德意誌帝國在形式上是作為一個聯邦國家組織起來的，參加聯邦的各獨立邦並未失去各自原有的地位。聯邦的構成包括a個王國：普魯士、巴伐利亞、薩克森和符騰堡；6個大公國：巴登、黑森、梅克倫堡—施維林、梅克倫堡—施特雷利茨、奧爾登堡和薩克森—魏瑪；5個公國：安哈爾特、不倫瑞克、薩克森—邁寧根、薩克森—阿爾滕堡、薩克森—科堡—哥達；7個侯國：羅伊斯老係、羅伊斯新係、施瓦爾茨堡—魯道爾施塔特、施瓦爾茨堡—鬆德爾斯豪森、瓦爾德克、利拍和紹姆堡—利拍；3個自由市：漢堡、不來梅和盧卑克，此外還有帝國直屬領地阿爾薩斯—洛林，共計大小 25 個邦。這些邦在疆土和人口上相差十分懸殊。普魯士的版圖占整個帝國的2/3，人口占3/501871年帝國總人口約410萬人，其中居住在普魯士的有2470萬，而剩餘的成員邦中，僅巴伐利亞、薩克森、符騰堡和巴登的人口超過10萬；另有8個小邦，其人口數均未超出10萬，其中最小的羅伊斯（老係），人口僅6.2萬，占地316平方公裏。這種不平衡局麵使普魯士擁有事實上的強大優勢，它的人口和麵積超過所有邦國的總合，並控製著最重要的工業和自然資源。普魯士的巨大優勢決定了它在帝國中的特殊地位，從這個意義上講，德意誌帝國並不是一個真正的聯邦國家，因為一個過於強大的參加邦的存在，是和聯邦主義的原則不相容的依據1871年4月14日通過的帝國憲法，帝國立法權屬於兩院製的立法機構：聯邦議會和帝國議會。聯邦議會形式上相當於上院，但它並不代表議員個人的意誌，而是由議員所體現的各邦君主的意誌。聯邦議會的代表由各邦君主任命，一般都由保守的貴族和大資產階級出任。聯邦議會是各邦君主權力的集中體現，它是帝國的最高機構，發揮的作用是主權性質而非議會性質的。任何法律和政策，未經聯邦議會同意均視為無效。
因此，它被視為擁有新帝國君主權力的舊邦聯議會的殘餘，同時它也是掩蓋普魯士霸權的一種偽裝。在聯邦議會最初的58個席位中，普魯士有17席，巴伐利亞6席，薩克森、符騰堡各4席，其他各邦從3席到I席不等。
普魯上的席位不足總數的1/3，但憲法規定擁有14票就可以否決議案，這樣普魯士對憲法的任何修改都握有否決權。
帝國議會名義上是人民議會，由所有年滿 25 歲以上的男性公民普遍投票選出，因而在表麵上具有一個真正立法機構的一切外部特征。但是它的權力實際上極其有限。它對國家的外交和軍事沒有發言權，也不能單獨通過任何一項對政府不利的法案，因為一切法律和決議都必須取得聯邦議會和皇帝的同意才能生效。它也不能對政府行使監督權，無權要求政府作政務報告。惟一能對政府施加壓力的就是拒絕通過預算。但是，所有議員都沒有忘記普魯士曆史上的憲法糾紛，政府拋開議會進行軍事改革的先例，也會使他們行使這最後的權力歸於無效。
憲法規定，帝國的皇帝由普魯士國王兼任。同時規定普魯士的首相就是帝國的宰相，普魯士的外交大臣就是帝國的外交國務秘書。由於帝國不組織內閣，帝國的惟一大臣就是帝國宰相。帝國宰相隻對皇帝負責，並主持聯邦議會的工作。憲法還規定，宰相必須在皇帝批準的一切法案上副署，但由於宰相的任職取決於皇帝的意願，這一規定實際上毫無意義。事實上，在傅斯麥擔任宰相的漫長任期中，皇帝和宰相在原則問題上都是相互信任的。以至於傅斯麥能夠大權在握、縱橫裨闔，成為帝國權力的真正化身。
