這一時期總製院的職責偏重於佛教事務，兼治吐蕃事務是因為國師掌管藏族地區事務的緣故。1270年，忽必烈封八思巴為帝師，又在中央設置一個掌奏帝師所統僧人和吐蕃軍民事務的辦事機構都功德使司，突出了總製院的行政職能。都功德使司後來經過幾次裁並，但始終與宣政院密切相關。
1276年，八思巴回到薩迦後，與第二任薩迦本欽貢噶桑布不和，總製院使桑哥奉命率軍進藏查辦，在八思巴派人協助下，攻下貢噶桑布據守的甲若宗，處死貢噶桑布。桑哥還改變西藏驛站的供應辦法，留下部分蒙古軍隊在西藏各地駐守。
桑哥回軍之時，適逢忽必烈派都實勘查黃河源後，任命都實為吐蕃等處都元帥，佩金虎符，準備在黃河河源建城造船，立互市，使物貢能由水道到達大都。桑哥知道忽必烈的計劃不可行，竭力阻止，使忽必烈放棄了這一不顧當地自然條件的工程計劃。
1287年2月，忽必烈為克服財政困難，設立尚書省，任命桑哥為平章政事，檢核中書省，打擊反對改革鈔法的中書省官員。當年10月，忽必烈提升桑哥為“尚書省右丞相，兼總製院使，領功德使司事，進階金紫光祿大夫”，成為職權最高的宰相。
次年，忽必烈下令改釋教總製院為宣政院，以尚書右丞相桑哥兼宣政使，以加強八思巴、達瑪巴拉相繼去世後中央政府對藏族地區的管理。以上就是宣政院的由來。
宣政院在藏族地區的職責，主要有以下幾個方麵：
1.薦舉官員。元朝在藏族地區設置的各級機構的高級官員，由帝師或宣政院薦舉，上奏皇帝批準，授與金牌、銀牌、印章、宣敕。從藏、漢文史料看，藏族世襲貴族和佛教僧人任職的，多由帝師舉薦，宣慰使、都元帥、達魯花赤等官職，多由宣政院舉薦，從地域上看，烏思藏地區的高級官員多由帝師舉薦，朵甘思和朵思麻地區的高級官員多由宣政院舉薦。
2.負責管理驛站。元代由於實現了大統一，驛站製度在前代的基礎上得到了很大的發展，全國共有驛站約一千五百處。中央行政機構中分管驛站的，初為中書省兵部，1276年設立通政院專掌驛站。元朝在藏族地區設置了驛站，但藏族地區的驛站事務不歸通政院和兵部管理，而屬宣政院管理。為了加強對西藏地區的管理，元朝陸續在藏區設立了31個驛站，驛站負責傳送公文，支應過往官員食宿、馬匹等。
3.審理藏族地區重大案件。元代始終沒有編成形式完備的法典，忽必烈時期頒行過《至元新格》，但內容過於單薄，執法時多參照元英宗時頒定的彙集蒙古汗國以來曆朝頒發的各方麵法律文書的《大元通製》一書。在蒙古本部，施用於蒙古人的叫蒙古法，大體上是由從部落時代沿用下來的若幹習慣法及從成吉思汗起陸續頒發的劄撒構成的。元代司法由各地方官負責，中央設禦史台，江南、陝西設行禦史台，其下又分設二十多道肅政廉訪司，廉訪使每年分道巡視，糾察百官非違，政治得失，照刷案牘文卷，複案已結案件。藏族地區實行蒙古法，但藏族地區沒有設禦史台和廉訪司，但是由宣政院派員進藏清查，審理萬戶之間的糾紛，複核案件，相當於宣政院執行禦史台和廉訪司的部分職責。
4.負責藏族地區的軍事行動。從蒙古統一藏族地區到元朝滅亡的一百多年中，由於各地方勢力的衝突以及一些部落反抗元朝統治的鬥爭，元朝多次在藏族地區進行軍事征伐行動。元朝在西北六盤山到河西走廊駐有重兵，大約是因為這一地區位置適中，氣候條件適宜蒙古騎兵居住，一些蒙古軍隊由忽必烈之子奧魯赤等蒙古宗王統率，屬於宗王出鎮性質，其鎮攝範圍包括甘肅、青海、雲南、四川以及廣大藏族地區。藏族地區有軍事行動，由宣政院和樞密院（管軍隊）會奏，調動西北蒙古鎮戍軍及藏族土兵出征，而宣政院官員往往要負責和參與這些征伐。
5.負責佛教事務。在佛教事務方麵，宣政院主要是掌管京城和漢地佛教寺院的事務，對於藏族地區宣政院主要是配合帝師，負責迎請和接送朝廷迎請的僧人。例如迎請帝師到京，護送帝師回薩迦受戒、護送帝師的遺骸回藏等。