我國於1998年出台並且付諸實施的《高等學校會計製度》，對我國原有的高等學校財務製度進行了必要的改革，此次改革，對原有的高等學校的財務行為做了進一步的規範，不但強化了財務管理，而且提高了資金的使用效益，對促進高等學校各項事業的發展，起到了極大的、積極的推動作用。按照該製度的規定，高等學校的會計年度自公曆1月1日起至12月31日止；並且在會計記賬時要統一采用借貸記賬法；采用收付實現製作為核算基礎，權責發生製隻能用於經營性收支業務的核算；將資產、負債、淨資產、收入、支出等定為高等學校的會計要素；將資產負債表、收入支出表、支出明細表及有關附表定為高等學校對外報送的會計報表。然而令人遺憾的是，盡管廣大高校一直都在對教學及科研體製進行著必要的改革，但在會計製度方麵，從其發布至今，卻一直未曾做過針對性的修訂，從而導致現行高校會計核算的局限性日益突出，從而影響了高校教育成本核算的順利開展，具體表現在如下幾個方麵：
①沒有進行相應的教育成本核算工作。按照《高等學校會計製度》的相關要求，將上級補助收入、教育事業收入、科研事業收入、經營收入等列為高校收入內容，將撥出經費、教育事業支出、科研事業支出、經營支出、對附屬單位補助和上繳上級支出等列為高校支出內容。由此可見，目前高等學校的收入和支出核算仍然為過去的那種“大收、大支”的理念所左右，成本目標管理並沒有在高校內部得以推行。因此，效益觀念在各基層教學單位和部門沒有一個清晰的認識，無法充分利用現有的教育資源，經費的使用效率較低並且存在浪費的現象，進而有礙於教育成本核算的開展。
②仍然采用收付實現製的核算基礎。按照現行高等學校會計製度，高等學校的會計核算基礎確定為收付實現製，高等學校在對收入和相應的成本費用進行確認時，是以現金的實際收付作為判定標準的，並沒有考慮此項收入或相應成本費用的真正歸屬期間。這樣一來，就不能對那些已經完成但尚未實際支付或已經支付但尚未實際完成的經濟業務予以如實反映。並且對於一項經濟業務隻有在實際支付時才把它確認為一項支出，而對於那些沒有實際支付或是提前支付的來說，也就自然的成為一種“隱形資產”或“隱形負債”，進而無法保障高等學校當期的實際收入和成本費用的準確性和真實性，從而影響高等學校教育成本的確認和計量的精確性。
③不進行固定資產的折舊處理。現行高等學校會計製度中，沒有涉及固定資產折舊處理內容，雖然新修訂的《高等學校會計製度》中明確了對高等學校固定資產計提折舊的要求，但仍處於征求意見過程，目前尚未執行。因而高校依然處於對固定資產不考慮折舊問題的做法。而按照這種一貫做法，采用的是提取修購基金的方法，其具體的提取數額是根據每個會計年度末的事業收入和經營收入一定比例確定。采用此法提取的那部分修購基金，與高等學校的固定資產的實際使用情況和規模相距甚遠，既無法體現高等學校固定資產的實際損耗情況，又無法對相關固定資產的保值、增值情況予以說明，影響計入教育成本的固定資產折舊計算的準確性，進而影響教育成本計算的精確性。
④沒有區分收益性支出與資本性支出。在現行高等學校會計製度中，沒有對收益性支出和資本性支出做出嚴格的劃分。加之高等學校基本建設單獨核算的現狀，給高等學校教育成本核算增加了一定的難度。
⑤支出劃分方式不利於成本歸集。現行財務分析中，高等學校的教育事業支出數是教育總成本的數據來源，但在這個支出數中還包含著不應歸集到教育成本中的離退休人員支出、後勤產業支出以及部分科研項目支出等與學校教學活動無關的項目，並且目前執行的將支出劃分為人員支出、公用支出和對個人和家庭的補助支出的劃分方式，都給教育成本核算中的直接費用和間接費用的確認帶來了難度，有礙於高等學校教育成本核算工作的順利進行。
（2）單一的會計核算職能，不利於高等學校教育成本核算職能的強化正常的高校會計工作的職能應該表現為：為相應管理部門提供會計信息，滿足公共管理的需要；為高校內部管理層提供相應會計信息，滿足自身管理的需要。而目前高等學校的情況是：高等學校的會計工作所表現出來的隻是按照國家統一規定所進行的會計核算，盡管也定期地按統一規定的格式編製報送會計報表，但所提供出來的也隻是會計核算信息，而且在核算時，也隻是對支出進行核算，對於國撥教育經費，由於申請預算的需要，也隻是把生均支出數做一簡單計算，並未進行必要的教育成本核算。由此所反映出來的高校會計核算的職能作用是單一的，不利於高等學校教育成本核算職能的強化。