弗萊明知道這件事後，也放棄了對青黴素的研究，對它的興趣也開始淡了下來。1936年，磺胺類抗菌藥第一次在世界上出現，更使得青黴素黯然無光，人們幾乎忘掉了它。曆史是位最公正的老人，10年後，它使青黴素正式登上了醫藥學的舞台。
盡管弗萊明放棄了對青黴素的研究，但他曾發表的論文卻終於找到了“知音”，正是那篇論文喚起了許多人對青黴素的重視。從1933年開始，一位名叫歐內斯特·金的專門研究酶的化學家使青黴素煥發了青春。這位化學家在搜集文獻時驚奇地發現了弗萊明的論文，他對弗萊明關於溶菌酶的設想非常感興趣，他隨即又將此論文推薦給英國著名的病理學家弗羅裏。不久後，弗羅裏證明青黴素既不是一種溶素也不是一種酶，但他對青黴素的抗菌效力十分滿意。1940年，弗羅裏在做動物實驗時證實，青黴素具有強大的殺菌作用，這進一步鼓舞了弗羅裏。
為了籌措資金，弗羅裏四處奔走，最後終於獲得了洛克菲勒基金會資助的一筆龐大資金，這才開始了正式的開發研究。在動物試驗宣告成功後，他接著想要做臨床試驗，但這得大量製造青黴菌才行。
於是，弗羅裏不辭辛苦地又飛到美國，四處向猶豫不決的藥廠遊說，最後計劃終於實現。為了盡快用於臨床實驗，他先在牛津大學建起了一座簡易工廠，翌年，提純青黴菌的工廠正式開工。
1941年，弗羅裏將純化後製成的青黴素液用於病人身上，取得了明顯的療效。但遺憾的是，他發表的成果報告並沒有引起公眾的多大興趣和反響，甚至連弗萊明本人也對此不置可否。
長江後浪推前浪，真正的事業總會有大量有識之士去繼續完成的。使青黴素得以聲名大振的，還得歸功於當時的一位社會知名人士。這位人士是弗萊明的一位好朋友，1942年8月，他患了腦膜炎，雖經磺胺藥物治療，但仍無效果。弗萊明眼看他的朋友快死了，決定采用青黴素試試。於是他向弗羅裏求援，弗羅裏為他提供了一些純化青黴素藥液，並告訴他使用辦法。看來，這位青黴素的最早發現者在臨床應用方麵，卻落在別人的後麵了。
用藥之後，瀕臨死亡邊緣的病人奇跡般地恢複了健康。這位知名人士使弗萊明大夫馬上成了無數家報紙采訪的中心人物，同時，青黴素也由各種新聞媒介廣泛傳開了。隨即，青黴素藥治療各種疾病的神奇功能日益為人們所認識，在歐洲引起了一場“盤尼西林旋風”。不久，青黴素藥品闖遍天下，成了各科醫生案頭必備的抗菌劑，榮譽也像雪崩一樣向弗萊明湧來。
在美國大量生產的青黴素藥品空運到英國，供倫敦各大醫院臨床使用，出現了意想不到的藥效。
“奇跡般的靈藥出現了！”——人們競走相告，轟動一時。可是這時第二次世界大戰又爆發了，由於戰爭期間報道受到限製，因而在發明青黴素藥品的英雄名單上，功不可沒的弗羅裏卻榜上無名，實在是件遺憾的事。曾經培養過弗萊明的聖瑪麗醫院也趁此宣傳青黴素藥的發明者乃是該院的優秀畢業生弗萊明，這樣一來，弗萊明便一枝獨秀地成了大英雄。
1945年，戰後首屆諾貝爾醫學獎頒贈給青黴素的發現者，是人人都易猜想到的。當時一般風傳弗萊明大有可能單獨獲獎，但結果這項殊榮卻由弗萊明、弗羅裏以及弗羅裏的同事，德國生物化學家柴思三人共同獲得，這無疑是一個較完滿的結局。在這以後的十多年裏，弗萊明繼續攀登在充滿勝利和成功，也充滿荊棘和曲折的探索之路上。他曾經獲得過15個城市的榮譽市民稱號，25個榮譽學位以及140多次重大獎賞、榮譽和獎勵。他的創造性工作對人類的生存和發展意義太大了，人們不會忘記他。人在與自然的抗爭中，盡管經曆了無數次成功與失敗的考驗，飽嚐著喜悅與痛苦，取得了一個又一個回合的勝利。但路漫漫兮而道遠，這隻是萬裏長征所走完的第一步。人類憑借其智慧所創造出來的科學技術，可使人能“上九天攬月，下五洋捉鱉”，然而，人類在對人體自身奧秘的認識，以及對各種人體疾病的治療手段方麵，仍顯得幼稚和不成熟。顯然，認識及控製人自身要比認識和控製自然更難。今天，癌症、艾滋病等仍是使醫學家望而生畏又難以根治的病症。然而，一旦回想起青黴素藥品曲折的發明過程，我們深深對人類的無窮智慧和勇氣充滿信心，科學技術的發現和發明，都是一個從無到有的過程，過去沒有的，甚至不敢想的，今天卻已變成現實；同理，今天沒有的，或者今天所不敢想的，難道不可能成為明天的現實嗎？