陳敏作亂，劉弘任陶侃作江夏太守，另封應揚將軍。陳敏派弟弟陳恢來侵犯武昌，不久，陶侃派兵抵拒。隨郡內史扈環到劉弘處挑撥他和陶侃的關係，劉弘卻認為自己十分了解陶侃的忠誠，不會有什麼隔閡之事的。陶侃暗中聞知此事後，立即派兒子陶洪和侄子陶臻去見劉弘，陳說情況，以解開劉弘的疑點。劉弘便任他們為參軍，又加陶侃為都護，讓他和諸軍並力抵拒陳恢。陶侃用運輸船當作戰艦攻打陳恢，所向必破。不久，陶侃母親去世，陶侃也因而離職。
喪期剛過，朝廷便任命陶侃為龍驤將軍、武昌太守。皇帝下令讓陶侃去攻打杜弢，令振威將軍周訪、廣武將軍趙誘受陶侃節度。陶侃令二將作前鋒，二將所帶軍眾英勇作戰，大破敵軍。隨之，陶侃又率軍日夜兼程，三天後到達荊州，擊敗敵軍，荊州之圍於是解除。後來，參軍王貢、部將張奕背叛，陶侃兵敗，朝廷將其官職全部免去。在王敦的一再上表請求下，朝廷讓陶侃戴罪立功。陶侃再整軍隊帶周訪等進軍湖南，派都尉楊舉作前驅，打敗了杜弢，屯兵於城西。陶侃因此也得以官複原職。他又勸降了杜弢的將領王貢，攻克長沙，全勝而還。
惜時如金平亂有功
陶侃在沒事的時候有個習慣，就是早晨起來把100塊磚從齋裏搬運到院中，晚上再把這些磚一塊塊地搬回屋裏。他用這種方法來鍛煉身體和意誌，受到人們的欽佩。
陶侃生性聰敏，勤於吏職，無論遇到什麼事，他都處理得滴水不漏。他常對人講：“大禹是聖人，他都十分珍惜時間，我們凡人，對時間更應珍惜，哪能逸遊荒醉，生無益於時，死無益於後，這是自暴自棄的做法。”平時他如發現手下有玩賭博遊戲的，當著眾人的麵把玩具扔到江中，並加以斥責，甚至動用刑罰。有贈送東西的，他必須問明來源，如是用自己的能力所得到的，則歡喜地收下，還要加倍回贈；如是貪汙官家所得，則立即退還，而且還要當麵批評。
蘇峻擁兵自重，叛亂朝廷，向京城進軍，因京都沒有良將拒守，平南將軍溫嶠邀請陶侃回援京城。陶侃換上軍裝，登上舟船，晝夜兼程向京城進發，很快在石頭城和溫嶠相會。諸將思戰心切，主張立即與敵軍決戰，而陶侃認為當前賊軍勢力較強、不可硬拚，應以智計擒捉蘇峻。但沒能說服眾人。二軍開戰以後，朝廷大軍多次敗北，諸將請求在查浦築壘。監軍部將李根建議在白石壘駐軍築壘，陶侃聽從其建議，天黑時開始修築，早晨時已經修成。等敵軍早上起來，發現突然出現的壘，不禁十分驚訝，於是轉攻大業壘。陶侃想派兵去援救，長史殷羨說：“如果現在派兵去解救大業，步戰必不如蘇峻力量強，那樣的話可就大勢去矣！現在隻需急攻石頭城，蘇峻一定要來解救，大業之圍自解。”陶侃於是采納他的建議攻打石頭城，趁蘇峻回救之時，將其打敗。
將軍郭默假造命令襲擊平南將軍劉胤，自領江州，陶侃聽說後便認為此事有詐。於是派遣將軍朱夏、陳修帶兵據守湓口，陶侃帶領大軍跟隨而進。郭默探知消息，立即派人給他送來藝妓、奴婢和絲絹百匹，連同他偽造的詔書一起呈給陶侃。參佐多諫說：“如果沒有詔令，郭默是不敢這麼幹的。如果進軍，也應該等到命令傳達下來才是啊！”陶侃厲聲說道：“劉胤一向被朝廷重用，即使真的不勝任職務，也不致於會遭到朝廷的討伐。郭默這個人雖然驍勇，但暴掠成性。他定是想趁著大亂剛剛息定，國家刑紀寬鬆，便想成就自己的野心罷了。”於是派人上表征討郭默，結果郭默部將擒獲郭默父子來降。不久，陶侃又率軍平定了襄陽。戰後，陶侃被任為大將軍，可以帶劍上殿，入朝不拜。
陶侃到了晚年，不想再參與朝事，請求遜位。後來他病重，想回長沙，軍資器杖牛馬舟船皆有定簿，封印倉庫，親自掌握門鑰匙，直到親手把這些交給繼任者王愆期，才登船出發，朝野眾人無不以為美談。
陶侃乘車到臨津坐船，第二天，便在樊谿病逝，時年76歲。晉成帝聞知陶侃病逝的消息，十分悲痛，下詔追贈他為大司馬，又賜諡曰“桓”，下令祠以太牢。