、高昌國（460－640年）、唐西州（640－803年）以及後來的高昌回鶻時期，都有相當多的文書留存下來，為研究古代吐魯番盆地的各個方麵提供了素材。同時，敦煌和吐魯番都是絲綢之路城市，敦煌和吐魯番文獻中都有許多漢語之外的各種語言文獻，如敦煌藏經洞發現有藏文、於闐文、回鶻文、粟特文、梵文等，而吐魯番出土的胡語種類更多，上麵提到的五種胡語，除了於闐文外，都在吐魯番有所發現，而且吐魯番還有巴克特裏亞語、吐火羅語、中古波斯語、帕提亞語、敘利亞語、蒙古語等非漢語文獻被發現。從內容來說，佛教文獻之外，吐魯番發現了大量有關摩尼教、基督教（景教）的寫本，這是敦煌文獻所無法比擬的。從形式來講，敦煌文獻主要是寫本形態，印刷品隻有早期的簡單印本，而吐魯番則有宋元時代的大部頭刻本佛經和儒家經典、史書、韻書、字書等等，還有回鶻文、藏文、蒙文刻經。這些不同形態、多種語文、內容豐富的吐魯番文獻，給我們提出了遠較“敦煌學”更為複雜的研究課題，需要更多的學者傾注心力，來從事“吐魯番學”的研究。
“吐魯番學”的研究步伐要比“敦煌學”慢得多，這也未必是一件壞事，因為我們可以從“敦煌學”發展中獲得一些經驗教訓，使得“吐魯番學”更加健康地向前發展。比如“敦煌學”由於受材料的限製，很長時間裏是以“挖寶”的形式來獲取少量的資料，因此把資料的整理和研究放在首位，大家都在一味地追求新資料，而忽視了推進研究不斷進步的新問題的思考。“吐魯番學”的研究，應當從一開始就有問題意識，從其他學科中汲取營養，來開拓自己的研究領域。我們在《吐魯番學研究：回顧與展望》一文中，針對此前大多數學者主要利用吐魯番文書來研究中原王朝製度史的傾向，呼籲進行吐魯番地域社會史的研究。其實，豐富多彩的吐魯番文獻，將帶來許多新的課題，比如國內外學術界正在熱衷討論的“書籍史”問題，由於吐魯番擁有大量從寫本時代到印刷時代數百年間書寫和印製的書籍，為我們探討各種書籍的書寫、製作、流傳、複製，以及“長時段”中各種書籍、法令、曆日、契約的功能等問題，都提供了真切的實物資料。這樣的例子可以舉一反三，這裏就不費文辭了。