針對這些問題，我認為應當采取如下的完善措施：
（一）按照《承包條例》規範承包辦法，兼顧財政收入穩定增長和增強企業發展後勁。對於符合國家產業政策，需要發展的企業，主要采取“兩包一掛”（即包上交利潤、包技術改造任務，實行工效掛鉤）的承包形式。上交利潤主要采取上交利潤遞增包幹或基數利潤包幹，超基數利潤分成的辦法。
（二）合理確定承包基數，為國家多作貢獻。鑒於當前國家財政困難，對於延長承包或實行新一輪承包的企業，應本著多作貢獻的原則，重新核定承包基數。按照國家產業政策要求，參照本地區同行業平均資金利潤率，根據企業上一期承包完成情況，以及技術改造任務的輕重和預期效益等因素進行合理確定。前一期承包基數、上交利潤遞增率或分成比例明顯低的，或技術改造項目已經發揮效益的，應適當調整基數。企業承包後的新貸款，一律用企業自有資金歸還，不再搞“收支兩條線”。
（三）合理使用企業留利，增加生產發展基金。企業的留利應保證技術改造任務和生產發展的需要。按照不同企業的效益情況確定生產發展基金比例，在福利和獎勵基金上體現出合理差距。比如，是不是可以考慮人均留利在1000元以下的，在上交能源交通基金、預算調節基金以後，用於生產發展的比例一般不低於40%，2000元至3000元的，一般不低於60%至70%，4000元以上的，不低於75%。各地可以根據當地的實際作出具體規定。
（四）健全考核指標體係，正確引導企業行為。承包合同必須符合《承包條例》規定的要求，除考核實現利潤、上交利潤及其遞增率超收分成比例以外，還要認真考核技術進步和企業管理各項指標，包括國家指令性計劃、技術改造、產品質量、物質消耗、安全生產等，要嚴格執行承包經營合同，按考核規定兌現獎懲。
（五）完善工效掛鉤辦法，控製消費基金過快增長。各地區要認真貫徹國務院關於承包製的有關文件，積極推行全地區、部門、企業工資總額同經濟效益總掛鉤的辦法。企業使用按規定提取的效益工資時，應當留有餘地，建立工資儲備金製度，以豐補歉。未實行工效掛鉤的企業，最好實行工資總額包幹的辦法。要嚴格執行國家關於工資調節稅和獎金稅的規定，企業超發效益工資或獎金，必須照章納稅。對濫發津貼、補貼和實物的，要追究經營者的責任。
（六）按照《承包條例》規定確定經營者的收入。兌現承包合同和經營者的收入，必須堅持先審計、後兌現的原則。根據經營成績和貢獻的大小，經營者的全年收入（包括各種津貼、單項獎等在內的所有收入），可高於本企業職工全年平均收入的一至三倍。各地區應在此限額內，製定本地區企業經營者收入可高於職工平均收入一至三倍的具體條件。完不成承包合同時，相應扣減。經營者和承包領導班子其他成員的收入分配方案，必須經過職代會審議，報上級主管部門批準，做到收入公開，取消對經營者收入實行基數留成或分成辦法。現有承包企業，由於規定不合理，使經營者收入超過《承包條例》規定限額的，其超過規定部分一律納入生產發展基金或建立企業風險基金。
任何新生事物的出現都不可能是十全十美的，都需要在實踐中不斷完善、不斷發展。承包經營責任製也是如此。隻要我們認真對待而不是回避承包過程中的問題，企業承包經營責任製就一定會在實踐中完善起來。