3．農村稅費改革試點地區取消農業特產稅後的農業稅政策。2003年，農村稅費改革試點地區是否取消農業特產稅，各省級政府根據統一政策，分散決策的原則，自主決定。條件成熟的省，可結合本地實際，在自行消化財政減收的前提下，對部分農業特產品（除煙葉外）不再單獨征收農業特產稅，改為征收農業稅。具體品目各地可自行選擇，選定品目後，稅目的轉換、稅率的確定、計稅依據和征收方式按以下規定執行：（財稅[2003] 136號）
（1）稅目的轉換。將現行農業特產稅應稅品目中的水果、幹果、藥材、果用瓜、花卉、經濟林苗木等園藝作物收入、水產品收入、林木產品收入、食用菌收入和省級政府確定的其他收入，改為征收農業稅。將園藝作物收入中的蠶繭改按桑葉征收，毛茶改按茶青征收農業稅。將貴重食品中的海參、鮑魚、幹貝、魚唇、魚翅並入水產品征收農業稅。對牲畜產品（豬皮、牛皮、羊皮、羊毛、兔毛、羊絨、駝絨），不在土地上生產的農業特產品（如蜂蜜、燕窩等，但不含水產品），零星、分散地塊上生產的農業特產品，既不征收農業特產稅，也不征收農業稅。征收牧業稅的省區繼續對羊、牛等牲畜產品收入征收牧業稅。
（2）稅率的確定。水果、幹果、茶青、藥材、果用瓜、花卉、經濟林苗木等園藝作物收入，水產品、林木產品、食用菌收入和省級政府確定的其他收入的稅率，按照省級政府在農村稅費改革中規定的農業稅稅率執行。個別省區的原木、藥材、經濟林苗木、天然橡膠等品目收入，原農業特產稅的稅率低於當地農業稅稅率的，仍按原稅率征收農業稅。是否隨正稅征收20％的附加，由省級政府確定。但正稅附加的總體負擔水平應低於原農業特產稅（含附加）的負擔水平。
（3）計稅收入。改征農業稅的農業特產品的計稅收入由實際收入改為原則上參照糧食作物收入確定。具體規定如下：
對利用耕地和園地生產的，按當地同等土地糧食作物的常年產量確定計稅收入。對利用其他土地生產的，參照當地耕地糧食作物的常年產量確定計稅收入。對利用灘塗、海水養殖和捕撈的水產品，按其曆史收益情況確定計稅收入。計稅收入確定以後，原則上保持一定時期的穩定。考慮到農業特產品生產受自然條件影響較大，計稅收入應按照從低原則確定。
對林農采伐的原木、原竹，按照采伐量從低確定計稅收入。
對財務製度健全，會計核算準確真實的捕撈水產品、采伐原木原竹的企業和單位，按其銷售量確定計稅收入。具體品目的計稅收入，由省級政府確定。
（4）減免稅。農業特產品改征農業稅後，統一按照農業稅減免政策執行。
（5）征收辦法。農業特產品與糧食等農產品一樣，一般采取農業稅征收辦法。對財務製度健全、會計核算準確真實的捕撈水產品、采伐原木原竹的企業和單位，實行查賬征收。對養殖水產品、捕撈水產品的個人和捕撈水產品無賬可查的企業、單位以及采伐原木原竹的林農，實行核定征收。過去一直由收購者代扣代繳，改為由生產者直接征收確有困難的，仍可沿用原有的代扣代繳辦法。