軍務院下設四部，分別是兵部、後勤部、參謀部和安全部。兵部主要負責全國部隊的調動、訓練以及新兵的招募，由楊東義擔任。後勤部主要負責軍隊的後勤工作以及裝備武器的製造，由鄭少勤擔任尚書，此人是我從南方招來的，家族幾代造船，並且曾經在朝為官，到也勝任。參謀部負責全國戰略形勢的研究以及大規模作戰策略的製定，由陳振林擔任。安全部主要負責都城的安全工作以及吸收各國的情報，由羅恒擔任。
司法院下設三部，分別是審判部、律部和諫言部。審判部主要負責管理全國審判部門的審判工作，對下屬部門的審判案件進行複議和裁定，由劉利文擔任。律部負責各項法律的製定，由孟凡啟擔任。諫言部其實就是以前的禦史台，主要負責向上諫言，監督百官，由朱叔安擔任。
在地方政府體係中設省、縣兩級政府，原計劃設州縣，但考慮到可能和中國傳統的周劃分有所混淆，便將州改為省了。在我的管轄範圍內設七省，分別是山東省、河北省、山西省、上京省、東京省、熱河省和燕京省。七省最高長官稱為巡撫，總共管轄117個縣。各省另設審判院，負責審理各省案件，與巡撫同級，稱審判長。任命趙泰奇為山東巡撫，胡譚耀為審判長；李顯為山西省巡撫，韓冬紀為審判長；朝廷任命的河北路巡撫史克裏繼續擔任河北巡撫，白名璨擔任審判長；成泰為上京省巡撫，徐澤為審判長；龐正林為東京省巡撫，由金人投降的圖卡文為審判長；泰軻隆為熱河省巡撫，王文昌為審判長；宋闌為燕京省巡撫，朝廷原官員馬思忠為審判長。所轄各縣的縣令除留用的朝廷官員外，其他的職位全部由入圍的前一百名考生擔任。在東北三省則側重啟用當地的漢人或者願意歸降的金國官員，整個安排下來，竟然還有五十多個空缺，隻好從沒入圍的人當中又啟用了五十多人。由於各個部門都需要人，這剩下的四百人都沒浪費，基本上全部啟用了。
對於需要帶兵打仗的將領不便在政府任職，我在軍隊中也進行了嘉獎。封方力為安國將軍、辛棄疾為平虜將軍、荊飛為安定將軍。另將彭德育、張達、李雄、鐵必爾、忽烏達、呂亮封為大將，其他將領都封為副將，少帥軍上下一片歡呼。王成誌由於我不想把他束縛在具體的職務上，沒有安排官職，他為人灑脫，倒也毫不介意。