“紅丸案”引發了一連串變故。首輔方從哲根據光宗遺詔，不僅不治李可灼的罪，反而擬賞銀五十兩，使輿論大嘩，許多官員紛紛上疏糾劾方從哲、李可灼與崔文升，最後方從哲辭官，李可灼充軍，崔文升貶到南京，此案才算告一段落。光宗死後，由長子朱由校繼承皇位，是為熹宗天啟皇帝。
在天啟朝，統治集團內部“黨爭”越演越烈，大臣之間相互結黨，排斥異己，攻訐對手。熊廷弼治理遼東雖然功勞顯著，但是他對朝廷黨爭不願過多預聞，拒絕各黨派的援引，且不向當權者曲意迎奉，因而得罪了朝中的權勢人物，成為黨爭中的被攻訐對象。
先是禦史劉國縉和姚宗文挾私煽動同夥陷害熊廷弼，熊廷弼得知後上疏為自己辯解；之後禦史馮三才、張修德又彈劾熊廷弼，熊廷弼無奈再次上疏自辯。但朝廷中對他的彈劾並沒有停止，最後熹宗派袁應泰取代熊廷弼經略遼東，熊廷弼因此而成為統治集團內部鬥爭的犧牲品。
對自己的含屈受冤，熊廷弼上疏辯道：“今朝堂議論，全不知兵。冬春之際，敵以冰雪稍緩，哄然言師老財匱，馬上促戰。及軍敗，始愀然不敢複言。比臣收拾甫定，而愀然者又哄然責戰矣。自有遼難以來，用武將，用文吏，何非台省所建白，何嚐有一效？疆場事，當聽疆場吏自為之，何用拾貼括語，徒亂人意，一不從，輒怫然怒哉！”
但是熊廷弼的抗辯猶如泥牛人海，昏聵的明熹宗不顧遼東急需用人的緊急形勢，換上了不知兵事的袁應泰。明廷罷免熊廷弼這一自毀長城的愚昧之舉，使它付出了慘重的代價，也給善於抓住時機變化的努爾哈赤提供了良機。
袁應泰到任後，殺白馬祭神，表示自己願與遼事相始終。但他是一介書生，雖然做官“精敏強毅”，但行軍打仗並非他的強項。熊廷弼在遼時，隊伍整齊，紀律嚴明，法令劃一，以守禦為主；而袁應泰則一改熊廷弼的策略，寬縱將士，撤換將官，同時不辨真假地收納蒙古和女真降人，結果裏麵夾雜了許多間諜，為其日後充當努爾哈赤攻遼的內應提供了機會。這樣，袁應泰雖然為自己博得了一個好名聲，朝廷也多次嘉獎他，但遼東的防務實際上被大打折扣，與熊廷弼在遼時不可同日而語。
目光敏銳、富有軍事天賦的努爾哈赤在熊廷弼治遼時，被迫轉移戰線一年多，而且不得不將進攻遼陽、沈陽的計劃暫時擱置。當他看到明朝政治日益腐敗，政局更加混亂時，就覺得機會快來了，明神宗與明光宗的先後死去，使明廷黨爭益烈，加上經略換人，軍心渙散，使努爾哈赤捕捉到了一個進攻遼、沈的絕佳時機，於是他果斷地下令向遼、沈大舉進兵。
天啟元年(公元1621年)春，努爾哈赤率軍進入遼河流域，發動了遼沈之戰。為了打贏這場戰爭，努爾哈赤做了精心準備：刺探敵情、厲兵秣馬、製造鉤梯和車等攻城器械。做好這些工作之後，努爾哈赤發動了進攻。
僅僅經過十天，努爾哈赤的大軍就接連攻克了沈陽和遼陽兩城。沈、遼兩城作為明朝在遼東的重鎮，不僅派有重兵鎮守，而且牆固城高，器械齊全，按常理堅持一年半載不成問題，但在努爾哈赤大軍的進攻下，有著“固若金湯”之稱的沈、遼接連失陷，這當然令明朝統治者大驚失色，不知如何是好。
努爾哈赤為何能在如此短的時間連克沈陽、遼陽兩城呢？這除了明朝更換主帥導致軍心渙散之外，更與努爾哈赤的軍事天才密不可分。首先他抓住了有利的進攻時機，即利用不知兵事的袁應泰經略遼東的機會，向明軍大舉進攻；其次，在進攻的時候，又充分發揮後金軍隊長於野戰的特點，引誘明朝守軍放棄防禦，出城擊敵，結果正中努爾哈赤的圈套，被長於野戰的後金軍隊擊潰。這樣，金軍就變敵之長為短，而使己之短變長，從而實現了克敵製勝的目標。
由於努爾哈赤善於用變、抓住時機進攻遼沈，使得明朝在遼東的戰爭遭到重創。從此明朝更是陷於被動防守的局麵，盡管後來又先後換上熊廷弼和袁崇煥，使形勢有所轉變，但明朝皇帝的昏聵無能和剛愎自用，使這兩位帥才難以得到重用，反而被他們殺害，於是明朝也就朝著滅亡的陷阱一步一步走近了。