帝國軍隊是帝國結構中的特殊構成部分，它最為明顯地表現了帝國的“普魯士化”傾向。從法律上講，並沒有什麼帝國軍隊、帝國參謀本部，或帝國國防大臣。
它實際上隻是普魯士軍隊和軍事組織在帝國範圍的擴大。在統一的帝國軍隊旗號下，各邦除巴伐利亞、薩克森和符騰堡保留一定的軍隊之外，都把分擔的分額軍隊統一交由普魯士指揮。普魯士的軍隊占據了這支軍隊 2/3 以上的兵員，並把自己的軍事法規擴大運用於整個帝國。由於軍人不是對憲法而是對皇帝宣誓效忠，作為帝國皇帝的普魯士國王便徹底控製了軍隊。早在統一以前，軍隊就是普魯士邦的核心，現在它不僅是“邦中之邦”，而且成為帝國中的主體邦。大多數德國人都承認德國的統一全靠這個普魯士軍人邦。因此，在全帝國，任何政治思想和政治行為都深受普魯士國王、普魯士參謀本部和普魯士軍隊的影響。人們認為，軍隊既是締造德意誌帝國的工具，又在極大程度上成為保衛帝國的武器。在帝國時代，它一直是國內政策最堅強的樞軸，又是保衛帝國大廈最前沿的堅固堡壘。高級軍官對君主的影響以後變得愈來愈大，以致伸斯麥之後的任何宰相都難以無視軍隊的影響而保持自己的威勢。隻有稗斯麥，他可以憑借個人的威望保持政治上的權勢，其他任何宰相都再也達不到這樣的高度顯然，按照這樣的方式建立起來的德意誌帝國無疑是普魯士的“擴大版”。普魯士與帝國其餘部分之間的緊張關係的存在就成為一種客觀現實，它反映了聯邦主義與中央集權的矛盾。但是，在帝國存在的大部分時間裏，這種緊張關係最終還是被消除了。因為帝國與普魯士之間的有機聯係，使得帝國的其餘部分也都獲得了普魯士的力量和政治影響。隻要普魯士的軍事力量和政治影響仍在為帝國的所有部分提供保護，以上一切緊張因素都將受到抑製。此外，隨著帝國力量的增長，陸、海軍的擴大，國際義務的增多，要求擴大帝國政府職能的需求成為一種趨勢。1873年成立帝國鐵路局，1874年建立帝國銀行，187年最高法院宣告成立。隨著這些帝國統一機構的增多，以及傅斯麥時期實施的、適用於整個帝國的社會立法，帝國走向中央集權化的趨向在不斷增強。然而，即便如此，帶有聯邦主義性質的對抗活動仍然存在。除了小邦政府的分立活動，天主教勢力、非德意誌民族，特別是波蘭境內的反日耳曼化鬥爭的激化，也在抵製各種中央集權化的努力。所以，由稗斯麥一手炮製的帝國體製本身是一個矛盾體，它前所未有地鞏固了普魯士容克貴族的主宰地位，同時又潛伏著種種對立和矛盾。自出任帝國宰相起，稗斯麥不得不再次應對各種新的、不流血的“戰爭”。以“文化鬥爭”著稱的反教權主義鬥爭，是帝國時期律斯麥所領導的第一場戰鬥1870年12月，當普法戰爭已取得決定性的勝利，稗斯麥尚留在法國不在國內時，國內政黨活動發生了一個明顯的變化。一個在 50 年代曾經存在的羅馬天主教政治派別，在邦議會選舉中獲得引人注目的 57 席，旋即他們又組成組織嚴密的政黨中央黨，並通過購進一家跨地區的大報《日耳曼尼亞》報獲得一塊宣傳陣地。這個黨起初以維護在一個新教國家天主教會的權利為出發點，繼而提出有關政治與社會的明確的教會綱領，包括（1）反對中央集權、（2）教會自治、（3）宗教教育自由這三個基本方麵。顯然這個黨的出現，以及在綱領中對現代政治和社會發展提出的挑戰，標誌著天主教徒已成為帝國政治生活中的一支不容忽視的力量。
