農藥在使用過程中，必然殺傷大量非靶標生物，致使害蟲天敵及其他有益動物死亡。環境中大量的農藥還可使生物產生急性中毒，造成生物群體迅速死亡。鳥類是農藥的最大受害者之一。據研究，經呋喃丹、3911、豐索磷等處理過的種子對鳥類殺傷力最大。美國曾經報導，在每公頃噴灑0.8千克對硫磷的一塊麥田裏，一次便發現殺死1200隻鵝，而在另一塊使用呋喃丹的菜地裏殺死了1400隻鴨。美國每年因農藥汙染死亡的鳥類多達6700多萬隻，僅呋喃丹一項每年就殺死100萬～200萬隻，平均每公頃0.25～8.9隻。埃及某農場的稻田內因大量使用對溴磷農藥，一年便導致1300頭大型役用家畜中毒死亡。據報道，美國大約有20％的蜂群損失是由農藥直接造成的。我國江蘇省大豐縣用飛機噴灑DDT粉劑，施藥10小時後，當地蜜蜂被殺死90％。蜜蜂的大量死亡，不僅直接降低蜂蜜產量，還使作物傳粉率降低，影響作物產量和質量。據估計，全球每年因農藥影響昆蟲授粉而引起的農業損失達400億美元之多。除草劑對農作物及其他植物的危害也是相當嚴重的。美國得克薩斯州西南部用飛機噴灑除莠劑防治麥田雜草，由於藥物漂移，使鄰近棉田棉株大量死亡，損失達20000萬美元。在艾奧瓦州施用除草劑，由於土壤中農藥殘留，造成大麵積大豆死亡，損失達3000萬美元。
★綠色追問——農藥汙染
農藥汙染是指農藥及其在自然環境中的降解產物，汙染大氣、水體和土壤，破壞生態係統，引起人和動植物急性或慢性中毒的現象。農藥分有機農藥和無機農藥。汙染主要由有機氯農藥、有機磷農藥和有機氮農藥等造成。造成農藥汙染的原因很多，如長期使用一些禁用的高毒高殘留農藥，或在作物上濫施亂用等。
農藥是一類特殊的化學品，它既能防治農林病蟲害，也會對人畜產生危害。因此，農藥的使用，一方麵造福於人類，另一方麵也給人類賴以生存的環境帶來了嚴重危害。高效劇毒的農藥，毒性大，且在環境中殘留的時間長，當人畜食用了含有殘留農藥的食物時，就會造成積累性中毒。這類危害往往要經過較長的時間積累才顯示出症狀，不為人們所認識。它又是通過食物鏈的富集作用，最後才進入人體，不易及時發現。因此，一般不為人們所重視。而且這類汙染範圍廣，危害的人眾多，在許多情況下，是人類自己在毒害自己。所以說，這類危害更加危險。
目前，農藥已經對人類和其他生物造成了極其嚴重的危害，對生物多樣性構成了巨大威脅，給人類和大自然造成了無法估量、無法挽回的負麵影響。
大量使用農藥，在殺死害蟲的同時，也會殺死其他食害蟲的益鳥、益獸，使食害蟲的益鳥、益獸大大減少，從而破壞了生態平衡。經常使用農藥，也使害蟲產生了抗藥性，導致用藥次數和用藥量的增加，加大了對環境的汙染和對生態的破壞，由此形成濫用農藥的惡性循環。還有一個鮮為人知的事實是，使用農藥不僅不能從根本上除掉害蟲，反而會加速害蟲的進化，增強它們的抗藥性，甚至會產生無法用農藥消滅的害蟲。
隨排水或雨水進入水體的農藥，毒害水中生物的繁殖和生長，使淡水漁業水域和海洋近岸水域的水質受到損壞，影響魚卵胚胎發育，使孵化後的魚苗生長緩慢或死亡，在成魚體內積累，使之不能食用並導致繁殖衰退。隨著用藥量的不斷增加，漁業水質不斷惡化，漁業汙染事故時有發生，漁業生產受到嚴重威脅，造成漁業大幅度減產，造成直接經濟損失。化合物的毒性是其可使人（或動物）造成傷害的固有特性，而化合物的危害性是其毒性的函數，即在特定環境條件下與該化合物的接觸程度，是對人造成傷害可能性的條件。