恰好就在這時候，有人來請教巴斯德：為什麼用甜菜汁有時做出來的不是香味的酒精，而是酸味的酒精呢？巴斯德在顯微鏡的幫助下，弄清了兩種不同的發酵甜菜汁之間的區別。在正常的酒精中，隻有小圓球形的小生物；而在變酸的酒精中，卻是比小圓球小得多的長條形的小生物。巴斯德告訴做酒精的人，要在甜菜汁中加那種大一些的，圓形的發酵小生物；要是在甜菜汁中發現了那種小一些的、長條形的小生物，就不能要了，趁早倒掉，不要再花力氣去幹那些沒有收獲的事。
巴斯德的發現，促進了法國發酵工業的發展。
事實勝於雄辯
巴斯德證明：甜菜汁變酒精是酵母菌活動的結果，它變酸是乳酸杆菌活動引起的。這個結論大家都同意，沒有意見。可是，酵母菌和乳酸杆菌是怎樣來的呢？人們的看法卻很不一樣。
當時，流行的看法是“自然發生”說。主張這種看法的人說：這些微生物是自己生長出來的，它們沒有父母，要不是這樣，它們是從哪兒來的呢？法國的不少科學家，都讚成這種說法。著名醫生艾爾蒙甚至說：把一些破爛的碎布和一塊幹牛奶酪放在一起，不消多久，就能變成一隻小老鼠。
巴斯德反對這種說法。他認為，微生物也有它們自己的父母，不可能無中生有，自己長出來。
要反駁艾爾蒙說的變小老鼠的戲法，還是比較容易的，你隻消眼睜睜地守著那些破布和牛奶酪，它就怎麼也變不出小老鼠來。可是，要反駁那種認為甜菜汁中的酵母菌是自己長出來的，卻並不那麼容易。因為酵母菌這種小東西，用眼睛根本看不見。要反駁“自然發生”說，得動腦筋。
在和巴斯德進行論戰的擁護“自然發生”說的人當中，有一個科學家名叫布歇。他在1858年12月正式向法國科學院提出了一份報告，說是放在空氣中的動物和植物，自己能長出微生物。
巴斯德認為，這些微生物不是自己長出來的，而是從空氣中進去後，在那裏繁殖起來的。他要用實驗來證實自己的見解，暫時沒有公開反駁布歇，因為證據還不足。
開始的時候，巴斯德用燒瓶做實驗。他在燒瓶裏裝上肉湯，給微生物提供一個生長繁殖的好地方，然後在瓶口塞上棉花。結果，肉湯裏不長微生物，因為空氣中的微生物被棉花團擋住了；把這團棉花拿去，肉湯裏就長出微生物來了。
布歇說，這不行，肉湯裏的微生物是有生命的棉花變出來的，並不是空氣中的微生物生長出來的。
巴斯德把棉花改成石棉，石棉是沒有生命的礦物質，樣子像棉花，實驗的結果還是一樣。可是，布歇卻改口說，微生物是肉湯自己長出來的，不是棉花變的，也不是空氣裏麵來的。
這一回，巴斯德不用棉花和石棉，他把肉湯燒開，然後把燒瓶口的玻璃燒紅後，把瓶口封死了。這種肉湯不論擺多久，總也長不出微生物來。布歇說，肉湯不通氣，所以不長微生物。
這一回，巴斯德又設計了另外一種實驗。他自己用玻璃做成一種燒瓶，口子是一條與瓶身成直角的彎曲的小管。這樣，管口不用封死，隻要把瓶內的肉湯燒開，放很長的時間也不會長微生物。
巴斯德把這種瓶子叫做“天鵝頸瓶”。這種瓶與外界相通，為什麼瓶內的肉湯不長微生物呢？原來，肉湯燒開的時候，空氣膨脹，把瓶頸中的空氣排出去了，等到冷卻以後，空氣雖然又會回到瓶中去，可是因為空氣中的微生物是有重量的，它會像灰塵落到地上那樣落到曲頸上，微生物沒有腿，所以跑不到瓶裏去。
這個實驗，使得布歇這些主張“自然發生”說的，一時啞口無言。可是，他們還不服輸，反駁說，瓶內肉湯的“生命力”給燒死了，所以長不出微生物來。
巴斯德決定再做一些實驗，用充足的事實做依據，好讓反對者心服口服。他決定不再燒開肉湯，隻用消過毒的肉湯，把它裝在天鵝頸瓶中，用火封死瓶口。他想，如果真是空氣中會自然發生微生物的話，那麼，不論什麼地方的空氣都應該一樣。他帶著許多瓶這樣的肉湯，來到巴黎天文台，分別在院子裏和地下室，小心地把瓶子的頸口夾破，讓空氣進入瓶內，然後再用火封死。培養的結果表明：在院子裏收集的11瓶，都有微生物；而在地下室收集的10瓶，除一瓶稍有混濁外，全都透亮澄清，沒有微生物生長。他還趁去休假的機會，用同樣的方法，在海拔3000米以上的阿爾卑斯山上收集20瓶空氣，經過培養，也都沒有微生物生長。
巴斯德的這些實驗說明，微生物就像灰塵那樣飄浮在空氣中。在天文台的院子裏，由於來來往往的人多，空氣汙濁，微生物也多；在地下室，高山下，空氣清新，微生物就很少，甚至沒有什麼微生物。事實勝於雄辯。主張“自然發生”說的人終於銷聲匿跡。