波瑟努斯下令在宴請賓客的時候，餐桌上要用木或陶製的器皿，宣稱他的金銀餐具都被愷撒假借抵債之名拿走，由於現任國王的父親積欠愷撒1750萬德拉克馬【289】。愷撒過去曾經將一部分債務轉到先王的子女頭上，所以要求國王償還1000萬德拉克馬，用來維持軍隊的開支。波瑟努斯告訴他最好現在離開，去處理其他更為重要的事務，他們以後會帶著感激的心情，償還所欠的金錢。愷撒的回答是他用不著一位埃及人當他的顧問，很快秘密派人前往克麗奧佩特拉退隱之地將她接過來【290】。
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克麗奧佩特拉隻帶著一名親信，就是西西裏人阿波羅多魯斯（Apollodorus），陪著她登上一條小船，傍晚的時候在皇宮附近登岸。她不知道怎樣進入皇宮才能不被人發覺，不得已想出一個辦法，她伸直身體躺在一條地毯上麵，由阿波羅多魯斯卷起來，背著走進愷撒行宮的大門。克麗奧佩特拉的膽識和機智，首先使得愷撒大為傾心【291】，經過交談以後，受到美色的蠱惑更是難以自拔。
於是他出麵成為仲裁者，讓這一對姊弟和解，條件是兩人共同治理國家。大家為了慶祝重歸於好舉行盛大的宴會。愷撒的理發師是一個習於察言觀色的人，生性膽怯所以對一切事情都注意探聽，發現埃及國王的禁軍統領阿奇拉斯（Achillas）和宦官波瑟努斯，正從事一項密謀對付愷撒。愷撒獲得這個情報，馬上派兵監視舉行宴會的大廳，同時處死波瑟努斯。阿奇拉斯逃到他的軍隊當中，發起一場使愷撒感到困擾不堪的戰爭。愷撒的兵力相當薄弱，用來對付一個實力強大的城市和兵員眾多的軍隊，當然會艱辛無比。
他所遭遇的第一個問題是缺乏飲水，敵人封閉所有的輸水渠道【292】。第二個問題是敵人竭盡一切可能，要去切斷他的海上交通線，他被迫焚燒自己的船隻來消除這方麵的危險。可是在焚毀船塢以後，火勢蔓延開來，燒掉亞曆山大裏亞大圖書館【293】。第三個問題是在法羅斯（Pharos）附近的一次接戰中，為了拯救陷入危險的士兵，他從堤道上麵跳進一條小船，埃及人從四麵八方向他逼近，使他不得不跳到海灣裏麵，非常困難的泅水逃生，據說那個時候他的手裏還拿著名貴的抄本，雖然敵人不斷向他投擲標槍，逼得他把頭埋在水裏，還一直用手把書舉在水麵之上，不讓它遭到浸濕，用另一隻手劃水前進【294】；那時他乘坐的船已經很快沉沒。
埃及國王投奔阿奇拉斯和他的黨派，愷撒與他們交戰並且將他們擊敗。那場會戰的傷亡極其慘重，國王本人失去蹤影以後未曾出現。經過這場變局，他讓克麗奧佩特拉成為埃及女皇，後來她為愷撒生了一個兒子，亞曆山大裏亞人稱他為愷撒裏昂（Caesarion）【295】。愷撒離開埃及前往敘利亞。
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愷撒從敘利亞動身趕赴亞細亞，他接到的信息是杜米久斯被米特拉達梯（Mithridates）之子法納西斯（Pharnaces）擊敗，率領少數人馬逃到潘達斯，法納西斯乘勝擴展地盤，雖然已經占領俾西尼亞和卡帕多西亞，抱著更大的企圖要據有小亞美尼亞（Lesser Armenia），所有的國王和領主都起而反抗【296】。
愷撒立即率領三個軍團向前進擊，齊拉（Zela）附近與法納西斯發起會戰，將對手的軍隊全部擊潰驅出潘達斯。他把這個信息通知在羅馬的朋友阿曼久斯（Amantius），隻用三個字來表示用兵的神速：Veni，Vidi，Vici。具備相同的音節，非常簡潔生動【297】。
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然後愷撒渡海回到意大利，歲末抵達羅馬。他第二次被元老院推舉為笛克推多，雖然這個職位以前從來不曾持續一整年之久，算是特別為他破例，接著被選為次年的執政官【298】。有一次士兵發生犯上事件，他們殺死法務官柯斯科紐斯（Cosconius）和伽爾巴（Galba），愷撒僅僅薄加譴責，對他們的稱呼是“市民同胞”而不是“士兵弟兄”，表示心中的不滿；後來發給每個人1000德拉克馬，除此以外還有一份在意大利的產業【299】，討好的做法引起普遍的怨言。
無論是多拉貝拉的奢華、阿曼久斯的貪婪、柯芬紐斯的揮霍和安東尼的放蕩，最後這位老兄認為龐培的府邸不夠豪華，竟然要拆除重建【300】，在在都使愷撒受人指責，羅馬人對這些家夥的為非作歹深表痛恨，就把賬算在他身上。愷撒為了達到政治的目標，雖然明了下屬的德行，即使心中不以為然，為了利用起見隻好容忍。
