張之洞心裏清楚，調他進入中央政府是為了讓他來主持“新政”。根據對當時的形勢和社會心理狀況的分析，張之洞指出，要推行“新政”，首先要解決滿漢之間不平等的問題。如果不解決這個問題，將很難緩和民間日益高漲的“排滿革命”情緒，同時，也不利於調動漢族地主階級來維護統治秩序。
早在1904年，張之洞就曾經提出要朝廷解決滿漢不平等的問題。但是，慈禧太後卻認為，朝廷根本就沒有搞滿漢不平等，對各族子民都是一視同仁，所謂的滿漢不平等，純粹是一些別有用心之人的汙蔑。這倒好，張之洞非但沒有解決問題，反倒被老佛爺一番訓斥。在這裏，也可以感受到慈禧太後搞“新政”是多麼的不情願。
進入軍機處的張之洞再提解決滿漢不平等的問題，慈禧太後依舊是滿臉的不高興。可是，這次的情況就不同了。首先是張之洞的地位提升了，慈禧太後不好再訓斥他；再者，以孫中山為首的革命黨四處宣揚“驅除韃虜，恢複中華”，這是明擺了對滿人朝廷不滿，同時也從反麵驗證了張之洞所說的滿漢不平等問題是存在的。不得已，慈禧太後隻能接受張之洞的提議。
然而，在清政府的官方聲明中，他們依然不承認他們搞滿漢不平等，聲稱自從大清建國以來，就一直平等對待滿漢各族人民，從來沒有搞過什麼民族歧視。這樣的說法當真是打自己的臉，如果沒有搞民族歧視，那男人們腦袋後麵的那條辮子是怎麼來的？但是，迫於形勢，清政府不得不承認滿漢不平等的存在。朝廷認為，這是因為一些滿人官員在執行民族政策時出現了偏差，曲解了朝廷的本意，導致一些有損漢族同胞利益及尊嚴的事件。現在，如果存在民族不平等問題，那麼希望全國各地百姓積極踴躍上報，朝廷將根據具體情況製定政策，徹底改變這種狀況。看來，要讓清政府認錯，是個艱巨的任務。不過，此後清政府也確實做出了一些努力，比如取消了滿漢不通婚、對滿漢執法采用雙重標準等政策。但是，這些表麵工作依舊難以化解社會上對清政府的敵視態度。
1908年，光緒皇帝和慈禧太後先後死去，繼位的是年僅3歲的宣統皇帝溥儀。溥儀年幼，無法處理政務，由他的父親、光緒皇帝的弟弟載灃（1883—1951）任攝政王。趁此時機，滿清皇族大肆奪權，試圖把漢族官員排擠出權力核心。此時的載灃年僅25歲，卻掌握著禁衛軍，做了大元帥；載灃的弟弟、21歲的載濤則做上了大清國的訓練禁衛軍大臣；載灃的另一個弟弟、22歲的載洵更是做了籌備海軍大臣。年少帶兵的將軍不是沒有，但是，那些年少成名的將領都是用戰功來換取爵位的，而不是借著宗族的名頭上位的。這幾位手握軍權的小夥子明顯沒有什麼戰功，難以服眾。
皇族的這些舉動，讓世人看清了所謂的“立憲”不過是為了糊弄天下百姓。張之洞身為朝廷重臣，自然是看不得這些毛頭小子胡作非為的。他出於公心，堅決反對載灃等人掌權，而載灃等人又豈會屈服？他們和張之洞展開了激烈的爭論，結果，張之洞獨木難支，隻得請了幾個月的病假，以免進一步激化矛盾。慈禧太後聲稱的“滿漢平等”經過載灃等人的演繹，無疑成了個天大的笑話。
載灃等人為了強化自己手中的權力，不僅排擠了張之洞，甚至還動了殺袁世凱的念頭。袁世凱手握數萬北洋精兵，這可是當時中國最有戰鬥力的部隊。而袁世凱卻是漢人，這讓滿清皇室心中難安。1906年，朝廷為了削弱袁世凱的勢力，設陸軍部，統轄全國軍隊，而陸軍部的負責人就是滿人鐵良。
慈禧太後死後，袁世凱的地位更是岌岌可危。對於自己的處境，他心裏也清楚。當時朝廷裏能幫他說上話的人基本上都已經去世，朝政盡數落入皇族手中。慈禧太後活著的時候，他還能仗著慈禧太後的庇護保全自己；一旦慈禧太後死去，光緒皇帝重新主持朝政，那麼袁世凱就危險了——當初光緒皇帝搞戊戌變法，危急時刻讓袁世凱出兵幫忙，袁世凱反而占到了慈禧太後一方，使得變法失敗，光緒皇帝被慈禧太後軟禁。
不過，光緒皇帝死在了慈禧太後的前麵，他死後第二天，慈禧太後才跟著死去。看來，光緒皇帝沒機會清算袁世凱了。但是，繼位的溥儀是光緒皇帝的侄子，攝政的載灃是光緒皇帝的弟弟，慈禧太後隻不過是光緒皇帝的姨媽而已。有這層關係在，注定了袁世凱接下來的仕途不會風平浪靜。