拉頻努斯是愷撒最親近的朋友，曾經擔任過他的副將，在高盧戰爭中與他同生死共患難，現在卻背棄他投效龐培的陣營【261】。愷撒派人把拉頻努斯的錢財和行李全部送過去，接著率軍兵臨柯芬尼姆（Corfinium）城下，當時守城的將領是杜米久斯（Domitius），守備部隊的兵力是30個步兵支隊。杜米久斯認為自己沒有能力防守人心渙散的城市，就向隨從的醫生索取毒藥，服下去以後等待死亡的來臨，沒過一會兒，他聽說愷撒對待俘虜非常寬厚，歎息自己何其不幸，不該倉促做出決定。醫生告訴他服下的藥使他能夠安睡，並不是致命的毒藥。他聽到以後極為愉悅，馬上從床上跳下來，趕去晉見愷撒宣誓效忠，後來還是再度投奔龐培【262】。等到軍事行動進展順利的信息傳到羅馬，浮動的人心安定下來，若幹逃亡在外的人員返回家園。
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愷撒接管杜米久斯的部隊，凡是征召士兵供應龐培的市鎮，他都一一加以攻克。現在他的軍隊變得強大可以所向無敵，立即進軍去對付龐培和他的部隊。龐培並沒有留下應戰，逃到布林底西（Brundusium），事先已將執政官送往狄爾哈強（Dyrrhachium），有一批軍隊隨同前往。不久以後，等到愷撒逼近，龐培乘船離去，有關的情形在他的傳記中已經詳加敘述。愷撒本想立即發起追擊，缺少船隻隻好放棄。
他立即返回羅馬，未曾經過一場血戰，成為意大利的主宰，所花時間不過短短60天。等他抵達以後發現都城遠較他預料更為平靜，見到許多位元老院議員。他用謙恭有禮的態度與他們交談，請他們派人去與龐培會商，以求達成一項合理的和平協議。沒有人願意照他的話去做，原因在於他們對已經背棄的龐培心存畏懼，或許他們覺得愷撒的本意並非如此，隻是在表麵上講些冠冕堂皇的辭令而已。
護民官梅提拉斯（Metellus）引用法律條文，阻止愷撒從國庫提取公款，愷撒告訴他武力和法律各有運用的時機。他說道：“如果我的作為使你不快，可以離開這裏；戰時不容許言論自由，等我達成和平協定放下武器，你再回來就可以隨心所欲放言高論。”他接著又說道：“我老實告訴你，這樣做已經對你非常客氣，因為我並沒有運用所獲得的正當權力。你和那些反對我的人都已落入我的手裏，隻要我高興，怎麼處置你們都可以。”他說完這些話以後，走到國庫的門前，一時找不到鑰匙，派人叫來鐵匠把門撬開。梅提拉斯再度表示反對，旁邊有人隨聲附和，對他的不畏權勢大加讚揚。愷撒提高聲音告訴他，如果繼續阻撓，立即將他處死。愷撒說道：“年輕人，你應該知道，要我說出這句話，比起實際做出這件事，更讓我感到難過。”嚴厲的口吻將梅提拉斯嚇跑，以後愷撒在作戰供應方麵提出需求，隻要下達命令，大家就會馬上遵照辦理。
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然後他向著西班牙進軍【263】，決定先要擊敗龐培的部將阿非拉紐斯（Afronius）和瓦羅（Varro），接管在他們統轄下的軍隊和行省，免除後顧之憂，確保安全再去對付龐培。在迅速進軍的遠征行動中，敵人的伏兵給他帶來致命的危險，部隊經常忍受缺乏糧食的痛苦。可是他還是繼續追擊敵人，用盡方法激起部隊應戰的決心，建造碉堡工事對敵軍進行圍攻，終於借著武力的手段成為敵方營地和軍隊的主宰。隻有將領得以免於被俘的命運，能夠投奔到龐培的陣營【264】。
