與此同時，被他們留在摩鹿加群島的“特立尼達”號船員試圖駕駛它回到巴拿馬。然而，航行至北緯43°、西經175°的時候，補給品快用完了，他們隻好返回摩鹿加群島。結果，他們被葡萄牙船隻上的人當成海盜給抓了起來，因為葡萄牙人認為他們是西班牙派來破壞他們的貿易壟斷地位的。“特立尼達”號的船員們被投入監獄，經過一番周折，最後隻有4個人回到西班牙。所以，算上之前在佛得角群島登岸的“維多利亞”號上的13人，麥哲倫環球航行的生還者總數有35人。
從地理大發現的角度而言，這次航行具有獨一無二的重要意義，它完全確定了世界上存在一個獨立於亞洲之外的新大陸。尤其從“特立尼達”號的返航（這一點很少有人注意到）來看，說明航線北部和亞洲東部的海域麵積巨大，而之前的航行表明航線南部有著十分寬廣的海域。“維多利亞”號的環球航行之後，宇宙地理學家們得以確定，世界遠比古人想象的大得多；或者可以說，亞洲比中世紀的作者們想象的小。麥哲倫所表現出的堅持不懈的精神使他的偉大程度超過了哥倫布，哥倫布僅僅用了一個月的時間，按照托斯卡內利的地圖航行到了他所以為的“印度”而已。麥哲倫之後，如我們所見，除了北極圈和澳大利亞之外，人們已經掌握了世界上各處海岸線的大致輪廓。
航行的結果自然令皇帝十分滿意，他授予德爾·卡諾一筆退休金和一個紀念他功績的盾形紋章，紋章上麵的圖案十分生動具體：兩根肉桂枝拚成的聖安德魯十字、三隻肉豆蔻和十二朵丁香、紅色紋飾、城堡、羽毛和一個地球儀，上麵刻著格言“你是第一個環繞我的人”，還有兩位戴王冠的馬來國王，手中拿著香料植物的枝條。城堡指的是卡斯蒂利亞，而紋章的其餘部分則強調了這次環球航行和探訪香料群島的重要性。然而，我們已經看到，“維多利亞”號離開後，葡萄牙立刻恢複了其在摩鹿加群島的貿易控製權。7年後，查理五世放棄了此次航行造訪摩鹿加群島為他帶來的可能享有的所有權利。但在後來很長一段時間裏，西班牙人仍然對香料群島念念不忘，曾經資助過西班牙君主的富格爾家族的銀行家們也一直想要控製秘魯，他們直言不諱地表示要把秘魯變成占領摩鹿加群島的“跳板”。毫無疑問，這會令讀者想起曆史上的類似事件。
綜上所述，發現和界定新大陸的過程可以明顯地分為三個階段：
首先，哥倫布認為他到了日本，實現了他遠航的目的。
然後，亞美利哥·韋斯普奇沿南美海岸航行，確定哥倫布發現的大陸和歐洲一直覬覦的香料群島之間存在一塊未知的土地。
最後，在抵達摩鹿加群島之前，麥哲倫通過遊曆南太平洋數千英裏的海域，證實了上述猜想。
另外，還存在第四階段，即逐漸發現美洲西北部並不與亞洲相連的過程，但這個階段是由白令和庫克船長逐漸推動和完成的。