間生帶：有些種類在殼套與相連帶之間具有間生帶，凡貫殼軸較長的種類都有間生帶，其數量有1~2條或多條。花紋形狀主要有三類：魚鱗狀，如卡氏根管藻；環狀，如杆線藻；領狀，如環形婁氏藻和中肋角毛藻。
隔片：具間生帶的種類，有向細胞腔內伸展成片狀的結構，稱隔片。如果隔片一端是遊離的，稱為假隔片，如斑條藻；如果隔片從細胞的一端通到另一端，則稱為全隔片或真隔片，如楔藻。間生帶和隔片都具增強細胞壁的作用。
突出物：矽藻細胞表麵有向外伸展的多種多樣的突出物，有突起、刺、毛、膠質線等。它們有增加浮力和相互連接的作用。
突起：是細胞壁向外的頭狀突出物，如彎角藻。
刺：一般細而不長，末端尖，其數目、長短不一，最粗大的刺如雙尾藻，中等的刺如盒形藻，較小的刺如圓篩藻的緣刺。
毛：為較細長的突出物，長度常為細胞直徑的數倍，有的種類在粗毛裏還有色素體，這是毛與刺的最大區別。此外還有膜狀突起（如太陽漂流藻）和膠質線、膠質塊等膠質突起（如海鏈藻）。
花紋：矽藻細胞壁上都具排列規則的花紋，主要有點紋，為普通顯微鏡下可分辨的細小孔點，單獨或成條（點條紋）；線紋，這是由矽質壁上許多小孔點緊密或稀疏排列而成，在普通顯微鏡下觀察時，無法分辨而是一條直線狀；孔紋，為矽質壁上粗的孔腔，中心矽藻綱的孔紋基本為六角形，其結構很複雜；肋紋，為矽質壁上的管狀通道，內由隔膜分成小室或壁上因矽質大量沉積而增厚。
三軸和三麵：按矽藻細胞的方位分為縱軸、橫軸和貫殼軸。由縱軸和橫軸形成上、下殼麵。由縱軸、貫殼軸形成長軸帶麵。由橫軸、貫殼軸形成短軸帶麵。從殼麵看，稱殼麵觀；從帶麵（殼環麵）看，稱帶麵觀（側麵觀）。殼麵和帶麵形狀截然不同。通常中心矽藻類殼麵呈輻射對稱，多為圓形、橢圓形，也有三角形或多角形的；羽紋矽藻類，殼麵一般細長，呈兩側對稱，有舟形、卵形、弓形、S形、菱形、新月形和橢圓形等。帶麵（殼環麵）一般為長方形、方形或楔形等。
縱軸：為殼麵中央的縱線，又稱頂軸、長軸。
橫軸：為殼麵中央的橫線，又稱切頂軸、短軸。
貫殼軸：是上、下殼麵中心點的相連線，又稱殼環軸。
.色素體：矽藻的光合作用色素主要有葉綠素A、C1、C2以及β-胡蘿卜素，岩藻黃素、矽藻黃素等。色素體呈黃綠色或黃褐色，形狀有粒狀、片狀、葉狀、分枝狀或星狀等。
.同化產物：主要是油滴，在顯微鏡下觀察，油點常呈小球狀，光亮透明。
.細胞核：矽藻有一個細胞核，常位於細胞中央，在液泡很大的細胞中，常被擠到一側。用甲基藍或尼羅藍稀溶液染色，可見到細胞核。
生殖方式浮遊矽藻常用一分為二的繁殖方法產生。分裂之後，在原來的殼裏，各產生一個新的下殼。盒麵和盒底分別名為上、下殼麵。殼麵彎伸部分名殼套。上下殼套向中間伸展部分，稱相連帶。上下相連帶總稱為殼環，這個麵稱殼環麵。有些種類，如根管藻，在殼環麵細胞壁上還有很多次級相連帶，或稱間板。細胞質和一般植物細胞相似。生殖方法有營養生殖，形成複大孢子、小孢子和休眠孢子等。
.營養生殖為矽藻最普通的一種生殖方式。分裂初期，細胞的原生質略增大，然後核分裂，色素體等原生質體也一分為二，母細胞的上、下殼分開，新形成的兩個細胞各自再形成新的下殼，這樣形成的兩個新細胞中，一個與母細胞大小相等，一個則比母細胞小。這樣連續分裂的結果，個體將越來越小。這在自然界和室內培養的矽藻可見到。
.複大孢子矽藻細胞經多次分裂後，個體逐漸縮小，到一個限度，這種小細胞不再分裂，而產生一種孢子，以恢複原來的大小，這種孢子稱為複大孢子。複大孢子的形成方式有無性和有性兩種。
無性方式是由營養細胞直接膨大而成，如中心綱的變異直鏈藻。
有性方式通過接合作用，借助運動或分泌膠質使個體接近，然後包圍於共同膠質膜內，進行接合。
.小孢子多見於中心矽藻的一種生殖方式，細胞核和原生質多次分裂，形成8、16、32、64、128個不等小孢子，每個小孢子具1～4條鞭毛，長成後成群逸出，相互結合為合子，每個合子再萌發成新個體。
.休眠孢子這是沿海種類在多變的環境中的一種適應方式。休眠孢子的產生常在細胞分裂後，原生質收縮到中央，然後產生厚壁，並在上、下殼分泌很多突起和各種棘刺。當環境有利時，休眠孢子以萌芽方式恢複原有形態和大小。
分類概述根據殼的形狀和花紋排列方式，浮遊矽藻分成兩個綱：中心矽藻綱和羽紋矽藻綱。