自普奧戰爭以來，隨著奧地利被排除出德意誌，天主教徒在新帝國中就成了少數。然而這個“少數”既重要，又集中。他們特別集中在南德的巴伐利亞、西部的萊茵蘭和東部的西裏西亞。作為一個聯合一致的集團，他們在國外得到羅馬教皇的支持，在國內與南德的分離主義勢力保持著密切的聯係。在一個新教占優勢的帝國，他們所處的少數地位，反而使人們更容易體會到在一個權力無限的國家麵前獲得保護的必要性。德國天主教徒的政治立場是白由主義和保守主義有趣的混合物。
就其對國家的無限權力提出挑戰、竭力維護個人和集團的權利不受國家不必要的幹涉而言，他們是自由主義者。然而，從他們所強調的教會世界觀的統一性和整體性，以及對世俗化、現代化的抗拒而言，他們的立場又是保守主義性質的。對於一個信抑堅定的天主教徒來說，大量的世俗化社會和政治事務應包括在宗教的廣闊範圍之內，因為基督教就是一種無所不在、無所不包的影響人類活動一切方而的生活方式；而對於新教徒來說，這些事務並不屬於宗教，而是屬於一個完全自由的領域。此外，對於具有世界性和國際性的天主教會的教徒來說，他們不像新教徒那樣易於接受民族教會的形式。他們雖然在民族特點和民族傳統方而作了許多讓步，但決不把自己的宗教完全等同於民族宗教。對於像德國這樣天主教居於少數的國家，想要保持天主教會的獨特麵貌，必然會與民族主義和中央集權的勢力發生衝突。所以，德國天主教徒的具體政治要求必然表現為：反對進一步擴大帝國的權力，維持國家的聯邦製結構；主張教會組織獨立於國家，實行白治；要求開辦天主教學校，保持教會對教育的控製然而，天主教中央黨的政治主張是有悖於德意誌帝國的統一現實的〕它在南德各邦的政治影響助長了分離主義勢力的發展，並增強了信仰天主教的波蘭人的反德意誌傾向；它與羅馬教皇的聯係以及在天主教法國所引起的呼應，也對帝國聯俄反法的外交戰略起著破壞作用；它的反世俗化立場對國家的工業化、現代化帶來一定的消極影響。因此，當1871年3月3日中央黨投人第一屆帝國議會選舉，成功地取得18.4%的選票，占居 63 個議席，出人意料地成為第三大黨的時候，伸斯麥決定發動一場反教權主義鬥爭，以打擊天主教勢力這場鬥爭以後被稱作“文化鬥爭”，不僅進步黨和自由黨使用了這一名詞，而且被打擊的天主教徒也嘲弄性地接受了這一概念1871年6月19日，稗斯麥授意《十字架報》發文率先發起對天主教徒的攻擊，聲言鬥爭將由內及外，矛頭己指向羅馬教皇。7月8日宣布關閉普魯士文化部的天主教事務處，使之與新教處合並為宗教事務處。當中央黨領袖對此提出非議時，稗斯麥聲稱：我們不能把國家分割成“每個教派都將分得一定份額的不同教區”鑒於耶穌會會士在東普魯士學校提倡恢複波蘭文化，以及阿爾薩斯—洛林地區神職人員對政府的反對態度，1871 年月稗斯麥采取果斷措施，通過一項法律草案，把一切學校，包括私立的教會學校在內，都置於國家監督之下為了加強對這場“文化鬥爭”的領導，1872年1月日，伸斯麥用激進的反教權主義者阿德爾伯特·法爾克代替較為溫和的馮·米勒為文化大臣。新大臣的使命是“恢複國家對教會的權力”，從法律上確立國家對學校的監督權。1872年7月4日，國會通過“反耶穌會士法”，宣布將耶穌會會士驅逐出德國國境，羅馬教廷對此提出強烈抗議，兩國外交關係遂告中斷。