5日，國民黨中央執行委員會通知國民政府，嚴重交涉濟案。通知謂：“沉冤不雪，民命何堪？國權墜落，到此已極。為特令仰迅速向日本政府嚴重交涉，不屈不撓，務達公平解決之目的，以伸民憤而保國權。”
（蔣介石不與日本正麵衝突，以免影響北伐，在軍略上，或許正確。但對日本之交涉，則決不應如此軟弱，大可以對日政府提出嚴重抗議，要求日本賠款懲凶，而後繼續北伐。但蔣統一全國後，繼之對李宗仁、馮玉祥開戰，而將濟南慘案完全忘卻，終其一生也未提濟南慘案之事，誠於此負有千秋罪責，未可原諒。）
6日，北伐軍自雒口鎮北渡黃河。
8日，蔣答應了撤離濟南等屈辱條件，連賠償一事也未敢提。更未提及日本野獸屠殺中國外交人員之事。以後訂立之條約中竟有“濟南不幸事件，認為既往不咎，互相不課軍事行動的責任”。此乃極大之恥辱外交，國民政府與蔣介石之罪重矣。
9日，張作霖致電南京，呼籲息止內爭，共同對日，蔣介石等予以拒絕；第三集團軍占領石家莊，與第二集團軍並進保定。
10日，北伐軍完全退出濟南。自5月3日至5月31日，日本獸兵共屠殺中國軍民四千七百餘人（並強奸婦女）。平民死加傷者，共一萬一千又六十二人；財產損失二幹五百九十五萬一千七百九十三元。
此無端之大慘案，驚天地而泣鬼神，實為中華民族之奇恥大辱！知弱國之無外交，真最為傷心慘目之事。所恨者，此等奇恥大辱，於今未雪耳！二次大戰受害受辱之恥，亦未雪耳！天禍中華，何其不幸若此。書史至此，痛徹五內。
同日。北伐軍占領禹城。
13日，占領平原、德州。
同日，國民政府為濟南事件致電日內瓦國際聯盟秘書長德蘭孟，請召開理事會議，主持正義。
15日，日本拒絕美國及他國從中調停，主張由中日直接交涉。
16日，國民黨中央政治會議決定：丁惟汾、蔣作賓、宋哲元等為山東省府委員，孫良誠為主席。
17日，國民黨中央常委會決定關於征求國歌、黨歌、軍歌案，由蔡元培、經亨頤等進行審查。
18日，日本致電國民政府與張作霖，聲明：戰爭如進展至京津，其禍亂或及於滿洲之時，將不得已采取適當“有效之措置”。
21日，蔣介石於新鄭晤白崇禧後返鄭州，旋西抵洛陽，23日返徐州。
23日，中央政治會議決定魯滌平為湖南省政府主席。
29日，國民政府嚴詞拒絕日本覺書，表示將以妥善辦法處置東三省問題，至於保護中外人士之安全，為國民政府之責任，不承認其采取有效措置之權力。本日，北伐一、二、三集團軍會攻滄州。
30日，蔣介石自徐州抵河南柳衛晤馮玉祥。旋至石家莊。
31日，北伐軍第一集團軍收複保定，北京震動。
6月：
1日，白崇禧率部自保定北上，直搗北京。蔣介石自石家莊南下，再晤馮玉祥。
2日，北伐軍攻占滄州。張作霖通電回東北。
3日，胡漢民於巴黎致電國民黨中央，提出《訓政大綱》。蔣介石自河南返抵南京。張作霖離北京。黎元洪病卒天津，終年65歲。
4日，國民政府任命閻錫山為京津衛戍總司令。
同日，張作霖於皇姑屯車站被日本特務河本大作奉命炸死。北京暫由王世珍維持治安。
6日，中國國民黨中央政治會議決議以王正廷繼黃郛出任外交部長。閻錫山於保定就任京津衛戍總司令職，張蔭梧任北京警備司令，傅作義任天津警備司令。張宗昌、孫傳芳向天津東北撤退。
8日，國民革命軍第三集團軍（閻軍）商震部率先進入北京。
11日，閻錫山、白崇禧入北京。
12日，國民政府發表《對內宣言》，提出厲行法治、澄清吏治、肅清盜匪、蠲免苛稅、裁減兵額。國民革命軍收複天津。
13日，國民政府外交部電令駐外國各公使維持原職，各使領館改掛青天白日滿地紅旗。
15日，國民政府發表對外宣言：遵正當手續、平等及互相尊重之旨，重訂新約。
16日，新疆楊增新通電宣布服從國民政府，奉行三民主義。並改組省政府。
17日，張學良出關抵奉天。