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等到愷撒返回羅馬，他的嶽父披索勸他派人去與龐培談判和平，塞維留斯·伊索瑞庫斯（Servilius Isauricus）為了討好愷撒，故意反對提出的建議。接著元老院任命愷撒為笛克推多，他召回流亡在外的人員，蘇拉掌權時期那些遭到迫害的對手，愷撒對他們的子女恢複羅馬市民的權利。通過一項法案豁免債務部分利息，減輕窮人的負擔，還批準若幹類似的行政命令，隻是數量不算很多。因為他隻擔任11天的笛克推多，就辭去攬大權於一身的職位，宣布他和塞維留斯·伊索瑞庫斯為執政官，再度投身於戰爭之中【265】。
他的行軍非常迅速，除了精選的600名騎兵和5個軍團，其他的部隊跟不上，隻能遙遙跟隨在後麵。大約在1月（相當於雅典人的Posideon月）初啟碇【266】，那時正是隆冬季節，渡過愛奧尼亞海之後，占領歐瑞孔（Oricum）和阿波羅尼亞（Apollonia），馬上將船隊遣返布林底西【267】接運姍姍來遲的部隊。那些還在行軍途中的士兵，都已過了身強力壯的年紀，經曆很多次的戰爭感到疲憊不堪，難免會對愷撒發出怨言：
這位愷撒究竟要我們走到何時何地，才讓我們停息下來呢？他領著我們東征西戰，好像我們根本不會疲倦，對於再辛苦的工作都毫無感覺。我們的刀劍就是用的次數太多也會卷口，對於我們不斷手執盾牌和身穿胸甲，也應該有點憐憫之心。別的姑且不提，我們身上的傷口總該讓他知道，他所統率的戰士都是不免一死的凡夫俗子，跟世間的人類沒有兩樣，還是會受到各種痛苦和折磨。就是神明一樣避不開嚴冬，無法阻止那個季節的暴風雨。可是他驅使我們前進，好像我們不是在追擊敵人，反而被他們趕得望風而逃。
那些士兵邊聊邊走，非常悠閑向著布林底西前進，到達以後發現愷撒已經先行出動，這時他們的想法開始轉變，紛紛譴責自己是背棄將領的叛徒，現在為了行軍的緩慢而謾罵他們的軍官，大家坐在俯瞰海洋和伊庇魯斯方向的高崖上麵，向著海天深處遠眺，希望能看到愷撒派來接運他們的船隊。
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這個時期的愷撒屯軍在阿波羅尼亞，缺乏足夠的兵力進攻敵人，留在布林底西的部隊又遲遲未能成行，使得他焦慮萬分不知如何是好。當時海麵滿布敵人一支強大的艦隊，最後他決定要冒險試一試，在任何人都不知情的狀況之下，登上一艘12隻劃槳的小船前往布林底西。他穿一身奴隸的衣服在夜間上船，像一個窮光蛋那樣躺在船底。船隻要沿著阿紐斯（Anius）河順流出海，早晨從陸地刮來的風平穩而強勁，把海麵的波浪向外吹動，河口一帶顯得非常平靜。等到入夜以後從海上刮起強風，壓製陸地的氣流，河流與湧入的海水互相撞擊，河口的海麵白浪滔天，高漲的波濤使得河水倒流，船隻無法前進。船長下令水手掉頭從原路駛回。
愷撒看到狀況有變，顯露自己的身份，船長感到極其驚異，這時他握住船長的手說道：“我的朋友，繼續前進不要回頭，沒有什麼好怕的，愷撒在這艘船上，會給你們帶來好運。”水手聽到鼓勵的話以後，使出全力劃槳，盡最大可能順著河流想要出海，大家的努力還是徒然無用，這時船上已經進了很多的水，愷撒覺察到要是停留在河口將會非常危險，雖然不甘心還是允許船長掉轉船頭，開回出發的地點。就在愷撒登岸的時候，成群的士兵前來迎接，表現出氣憤的樣子對他加以指責。因為就愷撒看來，沒有辦法單單憑著現在的兵力就可以戰勝敵人，所以才會憂心忡忡，甚至為了那些沒有來到的部隊，甘冒生命的危險，這些士兵認為他對他們失去信心，才會有不顧性命危險的行動【268】。
