經濟史既然以經濟學方法為基本研究方法之一，因此這種方法自身存在的問題也會對經濟史研究產生重大影響。
盡管經濟學被哲學家稱為“對存在的持續的哲學論證的最精致的建構之一”，但是自身的問題也不少。王國斌指出：自19世紀後期起，經濟學的主題變得越來越狹隘；而到最近30年中，更是日益變成一些用正規數學語言表述的專題。對於一些經濟學家來說，經濟學近來已達到了危機點。這種情況對經濟史的研究帶來了重大的影響。索洛說：當代經濟學脫離曆史和實際，埋頭製造模型；而當代經濟史也像經濟學那樣，“同樣講整合，同樣講回歸，同樣用時間變量代替思考”，而不是從社會製度、文化習俗和心態上給經濟學提供更廣闊的視野。因此“經濟學沒有從經濟史那裏學到什麼，經濟史從經濟學那裏得到的和被經濟學損害的一樣多”。他呼籲經濟史學家可以利用經濟學家提供的工具，但不要回敬經濟學家“同樣的一碗粥”。
吳承明先生早已指出：“就方法論而言，有新、老學派之分，但很難說有高下、優劣之別”，“新方法有新的功能，以至開辟新的研究領域；但就曆史研究而言，我不認為有什麼方法是太老了，必須放棄”，“我以為，在方法論上不應抱有傾向性，而是根據所論問題的需要和資料等條件的可能，作出選擇”。從李丹對經濟史的主要內容作出的區分來看，吳先生的這個看法是非常正確的，我認為這就是我們研究經濟史應采取的正確態度。
三、經濟史研究與社會理論
要對經濟方式進行解釋，必然要從各種社會理論中獲取理論資源。這些社會理論即是關於普遍的社會機製的理論，解釋在一定條件下人類有目的的行為的過程與方式。由於運用不同的社會理論，對同一問題的看法往往出現分歧。李丹指出：在中國經濟史研究中，可以看到在許多問題上，學者之間的看法往往截然相反。例如：
●不受控製的人口增長，導致土地和其他資源所不能承受的壓力
●競爭與市場機製，導致先進技術的傳播、移民和貿易的擴展
●農戶或者經營地主的經濟積極性，導致他們調整技術、投入和發明，以達到生產中勞動和資本的最佳配置，從而使其受益與保障最大化
●社會財產製度把非常不平等的權力、資源和收入分配給不同的人（農民、手工業者、地主、商人或者官員），導致在不同環境中的不同的經濟策略
●在廉價獲得資源與勞動的形式方麵，殖民主義與中華帝國所導致的經濟後果
●礦物與能源資源在地理分布上的偶然性
●自然環境變化的內在與外在的過程
●戰爭與軍事化
●影響經濟行為的文化因素
我認為：學界之所以在對同一問題的看法上有重大的分歧，源於各位學者所運用的社會理論不同以及他們對有關理論理解不同。一般而言，現在所用的主要社會理論大多出現於19世紀，而如王國斌所指出的那樣，19世紀的社會理論在許多方麵已不再可信。在我們修正社會理論時，如何解釋曆史與文化，對於許多學者來說，是一個長期的挑戰。因此，我們在使用已有的社會理論對中國經濟史進行解釋時，必須高度關注學界對這些理論的研究的最新進展。否則，我們就有可能為那些理論中已經被證明是錯誤或者不完善的部分所誤導。巴勒克拉夫曾尖銳地指出：“當前在曆史學家當中的一個基本趨勢是保守主義”，大多數曆史學家在工作中“完全沿襲傳統”，“隻滿足於依靠繼承下來的資本，繼續使用陳舊的機器”。雖然他說的是整個史學，但是中國經濟史學的情況也並不例外。因此，隨時注意理論的變化，是我們改進經濟史研究的重要方麵。
四、經濟史學與其他學科
我在另外一篇文章中對經濟史學所使用的主要方法進行了討論，指出除了曆史學和經濟學的兩大基本方法外，經濟史研究還應當從其他學科（如政治學、社會學、社會心理學、人口學、社會地理學、經濟地理學等）借用方法。對此，李丹也提出了很好的看法。