公元7世紀的《於闐醫學文獻》中記述了治療疾病的方藥。公元8世紀初，唐代天寶年間，於闐維吾爾名醫比吉·讚巴希拉汗應聘入藏，擔任王室侍醫，曾把自己翻譯的《醫學寶鑒》《傷科精義》《屍體圖鑒》《甘露寶鑒》等10餘種醫書獻給藏王，藏王赤德祖讚令人將書集中收藏，統一命名為《王室養生保健全書》。比吉·讚巴希拉漢告老返回於闐前，曾將有關人體解剖的書籍和包括諸症治療、切脈秘訣等內容的醫學巨著《黃色比吉經函》一起獻給藏王赤鬆德讚。
公元9世紀左右的《回鶻醫學文獻》，是反映當時高昌回鶻王朝醫學的片斷材料，其內容包括臨床各科疾病、治療與藥方。疾病方麵包括病理、生理、內、外（骨傷）、婦、兒和五官等科的疾病；治療包括食物療法、藥物療法（內服和外敷）、護理、冷熱敷、灸烙、放血、穿刺、骨折時夾板固定、天然水療、日療和精神療法；藥物方麵有牛角、尿、乳汁、羚羊角、斯迪係、庫爾木克、庫衣木，牛、豬、狼和兔的膽汁，麝香、海狸香、硇砂、胡楊膠、桑木幹、紅檀香、白檀香、葡萄醋、黑胡椒、芝麻、蒜和白鉛粉等，具有濃厚的民族特點。自10世紀開始，新疆南疆地區處在喀拉汗王朝時期，此時有兩部重要的文學著作，即《突厥語大詞典》和《福樂智慧》。馬合穆德·喀什噶裏所著的《突厥語大詞典》中記載的臨床各科疾病、治療方法、處方和藥物的格調與《回鶻醫學文獻》一脈相承，例如，服用瘋狗的腦能治療狂犬咬傷，食用駱駝肉和大麥混合的飯能治療夜尿症，將硼砂和麝香混合放在牙上能治療牙疼等。優素甫·哈斯·哈吉甫所著《福樂智慧》提到人的生、老、病、死都與自然界的四大物質（火、氣、水、土）及自身產生的四體液（膽液質、血液質、黏液質、黑膽質）的盛衰有著密切的關係。作者論述了四大物質在體內的運轉機製，既相互滋生，又相互製約，說明維吾爾漠北醫學文化時期的結束和另一個新時期醫學文化的開始。這時期有一位著名醫學家馬合木德·伊本拉西德·伊本阿裏·喀什噶裏，他將自己的醫療技術，諸如用茴香酒治療白癜風，用人參治療陽痿，洋茴香、阿育魏實、卡拉菜子和米子治療弱視等，傳授給波斯學者穆罕默德·伊本·艾比孜克裏亞。那時，在新疆阿圖什（現克孜勒蘇柯爾克孜州）麥歇德村成立了薩齊也學堂，它是包括醫學專科在內的綜合性的院校。該校最著名的維吾爾外科醫學家伊麻地丁·喀什噶裏，多次奔赴戰場成功地完成了手術，他高超的醫技和人道主義精神，得到國王的恩賜，獎給他戰馬和戰刀。他用畢生的精力寫出《注大醫典》，贈與國王。
維吾爾醫學的基礎理論在喀拉汗王朝時期提高到新的階段，它包括四大物質（火、空氣、水、土）學說、氣質學說和四體液學說等，這些理論指導著臨床的醫療實踐；根據藥物的四種屬性——熱、寒、幹、濕理論調理藥性，調整平衡。雖然，喀拉汗王朝時期的許多回鶻人的著作未能保留下來，但從當時的《福樂智慧》及元代以後維吾爾醫家撰寫的許多著作中可以得到證明。
宋金元時期賈馬力丁·阿克薩拉依11世紀生於和田墨玉縣阿克薩拉依村。他的代表作《白色宮殿》（阿克薩拉依），他以本村村名為他的醫著名，本書1899年在印度出版，並被印度德裏伊斯蘭醫學院用作教材。該書大體分為三個部分，即基礎理論、全身各器官疾病的治療、藥物和方劑，是一本較係統的維醫學專著，至今仍享有盛譽。12世紀末13世紀初，西遼政權統治時期，和田一位名醫艾拉馬·阿拉依丁·馬合木德·和田尼著《醫學法規》和《治療精則》，其手抄本一直流傳至今。
元代統治者由於民族、宗教等原因，對畏兀兒（元代對維吾爾之稱）、阿拉伯醫都比較重視。元政府設置廣惠司（即後來的回回藥物院），該院主持編出《回回藥方》（36卷），現僅存殘卷，其中收載的藥方就有維醫的內容，反映了當時維醫的某些醫藥知識和用藥習慣。
在察合台（14～16世紀）後期，塔裏木盆地出現了一位名醫努肉孜阿訇（14世紀），他在行醫中培養了很多徒弟，擅長利用當地草藥治病，後來定居麥蓋提。至今麥蓋提人民對他的墓地都十分崇敬，稱為“努肉孜阿訇寢陵”。以後在新疆出現割據王國的時代，醫學事業得到了發展，國王們除要求在宮中的醫生們撰寫醫藥著作外，還確定專職人員抄寫一部分醫書，現在有些人手中仍保存有當時抄寫並印有國王印璽的醫學著作。
《醫學辭典》（蘇拉赫）是由加馬力·哈爾西醫生在喀什噶裏用波斯文撰寫的以維醫學理論為主的詞典。它還包括自然、地理、氣象、哲學等方麵的內容。
三、明清時期
這一時期的維醫學有了較大的發展，特別是一些著名醫家在理論和實踐方麵都作出了貢獻。和田名醫毛拉·阿熱甫·和田尼，從兒童時代起就受其父親和祖父的教育，後來成了翻譯家。17歲時，他到莎車，受教於其父塔依爾阿訇的師傅和祖師胡加賽德爾丁·伊熱維。同時，又拜師於當地的醫學大師、賢知者馬合穆德汗，刻苦學習醫學理論、臨床知識及藥物學。完成學業後，他回到和田。7年後，他在駝隊的幫助下，跋涉浩瀚的沙漠，越過喀喇昆侖山到印度，為伊麻木熱巴尼服務了3年。他通過教授學生和行醫，終於成為一位有名望的學者。他回到和田後，用波斯語撰寫了《治療傷寒的可信之言》一書。他通過實踐證實芳香類藥物對於治療政府官員等腦力勞動者所患疾病較為有效。他論述了十幾種心髒及大腦疾病的實質，並把40種芳香類藥物按單方及複方分類，寫成《對智力者及國王有益方》一書，經醫學家墨拉那·阿西日夫·艾力薩赫布推薦給印度國王。他後來又花了7年時間用突厥語寫成《治療指南》（代斯吐肉勒·依拉吉），這本書代表了他一生的成就。