河北易縣山北社農民為反對清丈田畝，反對苛捐雜稅，發動千人起義，並進攻縣衙、經界局。冀中十幾個縣，亦相繼起義，其中以固安縣農民反抗鬥爭堅持最久。但至9月亦被軍警擊散。
6日，浙江公推呂公望為都督，堅決反袁。馮國璋、張勳、倪嗣衝發起南京會議，調停時局，分電未獨立各省，派代表到南京開會。
8日，袁令改政事堂為國務院。滇、黔、桂、粵成立護國軍務院。推唐繼堯為撫軍長，岑春煊為副撫軍長，蔡鍔、李烈鈞、陸榮廷、龍濟光為撫軍。院址設廣東肇慶，行使相當於國務院之職權；該軍務院並發表專電，擁護黎元洪繼任總統。
9日，孫中山發表第二次討袁宣言，表明袁氏未去之時，則決心共討袁賊，袁氏既去，當與國民共同維護民主共和製度，不使帝製再出現於中國。黃興抵日本，電勸袁世凱退位。
同日，蔡鍔提出解決時局四項辦法：（一）袁立即退位，副總統依法繼位。（二）空隙時間，以國務總理攝政。（三）立即撤軍議和以處善後。（四）以特別條件選舉新任大總統。此新大總統，蔡鍔意指段祺瑞，仍遵循梁啟超係統政見。
同日，陝北鎮守使陳樹藩宣布陝西獨立，11日通電討袁。
10日，山東護國軍攻克高密。袁世凱裁撤采金局。
11日，孫中山電告南方獨立五省采取一致行動，合力討袁，決不使危害民國如袁逆者生息於國內。
同日，馮國璋等又提出四條時局處理辦法：（一）以國家存在為第一問題。（二）袁氏退位與否為第二問題。（三）袁退位中國存，則袁退位。（四）袁退位中國亡，則袁暫不退位。
12日，國務院下令中國、交通二行停止兌現，主要原因有三說：（一）袁氏欲私挾款項，存於外國。（二）中交二行欲存血本，不為袁氏作軍費之用。（三）政府財政困難。
同日，梁啟超等堅持黎繼任大總統之主張。
同日，黃興通電國人，共同討袁。軍務院決定組織滇桂粵護國聯軍，進取福州、南昌，會師武漢，以岑春煊為聯軍總司令官。同日，原川軍第二混成旅旅長鍾體道，於川北宣布獨立討袁。
14日，上海中國銀行拒絕“停止兌現令”，宣布照常兌現。山東護國軍攻克安邱、諸城。
15日，旅滬二十二省公民再函馮國璋，抗議八項調停辦法，堅決要求袁退位。
17日，袁特任曹汝霖兼代外交總長。中美簽訂株欽（株州至欽州）、周襄（周家口至襄樊）鐵路借款合同。
18日，中華革命黨總務部長陳其美在上海被袁世凱派人刺殺，刺殺地點為上海薩坡賽路14號，此為張宗昌受袁命主持，凶手為李海秋、許國霖。陳之門徒蔣介石將其遺體運回家中，並為之安葬。蔣並於5月20日寫悼詞哀悼，極盡悲傷憤慨之情。
19日，靳雲鵬於濟南勸袁退位，同時與山東護國軍作戰。
20日，袁特任周自齊代理財政總長。
22日，袁世凱親信陳宦宣布四川獨立，並與袁斷絕個人關係。馮國璋等電獨立各省參加南京調停會議。
23日，孫中山致電黨人，囑與各方聯絡討袁，仍沿用五色旗，並致電岑春煊，請約束濟軍，勿再與廣東革命軍發生衝突，一致戮力討袁。
24日，袁世凱調周駿為崇武將軍代督理四川軍務。國務院法製局長林長民病辭，由方樞繼任。湘西宣布獨立反袁。
25日，張勳不滿南京會議，通電主戰。
同日，居正以中華革命軍東北軍（亦稱山東護國軍）名義奉大元帥孫中山之命，發表宣言，表示與西南護國軍，互相呼應，一致討賊；尊重民國約法，尊重五色國旗。
27日，袁世凱犯膀胱結石症，因袁不信西醫以中醫治療。
29日，袁世凱宣布帝製案始末，借此推卸責任，而對南方繼續用兵。袁世凱心腹湯薌銘以湖南都督名義宣布獨立。
30日，袁世凱特任張懷芝代督理山東軍務（靳雲鵬自濟南走天津）。
31日，護國軍山東軍政府成立，吳大洲為都督。
同日，軍務院布告速籌恢複國會。南方各省護國軍軍政府通電各國使節，依法擁護黎元洪繼任大總統。北京國務院呼籲獨立各省與南京會議合作，意在保護袁世凱。
6月：
1日，袁世凱令中國、中交兩行所發之紙幣照舊使用。袁病情加重。
4日，居正東北軍（山東護國軍），進攻濟南，限令張懷芝三日內投降。
6日，袁世凱病亡。臨死前，交大總統印信與徐世昌，並自言即使病愈，亦不問政。國務卿徐世昌立即通電全國，說明以黎元洪代行大總統職權，由段祺瑞負實際責任。並依照袁之《新約法》發布遺命曰：
“本大總統依照約法，宣告以副總統黎元洪代行中華民國大總統職權”。此遺令，表明段祺瑞既不恢複舊約法（南京臨時約法），又仍承認袁為中華民國大總統，並依其遺令由黎氏代行大總統，則袁氏並未退位，舊約法，亦未恢複，因而孫中山繼續為護法而鬥爭。
