對於自己將要麵臨的危險，袁世凱沒有坐以待斃。他全力支持溥儀繼位，同時又派人去找英國公使，說服英國公使也支持溥儀繼位。如此一來，他在新皇帝繼位這件事上就有了功勞，也就是所謂的“擁戴之功”。袁世凱希望用自己的擁戴之功來彌補他對光緒皇帝犯下的錯誤，進而獲得載灃等人的諒解。但是，載灃並不買賬，他要為光緒皇帝報仇的想法很堅定，袁世凱要大難臨頭了。
果然，慈禧一死，載灃便開始對袁世凱下手了。載灃指責袁世凱瞞著自己擅自和美國人談判互派大使，載灃是攝政大臣，瞞著他就等於欺君，欺君當斬。他想以此為借口殺袁世凱。而滿清貴族集團的其他成員有不少人也極力慫恿載灃殺袁世凱，他們認為，袁世凱以前本分，那是因為慈禧太後還在，如今慈禧太後死了，袁世凱就沒有什麼忌憚了，如果不殺他，讓他成了氣候，就難以除掉他了，大清國也可能要因他而遭殃。在這裏不得不說上一句，這些皇族的擔心還真不是多餘的。雖然不少人鼓動載灃殺袁世凱，但是，袁世凱畢竟不是個小人物，要殺他不是件輕鬆的事。
出於謹慎，載灃又去找他伯父慶親王奕劻和軍機大臣張之洞，征求他們的意見。奕劻在官場混跡多年，深知殺袁世凱事關重大，他不同意殺袁世凱。張之洞也反對載灃的想法，他認為，皇帝剛繼位，如果這時候就殺大臣，那就會使朝廷背上亂殺大臣的惡名，如果開了這麼一個頭，將來的麻煩那可就大了。張之洞強調，他反對殺袁世凱，不是為了袁世凱，而是為了朝廷的大局。
說張之洞沒有私心，那是不可能的。在當時的情況下，他和袁世凱是為數不多的、在中央機構任職的漢族官員，兩人都在遭受滿族貴族的排擠，可謂是同病相連；另外，兩個人對於“新政”又有不少相同的看法，可以說他們在這一點上是盟友關係。此時，兩人的共同點大於兩人的分歧，幫了袁世凱，張之洞至少不會那麼孤立。
張之洞和奕劻這兩位重量級人物都反對殺袁世凱，年輕的載灃一下子就沒了底氣，看來，袁世凱真的不能殺。但是，袁世凱無論如何是不能繼續留在朝廷了。1909年初，朝廷發布公告，大意是袁世凱患了足疾，連路都快不能走了，如果再讓他擔當重任，那就對不起這位有功於朝廷的大臣了。為了能夠更好地體恤袁世凱，體現朝廷對臣子的關愛，朝廷同意讓他回老家養病。這樣的安排讓袁世凱心裏非常不滿，不過，好在沒丟了腦袋。
被免了官的袁世凱收拾好行裝，一路南下。不過，他沒有回老家河南項城，而是去了安陽。這倒不是袁世凱有意抗旨，而是因為他和家裏人翻臉了，發誓永遠不回項城；而安陽乃是殷商古都，也是風水寶地，袁世凱在這裏等待東山再起。很快，1911年的武昌起義又一次讓袁世凱回到了中國政局的中心。
這樣的結果也是張之洞沒有想到的，他幫袁世凱這一把，隻是不想讓朝廷出更大的亂子，沒想到，袁世凱竟然成了逼清帝退位的那個人。
張之洞一心要維護的大清朝，到頭來終究是間接地毀在了他自己手上：辛亥革命源於他經營十數載的武漢，逼清帝退位的又是被他救了一命的袁世凱。這樣的結局，當真是充滿了戲劇性。
事實上，在清末的亂世中，張之洞在擔任軍機大臣期間並沒有太大的發揮空間，尤其是慈禧太後死後，掌權的載灃雖然沒有打算除掉張之洞，甚至還對他挺客氣。但是，實際上載灃並不重視張之洞的意見，可憐張之洞一片苦心。
1909年初，陝甘總督上書反對朝廷立憲，並以辭職相要挾。張之洞認為，此人的言辭固然不妥，但是，他的衷心卻值得肯定，所以，張之洞並不同意讓他辭職。而載灃呢，卻想著趁機把他的人調到陝甘總督的位置上。這件事讓張之洞很是不快。與此同時，有人彈劾津浦鐵路的負責人，說他們在修建鐵路的過程中貪汙。載灃當即決定撤掉這些人，讓一批滿洲貴族去主持津浦鐵路的修建。張之洞再次阻止載灃，認為此舉很有可能會引起大規模群體事件。載灃卻回複張之洞，他手裏握有兵權，不怕百姓鬧事。這樣的態度就更令張之洞寒心了，載灃敢說出這樣的話，這根本就是亡國的征兆。張之洞憤慨之下，竟然吐出血來。
原來，張之洞患有嚴重的肝病，此時年紀又大了，於是，來自身體和心理的雙重折磨最終壓垮了這位已入古稀之年的老人。1909年7月，72歲的張之洞一病不起。