分封製，在一定程度上也會促進封地的經濟發展。分封諸王，往往會給予種種經濟特權，這無疑可以刺激各領主以國為家發展生產的積極性，以致出現了各封國的經濟繁榮。
通過分封製，蒙古帝國也密切了同周邊各少數民族的關係，推動了自身的技術和文化發展。在蒙古征討四方的時候，波斯地區的宗教、文化對蒙古產生了重要影響。如伊斯蘭教不僅成為伊利汗國的國教，而且信奉伊斯蘭教的阿拉伯人、波斯人和突厥人大批來到中國，散處各地。受他們影響，有一些漢人和蒙古人開始信奉伊斯蘭教。而波斯地區的回回炮技術，也成為蒙古軍隊重要攻城利器。
不過，分封製作為封建製度的一個組成部分，同封建製度一樣，有著不可克服的弊症。在分封製的初期，開國皇帝以其長輩的身份，創業的才幹，以及威望和影響，是可以控製諸王，使其“謹守藩國之禮，不作非為”，遏製分封本身潛在的威脅。因而能起到加強對地方統治的效果。然而，一旦繼位後的皇帝威望不再，那麼藩王與皇帝之間的矛盾便不可避免。這樣，也就容易導致分裂割據勢力。
事實也證明，隨著統治範圍的擴大，分封在更大的範圍內以不同的方式繼續進行著。同時，由於各分封領地統治者對大漢效忠程度的不同，甚至有的領主與大漢之間發生了武裝對抗，各封地也隨之發生了變化。其總的發展趨勢是西道諸王逐漸脫離元朝中央的控製，發展成與元庭保持鬆散隸屬關係的獨立政權。於此相反的則是元朝中央加強了對東道諸王的控製和限製。就個別宗室成員而言，則是與大汗親緣關係密切和效忠於大汗者，得到了較多的實際利益；發動武裝叛亂者，被平定後，其權力也相應被剝奪。
另外，一個國家維持大一統的局麵，並非靠製度，而是靠的經濟文化上的同一性。蒙古作為一個經濟文化都非常落後的民族，建立龐大的蒙古汗國後，其分布在各處的地方機構不但不能以自己的民族文化融合當地人民，反而為當地文化所同化，比如中亞各汗國伊斯蘭化，元朝則漢藏化，經濟上也同樣融入各地原有經濟體係。因為蒙古沒有自己的強有力的經濟文化體係，隨著征服日久，蒙古帝國各領地的經濟文化分化越嚴重，政治上獨立和分離的力量也就越強。因此，蒙古帝國各領地進一步分裂，這是不可避免的。
最後，封建自然經濟的分割性與不平衡性，也是分封製分裂割據勢力的客觀基礎。曆史唯物主義一向認為：每一時代的社會經濟結構，形成現實基礎，而每一曆史時期由法律、政治、宗教、哲學等構成的全部上層建築，歸根到底都是由這個基礎來說明的。就蒙古帝國的經濟而言，各領地太多是畜牧經濟，而忽必烈繼位後，禁止破壞耕地，保護農耕。導致地區之間經濟差異很大，孕育著分裂的因素。
因此，在某種程度上說，分封製削弱了中央對地方的管轄權，地方分別自治，各自為政，使龐大的蒙古帝國成為一團散沙，日益墮落，最終被各個擊破。
宣政院
宣政院是元朝在中央政府中設置的掌管全國佛教事務以及藏族地區軍民之政的特殊機構。宣政院設立的經過是這樣的：
1260年，忽必烈即位後，十分注意保持和發展蒙古民族的語言和文化。當年即封吐蕃薩迦的八思巴為國師，授玉印，命其統領天下釋教。這與蒙哥汗即位時封授僧人海雲相同，基本上還是從八思巴的宗教地位著眼的。
1264年，忽必烈派八思巴兄弟回西藏主持建立西藏行政體製，除賜給八思巴珍珠詔書外，考慮到藏族地區“地廣而險遠，民獷而好鬥”以及普遍信仰藏傳佛教、各教派勢力林立、互不統屬的特點，同時八思巴又要以佛教領袖的身份行使一部分行政權力，因此忽必烈決定在中央政府中設立一個將管轄佛教和藏族地區事務結合起來的特別機構，這就是總製院。