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這個事件過了以後，安東尼率領軍隊從布林底西渡海來到，雖然龐培設營的位置有利，愷撒還是勇氣十足要與對手決戰。龐培從海上和陸地都可以獲得大量給養，愷撒打開始就麵臨供應不足的問題，缺糧的狀況極其嚴重，士兵沒有補給，隻能從田野挖一種薯類的根莖【269】，同牛奶摻和一起食用。有時還用這種材料做成麵包，跑到敵人的哨所將它扔過去，告訴他們隻要地裏還能生長薯類植物，他們對龐培的圍攻就不會停止。龐培為了免得士氣受到打擊，費很多力氣不讓扔麵包的情形和他們所說的話，傳到他的部隊變得眾所周知，因為龐培的士兵把愷撒的人馬視為野獸，對於他們的凶狠和膽大極為忌憚。
龐培對壘線【270】的外圍，經常發生前哨戰鬥，愷撒每次都占一些便宜，有一次愷撒的弟兄大敗而逃，幾乎連他的大營都不保。龐培的部隊發動猛烈的攻擊，沒有人能固守陣地，塹壕裏麵填滿被害者的屍體，在敵人的追趕之下，很多人死在防壁和阻絕工事的上麵。愷撒遇到奔逃的士兵，想要促使他們轉身抵抗，沒有人聽從命令。愷撒想拿起鷹幟鼓舞鬥誌，掌旗手竟然將隊標丟在地上，以至於有32麵旗幟落在敵人手裏。就是愷撒本人幾乎喪失性命。一位身強力壯的士兵從他的身邊跑過，愷撒抓住這位弟兄的手，叫他站住轉過身去與敵人交戰。那位士兵對於涉身險境感到恐懼，竟然舉起自己的劍像是要向愷撒砍過去，愷撒的負甲者先下手把那個人的胳臂斬斷【271】。
當時愷撒已經陷入絕望之境，不知道是龐培過分謹慎還是運道不佳，竟然沒有一鼓作氣繼續攻擊，在把潰敗的敵軍趕進營地，就收兵退了回去。愷撒看到缺乏進取的作為，就對他的幕僚說道：“如果敵方的將領能夠掌握戰機，就會贏得今天的勝利。”他進入帳幕躺下就寢，輾轉反側無法入睡，目前的情勢使他感到困惑，經過反複的考量，認為自己對於戰爭的指導產生差錯。他的麵前是土地肥沃的國度，上麵有馬其頓和帖撒利一些富裕的城市，他應該在那裏與敵求戰，而不是在濱海地區向敵人發起攻擊。龐培擁有強大的艦隊，所以他無法圍攻敵人，反而陷入缺糧的困境。
他整夜思索麵臨的困難和艱苦，第二天早晨下令拔營，決定率軍到馬其頓去攻打西庇阿，這樣一來逼得龐培追隨他的行動，如果龐培跟進就無法像現在那樣，占有海上補給的優勢，否則西庇阿得不到支援，他很容易獲得勝利【272】。
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龐培的部隊和軍官認為愷撒戰敗逃走，大家的鬥誌高昂急著發起追擊。龐培不願貿然從事一場會戰，因為他的給養充足無虞，維持很長時期毫無問題，反之愷撒無法持久，可以慢慢消耗他的戰力到難以為繼的地步。
愷撒的弟兄身經百戰，能夠表現出英勇無敵的氣概，然而不斷長途行軍、經常變換營地、進攻碉堡工事以及長期夜間警戒，使得他們疲憊不堪。特別是他們的年紀漸長，難以勝任煩劇的工作，隨著體力的衰退，作戰的勇氣日益低落。據說有一種因為飲食不良所引起的傳染病，正在愷撒的軍隊裏流行【273】。最關重要的問題，就是愷撒的金錢和糧食都得不到供應，看來不久以後就會全麵崩潰。