“跡象計劃”
1947年12月30日，美國空軍開始對不明飛行物報告進行代號為“跡象計劃”的研究。這項研究歸位於俄亥俄州代頓地區的空軍物資指揮部（即後來的賴特一帕特森空軍基地）領導。普通的目擊通常由當地的空軍基地處理，“跡象計劃”隻調查那些被認為是重要的或是非同尋常的目擊。
第一宗調查的案件發生在1948年1月7日。肯塔基州國家空軍警衛隊飛行員小托馬斯曼特爾上尉死於墜機事故。他死前的無線電通訊表明，他曾試圖探查某個“巨大的金屬物體”。聯想到海軍當時機密的“空中釣魚計劃”，空軍最後判定該“物體”是一個與該計劃有關的氣球。
兩名東線飛行員1948年遞交的一份報告更讓人頭疼。克拉倫斯奇利斯和約翰惠德7月24日淩晨245在亞拉巴馬州上空駕駛DC一3飛機時，看見了一個沒有導線的魚雷狀物體飛馳而過。奇利斯報告說，那個物體有兩排方形的窗子，裏麵“閃爍著強光”，而底部則“散發著藍光”，尾部拖著長達50英尺的火焰。盡管這個不明飛行物隻出現了不到10秒鍾時間，飛機上的一位乘客也看見了。“跡象計劃”的調查人員也得知，佐治亞州羅賓斯空軍基地的一名地勤人員一小時前也目睹了同一物體。更奇怪的是，4天前在荷蘭海牙地區上空人們也看見了有兩排窗子的火箭狀飛行物。
這次目擊之後，“跡象計劃’的調查員分成了幾派，不同的派別對於不明飛行物有不同的看法。一派認為這些物體是來自其他世界的航天器，另一派認為它們是前蘇聯的秘密武器，還有其他派別一些人認為它們隻是難以辨別的普通物體。在克拉倫斯奇利斯和約翰惠特德目擊事件中，上述的第一派調査員的意見占了上風。其原因是一份認為不明飛行物證實有來自其他世界的造訪的絕密報告，被送到了空軍謀長霍伊特範登堡將軍手中。範登堡將軍不同意這一結論，並下令銷毀該報告的所有副本。這份文件直到1956年仍沒有公.開。後來一個退役的空軍不明飛行物研究計劃官員愛德華，魯皮特在一本書中講述了文件背後的故事。盡管其他一些消息來源印證了魯皮特的說法，但多年以來空軍一直否認這份報告曾經存在。
怨離計劃
範登堡拒絕“跡象計劃”的結論向調查員們傳達了明顯的信息，於是那些相信有可能存在外星造訪者的人，或是主動離開空軍或者被另外分配了其他任務。1949年2月11日，“怨離計劃”取代了“跡象計劃”。此後絕大部分關於不明飛行物的調查都隻是去“揭穿真相”——說明目擊及其報告反映的事情沒有什麼特別的，實際上隻是視覺扭曲或錯誤而已。1949年底，該計劃的行政主管把所有的文件都封存進了儲藏室，而到了1950年夏天，整個計劃中隻剩下了一名調查員D藍本計劃1951年9月，“怨離計劃”對於發生在新澤西州福特芒茂斯地區的一係列快速移動的不明飛行物的調查很不得力，於是空軍高級官員提出重組該計劃。1952年，“藍本計劃”取代了“怨離計劃”。領導人是在賴特一帕特森空軍基地的空中技術情報中心（ATC)的魯皮特中尉。魯皮特堅持說他的手下對於不明飛行物是否存在開始時沒有任何成見。當魯皮特兩年後離開該計劃的時候，他幾乎完全相信外星訪問者確實存在。1956年，他根據自己的經曆出版了名為《不明飛行物報告》的回憶錄，這被認為是不明飛行物研究學說中的最重要著二作之一。魯皮特離開後，研究計劃又回到了過去的模式：“揭穿真相”而不是調查。1952年在首都華盛頓上空出現一係列異乎尋常的不明飛行物的雷達探測；和肉眼目擊事件就是這樣。政府情報官員擔心前蘇聯可能利用這類事件引發美國國內的恐慌，於是他們成立了一個由5位科學家組成的小組，秘密研究“藍.本計劃”所收集的數據，並製定相關的安全戰略。
羅伯遜小組
成立後的4天裏，5位科學家研究了幾個目擊報告和兩段關於不明飛行物的膠片，然後宣布官方的進一步研究無異於“大量浪費精力”。以組長、中央情報局雇員、物理學家羅伯遜的姓氏命名的這個小組還呼籲開展公眾“揭穿真相”的運動，它“旨在降低公眾對於‘飛碟’的興趣”。此外，它敦促當局“監視”那些由普通公民組成的不明飛行物研究團體，“因為它們對於大眾的思維具有潛在的巨大影響”，並指出“應該牢記這些團體有可能被利用進行顛覆活動”。
盡管多年來羅伯遜小組及其建議一直是個秘密，但是他們對於不明飛行物研究過程無疑具有巨大的影響。空軍幾乎立即減少了對“藍本計劃”的撥款和重視，該計劃也不再注意目擊事件。曾加“藍本計劃”會議的空軍首席科學顧問艾倫海尼克為此抱怨道：“羅伯遜小組使得不明飛行物從科學上變得不可接受。在將近20年的時間裏，我們沒有給予這個問題足夠的關注，以至於未能獲得決定不明飛行物現象本質所需的必要數據。”