18日，自本日起中國共產黨，在莫斯科召開第六次代表大會。此次大會主要是總結大革命失敗以來之教訓與經驗，製定黨的未來路線與政策，通過了政治、蘇維埃政權決議案和修改中國共產黨黨章案。出席大會者一百四十二人，八十四人有表決權。大會選出中央委員二十三人，候補中央委員十三人。其後，六屆一中全會選出蘇兆征、向忠發、瞿秋白、項英、周恩來、蔡和森、張國燾為中央政治局委員；關向應、李立三等七人為政治局候補委員；選舉蘇兆征、向忠發、項英、周恩來、蔡和森為中央政治局常委；李立三等三人為候補常委。周恩來為中央常委秘書長，實際主持中央工作。
20日，國民黨中央政治會議議決直隸省改名河北省，北京改名北平，天津為特別市。
24日，東三省聯合會通電，舉張作相為東三省保安總司令，兼吉林司令，張學良，萬福麟分任奉天、黑龍江兩省司令，維持治安。
25日，國民黨中央政治會議議決：設立北平臨時分會，以李煜瀛為主席，商震為河北省政府主席，何其鞏、南桂馨分任北平、天津兩特別市市長。
26日，蔣介石偕吳敬恒（吳稚暉），由南京啟程，繞道漢口，轉赴北平。
27日，國民黨中央政治會議決議撤銷戰地政委會，指定李濟深為廣東省政府主席。
7月：
1日，張學良通電蔣、閻、馮、李，聲明決不妨礙國家統一。全國軍隊編遣分三期進行，本日，開始第一期編遣。計劃至1929年7月，完成全部編遣任務。但由於1929年至1930年之連年內戰，此編遣無果而終。
3日，蔣介石、李宗仁抵北平，閻錫山於長辛店迎接。蔣抵北平後，首先下令通緝段祺瑞。李宗仁問他何以如此，蔣答曰：
打擊一下段的威信，對國軍有利。
4日，河北省政府在天津成立；東三省保安總司令改由張學良擔任，本日就職。
5日，馮玉祥抵保定，即日又抵北平。蔣介石通電，主張裁兵救國。
6日，蔣介石偕閻錫山、馮玉祥、李宗仁於西山碧雲寺祭告孫中山靈前，蔣痛哭一番。
國民黨中央常務委員會通過國民政府外交部關於重訂條約之宣言。北平臨時政治分會成立。
7日，新疆省發生政變，省長楊增新被部下張純熙刺殺。兩日後由金樹仁繼任省政府主席，兼總司令。
9日，蔣發布裁兵令。
10日，蔣介石於北平接待張學良代表刑士廉等，告以東三省需先行易幟，實行三民主義。國民政府頒令豁免民國十六年以前之民欠田租。
11日，中央政治會議議決以劉紀文為南京特別市市長。
15日，白崇禧率第四、二、三集團軍各一部圍殲張宗昌、褚玉璞三萬殘兵，數日後全殲該部。
19日，國民政府以中日商約期滿照會上海日本領事，轉達日本駐北京公使。
熱河省湯玉麟通電易幟，服從三民主義。蔣在對待東北軍問題上曾有猶豫。先是馮玉祥、閻錫山主張消滅東北軍，蔣舉棋不定。李宗仁聞此急忙見蔣，說與東北軍作戰正可以逼東北軍倒向日本方麵，絕對錯誤。蔣遂決定與東北軍張學良議和，促張歸服中央。
21日，日本政府不同意國民政府廢約決議。
23日，國民黨中央常務委員會通過《刑事訴訟法》及其施行條例，中央政治會議交國民政府公布。丹麥、意大利複文國民政府外交部，讚同改訂新約，惟希望新約改訂前，仍延長舊約效力。
25日，張學良電告何成浚，日本在阻止東三省易幟，易幟之事，須從長計議，但一定會服從國民政府。
26日，日本海光司令於天津報告日軍在華數字共六千二百五十九名。在北京地區者五百七十八名，在天津步兵一千二百七十四名。第十八聯隊三千六十一名，野炮大隊六百四十一名，獨立飛行隊一百二十名，野戰醫院隊二百二十五名，通訊班一百八十人，鐵道隊三十八人，憲兵隊三十三人，司令部九十六人。
28日，蔣介石返抵南京。張學良代表呂榮寶亦抵南京。
30日，國民黨中央常務委員會議決《省執行委員會條例》及《組織細則》、《各級學校增加黨義課程暫行通則》、《政軍警各機關工作人員研究黨義條例》。
8月：
1日，本日起，全國追悼北伐死亡將士三日。全國民用航空會在南京召開。
3日，國民政府會議議決施兆基為赴國聯代表，兼駐歐洲辦事處主任。朱培德辭江西省政府主席，被挽留。
8日，中國國民黨二屆五中全會在南京召開，大會議決：（一）暫定民國十八年1月1日為孫中山奉安日。（二）第三次全國代表大會日期，根據黨務狀況而定。（三）各種提案，建議分三組審查：黨務民眾組、黨部與政府關係及權責組、政治軍事組。