然而，《春秋》采列國史的因而不革，隻是孔子著《春秋》的一個方麵。孔子著《春秋》還有另一個方麵，這就是對列國史的刪改，對周代禮製的損益。孔廣森說：“仲尼作經，大有所刪改，豈專用舊史者乎？”（《公羊春秋經傳通義》卷一。）孔子的刪改損益，是孔子著《春秋》更為重要的方麵。正是有了刪改損益，《春秋》才成為寄托有孔子新意的經典與後王的一王大法。孔廣森說：
《春秋》之製者，君子所托新意，損益周製，以為後王法。（《公羊春秋經傳通義》卷一一。）
孔子寄托在《春秋》中的新意，孔廣森統稱為“義”。他認為《春秋》的特點是，“貴明義，不貴明事”（《公羊春秋經傳通義》卷一〇。），主張用事與義的不同來區分史與經的不同。孔廣森說：
魯之《春秋》，史也；君子修之，則經也。經主義，史主事；事故繁，義故文少而用廣。（《公羊春秋經傳通義敘》。）
史書的《春秋》主要是曆史事件的記錄，而孔子修定的《春秋》則以“義”為主。敘事相對於言義，需要較多文詞才能夠表述清楚，所以，孔廣森又以經文文字少、史書文字多來區分史與經的不同。但是，文字的多少隻是派生出來的，義與事的不同才是經與史的根本區別。孔廣森用義與事來區分經與史，與莊存與的用道與事來區分經與史，基本上是相同的，都體現了對《春秋》義理的重視。但是，孔廣森講《春秋》之義是“新意”，是孔子損益周製的結果，這與莊存與強調《春秋》僅僅是先聖的繼承是不同的。以義與事區分經與史，強調《春秋》有新意，是孔廣森整個《春秋》學的出發點。
孔廣森認為《春秋》的新意，不僅包含所有後王的一切王法，而且也有權衡萬事萬物的準則。他說：“《春秋》記事，皆為後王示法……經變之製，非不包舉。”（《公羊春秋經傳通義》卷一〇。）又說：“《春秋》權也，量物之輕重而為之衡者也。”（《公羊春秋經傳通義》卷九。）他反對漢代《公羊》學以《春秋》僅僅是為漢王朝立法的說法，強調《春秋》是一切後王所必須遵循的萬世法。同時，《春秋》的新意又具有無常的特點：“凡義無常，唯時所當。”（《公羊春秋經傳通義敘》。）他十分讚同董仲舒的說法，以為“《春秋》無達辭，唯義所適”（《公羊春秋經傳通義》卷六。），反對拘泥於《春秋》的文辭，主張以靈活的精神，根據“時”的不同等具體情形去體會聖人之義。他認為，隻有如此才可以真正把握到《春秋》的新意。在這一點上，孔廣森與董仲舒是相同的。
孔廣森雖然主張用靈活的變的精神來探求《春秋》的新意，其根本仍在儒家經學的義。他所探求的《春秋》新意，其實不過是儒家經學的政治倫理原則。他說：
《春秋》有七缺：惠公妃匹不正，隱桓之禍生，是為夫之道缺；文薑淫而害夫，為婦之道缺；大夫無罪而致戳，為君之道缺；臣而害上，為臣之道缺；晉侯宋公殺妻世子，為父之道缺；商臣蔡般弑其君，為子之道缺；黷烝災嚐郊祀不修，而周公之禮缺。此君子所以懼，《春秋》所以作也。（《公羊春秋經傳通義》卷一。）
所謂七缺是孔廣森對春秋時期禮崩樂壞的描述。他認為孔子作《春秋》，正是為了矯正春秋時期君臣、夫婦、父子之道及其祭祀諸典禮的缺失，以存先聖的王道，所謂“《春秋》之作，存王道於將絕，垂治法於不朽”（《公羊春秋經傳通義》卷一二。）。因此，孔廣森所謂孔子新意，不過就是對缺失的君臣、夫婦、父子之道的矯正，對周公之禮、文王之法的恢複，以接續熄滅的王道。故他說：“王跡熄矣，《春秋》乃以文王之法臨之，而托其義。”（《公羊春秋經傳通義》卷二。）在釋隱公元年春王正月時，又以為王為文王，以《春秋》繼文王，是孔子“製《春秋》之本義也”（《公羊春秋經傳通義》卷一。）。可見，孔廣森雖然認為《春秋》有對周禮的損益，寄托有孔子的新意，但是，這個新意仍然是以文王之法、周公之禮為宗，並不是無本之本。從這一意義上，孔廣森的說法與莊存與的說法並沒有什麼差別。所以，孔廣森雖然講《春秋》有新意，有王義，但同莊存與一樣，都沒有接受《公羊》學以王魯等微言為內容的孔子改製說。
盡管孔廣森所說的《春秋》新意，與《公羊》學的孔子改製的微言有所不同，但是他在書中仍以探求聖人新意為歸。所以，孔廣森特別反對把聖人之經當作史書、用曆史事實來論說《春秋》的做法。在他看來，俗儒以史解經的誤說源自《左傳》，《左傳》的最大失誤就在於以史解經。故他多次批評《左傳》以史解經的誤誣，如釋隱公元年春王正月，就針對《左傳》的時王之說，批評其“強據魯史正月，正月號稱為之時王，不亦誣乎？”（同上。）《左傳》不僅以史解經，還往往濫用文詞，來證明自己的說法，孔廣森釋僖公十九年夏“己酉，邾婁人執鄫子用之”條說：