由於當前高等學校的會計核算遵循的是收付實現製，盡管財政部在2009年提出的《高等學校會計製度》征求意見稿中提出了要在高等學校會計核算中實行“校正的權責發生製”，但畢竟還需要一個過程，因此，目前看來，高等學校教育成本核算的難點還是在於如何協調成本核算應遵循的權責發生製與現行高等學校會計製度的收付實現製之間的矛盾。根據這一情況，本文按照權責發生製的原則，以現行的高等學校事業支出的核算為基礎，通過單獨設置成本核算賬戶，結轉各項事業支出來進行教育成本核算；並結合我國當前高等學校會計核算的現狀和教育成本核算的特點，將教育成本核算的會計科目歸納為：教育成本、間接成本、待攤費用、預提費用、在建工程、固定資產、累積折舊、固定資產清理、養老保險費、引進人才費用。同時為了有效地進行成本分析和控製，將高等學校教育成本按照其經濟內容分為人員經費成本、公用經費成本、資本性成本、對個人和家庭的補助成本和其他成本五個項目。並結合高等學校教育成本的特點，高等學校教育成本核算分為以下五個步驟：第一步，獲取教育成本核算所需的財務與非財務資料；第二步，確定成本核算對象和成本核算期；第三步，設置教育成本核算科目；第四步，記錄、歸集、分配、核算教育成本；第五步，編製教育成本報表。
第五章論述了高等學校教育成本核算中的特殊問題。對高等學校教育成本核算過程中涉及到的諸如科研支出、固定資產折舊、職工住房補貼、職工養老保險費、高層次人才引進支出如何計入教育成本等特殊問題進行了相應探討：
對於科研支出，由於高等學校的科研活動非常複雜，為了既能夠科學合理地確定高等學校教育成本，又能夠便於高等學校教育成本的核算，應將專門為教學服務的科研支出和國家及省部級單位撥款所設立的重大項目的科研支出計入高等學校教育成本；技術轉讓、科技谘詢和橫向課題研究過程中的科研支出則不計入高等學校教育成本。
對於固定資產，按現行高等學校會計製度，高等學校各類支出中不包含固定資產折舊因素，但由於固定資產是教育活動必不可少的物質條件，其磨損價值也應得到足夠的補償。為了正確地核算高等學校教育成本，建議將固定資產磨損價值以折舊費的方式計入教育成本。
對於職工住房補貼，建議高等學校在教育成本核算中，將為職工繳納的住房公積金、按月發放給無房老職工和1999年1月1日以後參加工作的新職工的住房補貼資金，計入教育成本中；對於已經福利分房的職工享受的住房福利費，以職工住宅折舊費的形式計入成本。發給1998年12月31日以前參加工作的無房老職工的一次性住房補貼資金，數額巨大的，采取按學校教職工平均工作年數（即從參加工作到退休之間的年數，一般按30年計算）的方法進行分攤，按年度分攤額計入教育成本。對於職工養老保險費，由於我國高等學校目前還沒有實行養老保險製度的改革，因而高等學校會計核算中相應的也就沒有養老保險費支出。然而，從長遠發展來看，在職教職工的養老保險費用應該是教職工勞動報酬的重要組成部分。因此隻有將與提供高等教育服務有關的在職教職工的養老保險費用計入教育成本，才能準確地計算出高等學校的教育成本。這樣就需要以一個合理的比例，模擬計算出的與提供高等教育服務有關的在職教職工的養老保險費，並將其計入教育成本。
高等學校為保證學校的長期可持續發展而引進高層次的教學和科研人才，引進過程中必然會為其支付諸如科研啟動費、安家費等一係列的費用，從而形成了人才引進支出。這些支出從表麵上看似乎與學校的日常教學沒有太大聯係，而純屬人事工作。但從實質上來看，這些高層次人才引進後，最顯著的表現就是使學校的教學、科研水平得到了必要的提高，並且直接或間接的服務於學生。因此，這部分相應支出也應計入相應的教育成本，這樣才能保證教育成本核算的準確性。
第六章是高等學校教育成本核算實例。以H師範大學真實的財務數據為例，按照本文設計的方法和程序核算了H師範大學2009-2010學年的教育成本，用以驗證該方法和程序的合理性與可行性，以期為其他高校的教育成本核算開辟思路，提供相應的參考和借鑒。第七章對教育成本的控製、分析、成本信息的披露等內容進行了相應闡述。第八章是對全部內容所做的總結及針對現行教育成本核算存在問題所提出的解決對策建議和對未來研究的展望。