9月27日。清廷命各省督撫會同將軍籌劃駐防旗丁生計 。要求查明駐防旗丁數目，妥擬章程，先就駐防原有馬廠、莊田各產業分劃區域，計口授地，責令耕種；其本無馬廠、莊田及有廠、田而不敷安插者，再於農閑季節在駐防附近以時價購買田地，每年按旗丁的1／10或十數分之一授給領種，逐漸推廣。所授之地嚴禁典售，以所授田地多少作為裁撤口糧標準。旗丁歸農以後，丁糧詞訟統歸地方官治理，一切與平民無異。同時要認真舉辦各項實業和教育，擴大旗丁謀生之計。諭令一定要破除情麵，實力奉行，不得聽任旗人“挾持私見，阻撓大計”，以“期於化除畛域，共作國民”。清廷在上諭中指出，清朝以武功定天下，從前各省分設駐防，是為綏靖疆域，現承平日久旗丁習為遊惰，坐耗口糧，衣食艱窘，僅恃累代豢養之恩，不習四民謀生之業，亟應另籌生計，自食其力。9月30日，清廷下諭，重申“為旗民廣籌生計，授地耕種。……至分購民田，諭令按照時價，於駐防附近州縣，酌量購買”。要求各省將軍督撫“稟遵前旨，實心實力，認真妥辦”，以“期副朝廷化除畛域之至意”。
為抗議廣西梧州厘局勒索，商店罷市。同日，南寧各店停業。
9月28日。龍華會首領朱寶卿（朱鴻鈞）等擬在河南新野、湖北襄陽起義，事泄失敗。
日本請求購湘米賑饑，清廷允濟三十萬石。本年，日本各地發生水災，民食維艱，其駐京代理公使阿部守太郎請求購湘米一百萬石接濟日本水災，清廷允協濟三十萬石。
9月29日。黑龍江省旗兵改為巡防，編為營製。全省共計馬步七營零一哨，合計36哨。各營管帶、各哨哨官哨長均為協領佐領驍騎校兼任。1908年4月12日，決定由巡防營務處管轄。
江西南康教案。9月25日，江西南康贛州民教衝突，東教士及教民數百人攻贛州府城，遭清兵鎮壓，失敗。官軍擊斃南贛教案首領陳洗，並擒斬女首領羅嫗頭。清廷諭軍機大臣著端方、瑞良認真查辦南康教案，代理南康縣知縣楊寅揆革職留緝，並著嚴飭各員切實保護教士，彈壓教民。10月21日，江西南康教案議結，賠償法國教堂7萬兩，教民損失9.2萬元，賠償英、美教堂損失1.9114萬元。
9月30日。學部和民政部為君主立憲做準備。清廷命學部通籌普及教育善法，編輯精要課本。並命民政部妥擬地方自治章程，請旨飭下各省，擇地試辦，以為召集議院準備。清政府在上諭中指出，上年降旨宣布憲政，近以先設資政院以立議院基礎，而議院言論的得失，全視議員程度的高下。教育不普及，民智便難以啟發，地方不自治，人才則無從曆練。故命學部、民政部通籌良法與章程，飭令各省督撫擇地試辦，以使議員資格日漸高明，議院早日成立，憲政得以實行。
清廷令全國各機構詳細研究君主立憲製。令在京各部院、在外各督撫督率所屬各員，將君主立憲政體切實研究，確切辯明，免涉誤會而入歧途，嚴禁謬說淆亂國是。上諭指出，前經降旨預備立憲，原以君主立憲是我國政體所最適宜的體製，薄海臣民，鹹當確切辯明，免涉誤會。內外百官都有長民之責，尤其須認真講明，以示趨向。並命在京各部院官，在外各督撫，迅速將君主立憲國政體，博考各國成案，慎選名人論說，督率所屬官員切實研究，務期宗旨純正，事理明通。對那些力學精思、貫通治術、益適用的人才，應據實保薦；對那些誤入歧途，倡導謬說、淆亂國是的言行，必須嚴查禁止。
本月。黑龍江軍費支絀 。陸軍部奏定全國陸軍按省分配，黑龍江應練一鎮，限二年編成。由於近年各省應支援江省軍費（協餉）解到很少，江省隻得從官鹽餘利中撥款20餘萬兩，加上奉天協款10萬兩，與編練一鎮陸軍所需之銀相差甚多。
興東道呈請開放畢拉爾路旗丁契買之家奴。附於該路另戶旗籍。
中國留日女學生會在日本成立。在日本中國留學生會館召開會議，該學生會成立，會員70人。
安徽紳界代表李宗棠等呈請外務部堅持廢除銅官山礦約。
會議政務處奏報考試視學官以普興教育一事。8月2日，河南提學使孔祥霖上奏考試視學官普興教育一折，稱原先提學使為“慎重學務”而奏請隻任用“高等學堂豫科及中學堂畢業生”為視學官。但現在各省高等學堂及中等學堂學生畢業人數很少，不夠分派。因此奏請暫時由各省提學使通過考試，慎重選擇一些品學兼優且熱心教育的人員來擔任視學官。根據這個奏折，清廷下令裁汰負責學務的冗員，重視視學官，大興教育。
10月
10月1日。德文醫學堂在上海開辦。寶隆任總理。設德語和醫學兩科，次年改名上海同濟德文醫學堂。
孫中山致函何佩瓊，請協助汪兆銘等在西貢、堤岸籌募革命經費。革命軍防城起義，孫中山派汪兆銘、黃龍生、劉岐山赴越南西貢、堤岸兩埠籌款，以接濟軍需。本日，孫中山致函何佩瓊，請予協助。
清廷命各省疆吏調和民教糾紛。著各省督撫迅將中國與各國所定約章內傳教各條，摘要編輯成冊，分發所屬各官認真講習，隨時剴切曉諭，使民教各安本身，化除忿嫉。