如果認為，轉型期大學競爭製度的建立，就會自然而然地形成與新製度相符合的新型管理體製，則是一個認識的誤區。殊不知，從建立社會主義大學競爭製度到完善體現這一製度的行政管理體製還需要一係列的中介環節，即技術層麵的環節，反映這一層麵的知識有教育行政管理學、教育行政法學和教育競爭理論等。由於大學競爭在我國開展的時間不長，整個大學競爭理論研究還比較膚淺，突出表現在介紹國外和企業的多，研究國內的少；介紹概念、一般理論的多，研究實際、把理論與實踐有機結合的少。這樣的理論現狀很難擔負起指導大學競爭實踐的重任。
其次，表現在形成了許多與高度集中的計劃經濟體製相適應的教育思想和觀念。高等教育舊體製的長期實踐，必然產生與之相適應的教育思想與教育觀念。比如，與政校不分相聯係的，是視大學為政府的附庸，政府直接管理大學的觀念；與計劃經濟相聯係的，是單一的行政指令、行政幹預的觀念。在社會轉型和全麵建設小康社會的今天，這些舊觀念已經不利於建立現代大學競爭製度，不利於促進高等教育跨越式發展。其實，高等教育管理體製改革要促進生產力的發展，並不是一句空洞的象征性的口號，而是一個具有深厚現實基礎的價值判斷。概括地說就是“小機構、大服務”或“小政府、大社會”。
（二）新舊矛盾交織
由於處於社會轉型期，高等教育運行格局已發生了重大變化，舊體製已部分解體，新體製尚在建立之中，難免出現“雙軌製”下的“管理真空”與“管理衝突”。
（三）高等教育人才培養與就業市場需求的結構性矛盾
我國教育偏重於係統的書本知識傳授，人才培養規格過分強調學術性、研究性和規範性，創新精神和實踐能力相對不足。既造成人才培養與就業市場的脫節，更不利於培養數以千萬計的專門人才和數以億計的高素質勞動者。
從培養拔尖創新人才的需求看，我國研究生教育比重太小，仍不能滿足經濟社會發展和人民群眾的需求。2001年在校研究生僅占高校在校生總數的3．2％。71所教育部直屬高校在校研究生與本專科學生的比例僅為1：4．84。而國際上一些著名高校研究生與本專科在校生人數的比例一般為1：1或1：2，與之相比，我國研究生教育還存在巨大缺口。
高校學科專業比例失調。2001年工科類招生與上年相比，增幅僅為7．6％，遠低於23．3％的平均招生增幅；第三產業發展急需的金融、外貿、會計專業在校生比例出現了負增長，分別下降了0．52、0．33、0．15個百分點，明顯不符合經濟社會發展提升第二產業、第三產業知識含量的發展要求。
三、機製不活：政府職能的“缺位”、“錯位”和“越位”並存
政府治理的缺位、錯位和越位是造成我國高等教育管理機製不活的主要原因。教育舉辦者，辦學者和管理者三方主體不明，行政性壟斷十分嚴重，政府辦學的單一化格局還未真正打破，高教市場運行中缺乏一種公平、公正、公開的競爭機製。解決高教“市場失靈”和“公平競爭”兩大基本問題，規範市場競爭的基本規則，構建公平競爭的環境和平台，當屬政府的職責範疇。但是，在完全政府主導下的大學運行機製中，大學與政府之間的“附庸”關係和產權關係仍未完全理清，公立大學與私立大學仍在相當不平等的競爭環境中角逐。社會參與的公共治理製度嚴重失缺，教育行政聽證製度、谘詢製度和監督製度等仍是紙上談兵。政府角色“錯位”和“越位”現象時有發生。要麼事無巨細，樣樣獨攬，要麼張冠李戴，伸手過長。政府沒有退出教育活動的微觀領域，在教育資源配置中未能發揮更積極的作用。換句話說，“政府的職能是維護和創設良好的製度環境，而不是親自去從事一項具體的活動，世界各國的市場經濟實踐告訴我們，在市場經濟的體製環境下，政府運行的基本原則是，凡是民間能辦的事情就讓民間去辦，凡是市場能辦的事情就讓市場去辦，凡是基層能辦的事情就讓基層去辦”。