1917年，張勳複辟失敗，段祺瑞重掌北洋政府大權，拒絕恢複《臨時約法》和國會。為此，孫中山在廣州召開非常國會，組織軍政府，發動護法運動。陝西革命者響應孫中山號召，組建陝西靖國軍，討伐北洋軍閥在陝西的代理人陝西督軍陳樹藩。新組建的陝西靖國軍，是一支成分複雜的聯合部隊。由於缺乏德高望重的統帥人物，部隊從組建之日起，就陷入群龍無首的窘境。靖國軍的將領們想到了於右任。1918年，應陝西靖國軍將領邀請，奉孫中山之命，於右任返回故裏，就任陝西靖國軍總司令，開始領導陝西的護法運動。1922年5月，陝西靖國軍解體，於右任重返南方，繼續投身於孫中山領導的革命運動。
1924年10月，馮玉祥發動北京政變，請孫中山北上商談國是。於右任奉孫中山之命，先期北上，就任國民黨北京分會委員，具體處理國民黨北方事務。1925年，原陝西軍閥劉鎮華糾集10萬人馬，圍困西安。於右任接受中共領導人李大釗派遣，赴蘇聯請回馮玉祥，召集舊部，在內蒙古五原鎮誓師，組建國民聯軍。馮玉祥任國民聯軍總司令，於右任為副總司令。隨後，於右任率部分國民聯軍南下，很快解除了西安之圍。
1930年12月28日，國民黨四屆中央執委會召開第一次全體會議，推選於右任為監察院院長。此後，於右任長期擔任南京政府監察院院長。
1949年1月，蔣介石下野，李宗仁出任代總統。麵對解放軍強大攻勢，李宗仁企圖以和談扭轉敗局，提議派於右任為特使，赴北平談判。於右任得知消息後，徹夜未眠。他想全力促成此事。可是，負責此次會談的張治中提出：於右任留在南京更好，憑他的威望，可以促使和談協定的最後批準。就這樣，於右任借過了北上機會，成為終生憾事。國共和談破裂後，解放軍橫渡長江，南京解放在即。蔣介石開始撤離大陸。他害怕於右任留在大陸，要於右任先去上海，再南下廣州，然後去台灣。於右任以身體不適為由，試圖加以拒絕。蔣介石派來的軍人不等於右任穿好衣服，就逼他上了汽車，直奔機場。到上海後，於右任本來想轉道香港，伺機再去北平，然後留在大陸，可是，蔣介石不同意。1949年11月下旬，於右任先到重慶，接著飛往台灣。他的結發妻子高仲林、長女於芝秀、女婿屈武、幼子於中令及其母沈建華等親屬留在了大陸。
1964年11月10日20時，於右任在台北市病逝，享年86歲。
二
於右任是傑出的革命家、教育家、書法家和愛國詩人，對我國的文化教育事業作出了巨大貢獻。早年間，於右任熱衷於新聞事業，先後創辦了《神州日報》、《民呼日報》、《民籲日報》和《民立報》，後來又致力於興辦教育事業。他是複旦大學的創始人之一。1905年，他與王敬方、張邦傑一起，發起創辦了中國公學。在上海期間，適逢東南師範高等專科學校學生驅逐校長，空缺請於右任出任。他欣然接受，並把校名改為上海勞動大學，請李大釗為客座教授。李大釗又推薦鄧中夏、瞿秋白、蕭楚女等到上海勞動大學任教。一時間，上海勞動大學成為上海影響最大的革命大學，培養了大批進步青年。在任陝西靖國軍總司令期間，於右任一方麵指揮作戰，一方麵大辦學校。他在總司令部設立教育處，專門負責教育，先後創辦了渭北中學、渭北師範、三原中學、民治中學和地方自治講習所。20世紀30年代初，於右任在西安期間，與邵力子、楊虎城等人共同倡導興建西北教育。1932年，他籌建了西北第一所農業院校——國立西北農業專科學校（後更名為西北農學院），並兼任第一任校長。被蔣介石脅迫到台灣後，於右任仍然不忘興辦教育。1958年，他與友人在台灣桃園縣平鎮鄉創辦複旦中學，被複旦大學的校友們稱之“少複旦”，並出任名譽董事長。
當然，於右任在文化方麵的最大貢獻，還是他的書法藝術。早年間，在私塾先生毛班香的指導下，於右任研習趙孟頫，學臨王羲之、王獻之父子的書法作品，在王體楷書上下了很大工夫。青年時代的於右任，在深入研習漢隸、魏書和唐楷的基礎上，學習行楷，後又專攻魏碑書法藝術。在上海時，於右任曾向晚清書法名家何紹基學習。中年後，於右任學習草書，組織成立了標準草書社，對中國書法進行係統深入的研究。他提出了中國草書經曆章草、今草、狂草三個階段的論點。他在悉心研習曆代名家草書千字文的基礎上，解開了漢字草書難傳之謎，整理總結製定了《標準草書》，為漢字草書標準化、規範化、科學化奠定了基礎，為人們學習草書提供了一個範本，在漢字草書的傳播和普及方麵做出了重大貢獻。在書法上，他成為一代宗師，被人們稱為“曠代草聖”。