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法薩盧會戰以後，小加圖和西庇阿逃到阿非利加，獲得朱巴（Juba）王的協助糾合一支實力強大的部隊【301】，愷撒決定前去討伐叛軍。他在冬至前後渡海到達西西裏，為了使他的軍官不要存著遲延的念頭，就在海邊紮營，隻要獲得順風，馬上率領3000步卒和少數騎兵出海【302】。等到登陸以後，自己又秘密乘船回來，因為他對留在後麵的大軍很不放心，結果在海上相遇，就將他們引到同一處營地。他在那裏聽到有人說起一份古老的神讖，西庇阿家族在阿非利加永遠獲得勝利，使得敵人激起高昂的士氣。他的軍隊裏麵有一個卑微受人藐視的家夥，出身是阿非利加尼氏族，名字叫做西庇阿·薩祿提奧（Scipio Sallutio），愷撒提拔這個人（他為了諷嘲西庇阿的荒謬，還是想讓自己這邊也能沾上吉兆的光，倒是很難分辨清楚），好像他是一位將領統率這支軍隊，大家在他的指揮之下與敵人交戰對壘。
當時部隊的糧食和供應牲口的草秣都很缺乏，迫得要用海藻來喂食馬匹，用水洗去鹽分摻少量的草使得味道不會過於怪異。愷撒大軍所到之處，數量眾多和善於騎射的努米底亞人趕來投效，運用當地善戰的蠻族控製大片國土。愷撒的騎兵有一天沒有擔任勤務，他們觀看一個非洲人表演跳舞，同時吹奏令人激賞的笛子，就把馬匹交給一些兒童去照料，這時突然受到敵人的包圍，有幾個人被殺，其餘人員逃回營地，敵軍在後緊追不放，要不是愷撒本人和阿西紐斯·波利奧出來援救，製止他們的敗逃，這場戰爭在當時就會結束，過去的勝利全部付之東流【303】。
在另外一場激戰之中，敵人已經取得優勢，有一個掌旗手轉身逃走，據說愷撒一把抓住他的脖子，強迫他麵對敵方然後對他說道：“看哪！敵人是在那邊！”
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西庇阿起初為緒戰的勝利而趾高氣揚，他的打算是要發起一場決戰，就讓阿非拉紐斯和朱巴的兩支軍隊分別駐紮在相距不遠的地方，自己率領主力前往塔普蘇斯（Thapsus）【304】，預備在湖的對岸建立防衛森嚴的營地，當成作戰行動可以接應兩邊的中央位置，要為部隊的安全提供一個庇護的要點。正當西庇阿實行預訂計劃的時候，愷撒的行動極其神速，穿過濃密的森林和被認為無法通過的地區，切斷敵人一支軍隊與外麵的聯係，然後從正麵向另一支軍隊發起攻擊。等到他把當麵敵軍擊敗，趁勢擴張戰果，在好運當頭之下，一舉攻占阿非拉紐斯的營地，接著對努米底亞人大肆劫掠，蠻族的國王朱巴匆忙逃走幸免於難。他在一天內一段短短的時間之中，竟然攻取3座營地，殺死5萬敵軍，他的部下隻陣亡50名。這是某些作者對這場戰鬥的記述。
另外還有人提起，愷撒並未參加作戰行動，因為他在部署隊伍之際，舊疾發作，全身開始顫抖，知道大事不妙，趁著病情尚未凶險到影響行動，回到附近一處堡壘裏麵去休養。會戰獲勝以後，被捕的高階人物諸如執政官和法務官，有些人被愷撒處死，還有人已經先行自裁【305】。
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小加圖當時負責守備烏提卡（Utica），沒有參加塔普蘇斯會戰。愷撒一心想要活捉小加圖，所以火速率軍前往。等到他自盡的消息傳來，使愷撒感到非常懊惱，原因何在各家的說法不一。愷撒曾經說過這樣的話：“小加圖，我對你的死感到非常遺憾，因為你不願讓我擁有保全你性命的榮譽。”愷撒在小加圖死後發表抨擊他的文章，好像愷撒對這位政敵毫無善意可言，甚至沒有心存修好的打算。看來愷撒在他死後還是滿心怨恨，如果小加圖不走上絕路，愷撒又怎能饒他不死？從愷撒對待西塞羅、布魯圖斯以及其他對敵的人士得知，他的態度是何等寬宏大量，我們可以推斷，愷撒寫那部書的動機，不必出於對小加圖的敵視，主要是為了替自己辯白。西塞羅寫出一部頌揚小加圖的作品，就以《論加圖》作為書名。作者是當代的文章宗師，選用的題材切合時局，等到問世以後難免引起萬人爭誦。愷撒對這件事極其不滿，讚頌政敵無異於對他本人的辱罵。因此他也寫出一部書，對於小加圖的作為痛加針砭，並且將那部書取名為《反加圖》。兩部作品如同小加圖和愷撒一樣，各有一批熱心的擁護者。