安皇帝隆安二年（公元398年）
桓玄求為廣州。會稽王道子忌玄，不欲使居荊州，因其所欲，以玄為督交、廣二州軍事，廣州刺史；玄受命而不行。豫州刺史庾楷以道子割其四郡使王愉督之，上疏言：“江州內地，而西府北帶寇戎，不應使愉分督。”朝廷不許。楷怒，遣其子鴻說王恭曰：“尚之兄弟複秉機權，過於國寶，欲假朝威削弱方鎮，懲艾前事，為禍不測。今及其謀議未成，宜早圖之。”恭以為然，以告殷仲堪、桓玄。仲堪、玄許之，推恭為盟主，刻期同趣京師。
東晉初期有兩次“清君側”運動，第一次是王敦發起的，針對的是元帝司馬睿寵信的劉隗和刁協；第二次是蘇峻、祖約發起的，針對的是明帝司馬紹的舅哥、成帝司馬衍的娘舅庾亮。都是藩鎮反對中樞，地方抗拒中央；都是興師動眾大打出手，最後也都是經過一番動蕩朝廷又控製了局麵。
有某種對稱性，東晉末期也發生過兩次“清君側”，一次是王恭發動，一次是桓玄發動，針對的對象都是執掌中樞的皇族丞相司馬道子。
中央和地方博弈，藩鎮和中樞爭權，這事兒自古有之，而鬥爭的結果肯定“不是東西壓倒西風，就是西風壓倒東風”。一般來說，在中央弱勢的情況下，對朝廷“失德”的寬忍度要小一些，因為你一渾蛋，就容易給本來就不服的地方留下口實。
東晉初期的兩次清君側，究其原因，還不能說中央失德，隻能說舉措失當，劉隗、刁協為強化皇帝集權做事狠了點，同樣庾亮在消除藩鎮威脅上也操之過急，但都給王敦、蘇峻這樣的地方實力派留下了攻擊的理由，盡管這理由很勉強。
在皇帝弱勢的情況下，盡管出現了非常“共和”的現象，如皇族與士族的共和，中央和地方的共和，但是這種製約平衡本質上是非常脆弱的。不論前麵的王敦、蘇峻還是後來的王恭、桓玄，包括中間似反非反的桓溫，都沒有“地方自治”的訴求，他們都想爭取和把持一個更符合自己願望的朝廷。地方實力派動不動就動用武力或以武力相威脅，貫穿於整個東晉王朝，這個劣質的專製時代為後來提供的曆史經驗就是：要想天下安定，必須中央集權，地方服從朝廷，全黨服從中央。
中央集權的正當性在中國就這樣被證明為真理，在中國文化的語境下，地方自治就等於地方割據，就等於內戰不止。
王恭和司馬道子的矛盾，其實是孝武帝與司馬道子君相矛盾的繼續，隻是王恭後來出任方鎮，這種矛盾被納入“朝廷—藩鎮”這個框架內了。王恭組織地方勢力威脅中央，司馬道子為了緩和局勢，隻好讓王國寶自殺以謝王恭。一個是皇帝的舅舅，一個是皇帝的叔叔，這兩部泥頭車對撼，首先犧牲掉的是噸位比較小的王國寶。
王國寶被逼自殺並沒有緩和雙方的關係，司馬道子一看緩和不能根本解決問題，引宗室司馬尚之、司馬休之兄弟為心腹，加上還有一個政治上早熟的兒子司馬元顯，決定排除王恭這個覬覦中樞的對頭。
在這個時候，司馬尚之出一昏招，讓司馬道子任命王國寶之兄、桓溫女婿王愉（太原王氏王坦之之後）為江州刺史、都督江州及豫州之四郡諸軍事，穿插在京口王恭和上遊殷仲堪中間，用來藩衛建康。江州和豫州這塊地盤，本來分別在王凝之和庾楷的手上，王凝之是王羲之之子，王導從孫（琅邪王氏）；庾楷是庾羲之子，庾亮之孫。這一下把幾大士族集團共和共享的局麵打破了，本來庾楷還和司馬道子暗通款曲反對王恭這一派，這樣一來，庾楷便掉頭倒向王恭。王恭一看團結起來的力量還不小，當仁不讓擔任盟主，再次約大夥兒到京師喝茶。
東晉初期，晉元帝司馬睿、明帝司馬紹父子尚有恢複皇家絕對權威的心思，也做過一些努力，但是北有胡人的軍事壓迫，自己的政權又是僑居南方，所以不得不依賴士族，“王與馬共天下”就是一種曆史選擇。從元帝公元317年登基即位到現在七八十年過去了，琅邪王氏、潁川庾氏、譙國桓氏、陳郡謝氏、太原王氏（又分兩支），都有主導中樞的風光時期，都與司馬家共天下，都有一番興替，但是有意思的是，他們興替之餘失勢之後都沒有遭到徹底的清算，都還繼續保持存在。桓溫想除掉庾氏，但庾氏仍有人典兵方鎮；桓氏篡跡昭著，但桓氏勢力一直盤踞在長江上遊地區。經過幾十年幾代人在權力場上的摸爬滾打，各家各戶都明白，家族存續是硬道理，為了家族的利益，該隱就隱，該仕就仕，該翻臉就翻臉，該結親就結親，練就了高超的生存術。這種湊合的政治格局居然湊合了一百年。