內髒不適，出現寄生蟲或者係統本身的原因，都可能使回聲定位係統出現故障，讓鯨魚迷失方向、四處亂竄。也有科學家認為，當鯨魚為了捕食隨水勢誤入地形平緩的水域，一旦退潮就會造成擱淺；而當它們為了追食魚群而遊進海灣，向著有較大斜坡的海灘發射超聲波時，回聲往往誤差很大，甚至完全接收不到回聲，也會因此迷失方向。鯨魚是戀群動物，如果有一條鯨魚衝進海灘擱淺，其餘的就會奮不顧身地跟隨上去，造成群死群傷的悲劇。
早在2004年12月，美國的《科學》雜誌就曾報道，根據美國伍茲霍爾海洋研究所科學家的研究，部分科學家認為鯨魚死亡的原因可能是它們浮上海麵過快造成。這個研究所的兩位科學家在研究擱淺致死的抹香鯨的骨骼後發現小凹洞，他們解釋這是抹香鯨骨骼都出現的骨頭壞死的現象。抹香鯨可以潛到水下3200多米深的地方捕食，如果它們迅速浮上淺海，體內的氮氣就會湧出形成氣泡。這些氣泡糾結在組織中會壓迫神經，阻塞毛細血管，導致其肌肉缺氧，甚至會影響骨骼引起區域性壞死，留下多處小凹洞。這顯示，抹香鯨自殺很可能是他們覓食時升水過急而付出的代價。
大自然也推波助瀾年，馬爾維納斯群島海岸約300頭鯨魚集體自殺。阿根廷學者分析後認為，當時太陽黑子的強烈活動引起了地磁場異常，發生了地磁暴，這破壞了正在洄遊的鯨魚的回聲定位係統，令其犯下“方向性”的錯誤。
英國國家海洋水族館專家也曾猜測，可能是海底低頻地震產生的聲音衝擊波幹擾了這些哺乳動物的回聲定位係統，從而使得它們誤上了海灘。
中了輪船的毒日本學者岩田久人在擱淺致死的鯨魚屍體中檢測到了高濃度的三丁基錫、三苯基錫等有機錫毒物。這些毒物來自於航海公司每年在船底塗刷的塗料。他認為，鯨魚或海豚喜歡沿著船舶航線遊戲追鬧，它們的神經係統和內髒首當其衝受到溶於水中的有機錫塗料的毒害，辨別方向的功能遭摧毀，從而擱淺身亡。
又是人類惹的禍環境汙染也被環保主義者和科學家認為是鯨魚擱淺的原因。科學家們認為，那些汙染海水的化學物質可能擾亂了鯨魚的感覺。此外，法國拉羅謝爾海洋哺乳類動物研究中心副主任科列德博士認為，軍艦聲納和回聲控測儀所發出的聲波及水下爆炸的噪音，會使鯨魚的回聲定位係統發生紊亂。
幾年前，美國海軍在巴拿馬島的深海中使用了大型的聲納設備，隨後，一些鯨魚海豚紛紛擱淺死亡。國家海洋漁業服務部門及海軍的調查者稱，聲納的噪音導致了海洋生物的死亡。他們發現鯨魚的耳朵受到了嚴重的噪音損害，在鯨腦部及耳骨周圍也有血跡。科學家稱，海洋哺乳動物其實十分脆弱，稍有風吹草動就會受到驚嚇。人類的海上演習也可能讓它們驚慌失措。
從以上各方麵看來，鯨魚擱淺發生的原因是多樣的，但是也有很大程度的原因是由於生態環境的改變，希望大家以後都能注意生態保護，多關注這方麵的信息，使此類悲劇能不再發生。
對鯨魚的自殺之謎，有著如此種種的推測。科學家對鯨魚的基本生物原理及其環境做出更多的研究後，會做出進一步的分析與判斷。目前來說，保護鯨魚的人們所能做到的，隻是盡量把擱淺的鯨魚拖回大海，使它們繼續自由自在地生活。