7日，黎元洪繼任大總統。同日張勳密電張作霖，希望張作霖與他協力複辟，擁戴宣統複皇帝位。該電次日刊出，全國大嘩，張勳又急“辟謠”。
9日，孫中山發表恢複約法宣言，表明誌在共和，始終不二，堅持恢複約法與國會。並致電黎元洪，宣言“規複舊約法，尊重國會，尤刻不容緩”。
黃興電請黎元洪明令恢複民元約法。蔡鍔則與孫、黃唱反調，呼籲擁護“中央”。
張勳召開徐州會議，發布十條綱要，主要是抵製護國起義，由各政要參預政權，保護袁世凱之非法政權體製與袁之家人。
10日，北京政府撤消陸海軍大元帥統率辦事處。北京政府特任陳樹藩為漢武將軍督理陝西軍務。特派江瀚為文官高等考試典試官。唐繼堯提出四項時局解決辦法：（一）恢複民國元年舊約法。（二）召集民國二年國會。（三）懲辦帝製禍首十三人。（四）召開軍事會議解決善後。並雲國務院成立後，即撤消軍務院。
11日，黎元洪複電孫中山，望左右提攜，共濟時艱。
13日，獨立各省均主張恢複民元約法。北京政府任命徐樹錚為國務院秘書長。
15日，馮國璋等電中央，亦轉而同意恢複民元約法與國會。
16日，北京政府令各省停戰。
17日，黎元洪電邀孫中山抵北京商談時局善後辦法。
18日，黎元洪派郭同至滬謁見孫中山，請其指示大計。
19日，各國公使覲賀黎元洪繼任大總統。北京政府裁撤軍政執法處。
21日，黃興派李書城赴北京，表達恢複舊約法召集舊國會之願望。
22日，國務卿段祺瑞通電征詢恢複民元約法辦法。表示既恢複民元舊約法，民國三年新約法亦不可廢，拖延時日，孫中山即日電段促其斷然恢複舊約法與國會。
“華法教育發起會”於法國巴黎召開成立大會。該會由蔡元培、吳玉章、李石曾、汪精衛、吳稚暉、張靜江與法國人歐樂、穆岱等於3月29日發起成立，以蔡元培、歐樂為會長，以汪精衛、穆岱為副會長。其宗旨為“發展中法兩國之交流；尤重以法國科學與精神之教育，圖中國道德知識經濟之發展”。同年，與留法勤工儉學會在巴黎創辦華工學校。1917年，在北京設立華法教育會，以後陸續於京、津、魯、湘、川、閩、滬設立分會。並於京、津兩地創辦孔德學校。1918年，在北京設立法文高等專修館，於長辛店設分館工業科。蔡元培任專修館館長。
23日，孫中山書勸段祺瑞恢複民元約法，尊重舊國會。北京政府特任陳錦濤為財政總長，孫寶琦為稅務督辦，特加畢桂芳將軍銜督理黑龍江軍務。
24日，特任蔡鍔為益武將軍，督理四川軍務，兼四川巡按使。
25日，李鼎新以海軍總司令名義，要求恢複民元約法與民二國會（舊國會）。
同日，唐紹儀、梁啟超、伍廷芳等聯名駁斥段祺瑞民國三年約法不可廢除之主張，說明民三約法為非法之法。
26日，陳宦黯然離開成都。
28日，北京政府任命徐恩元兼代中國銀行總裁。
29日，黎元洪申令尊重民元約法，續行召集國會，黎段矛盾開始形成。黎頒布改革令：裁參政院與肅政廳，立法院、國民會議所製定法令應即撤消。
特任段祺瑞為國務總理。
段祺瑞（1865～1936），皖係軍閥創建人，安徽省合肥縣人。父段佩為淮軍統領，以鎮壓撚軍起家。段祺瑞1881年於山東威海軍營任哨官。1885年入北洋武備學堂，三年畢業，於旅順監修炮台。1889年赴德國克虜伯炮廠實習。回國後任北洋軍械局委員、威海隨營學校教習。1896年，任袁世凱新建陸軍左翼炮三營管帶，兼隨營炮兵學堂總辦，成為袁之心腹，與馮國璋、王士珍並為北洋三傑。後隨袁移駐濟南，參加鎮壓山東義和團運動。1912年1月率北洋四十六名將領電促清廷退位。
30日，黎任命各部總長：唐紹儀外交、許世英內務、陳錦濤財政、程璧光海軍、張耀曾司法、孫洪伊教育、張國淦農商、汪大燮交通，段兼任陸軍總長。
本月，馮國璋宣布解散南京會議。
孫中山令黨人停止軍事活動。
廣東商辦粵漢鐵路廣州至韶關段通車，長224公裏。該鐵路自1906年動工。
7月：
1日，北京政府內務部通告：所有在京及行將來京之民國二年參、眾兩院議員，請自本月10日起，至籌備國會事務局報到。
同日，北京政府申令：死刑非經司法部複準回報，不得執行。
3日，中華革命黨東北軍（山東）總司令居正電責張懷芝屠戮暴行。
4日，湯薌銘被迫離開長沙，湘人推劉人熙為湘督。山東革命軍與張懷芝停戰。
5日，京師檢察廳停止檢查郵件。
6日，北京政府劃一各省軍民長官職稱：各省督理軍務改稱督軍，民政長改稱省長；並特任各省督軍：張作霖（奉係軍閥創建人）——奉天、孟恩元——吉林、張懷芝——山東、趙倜——河南、閻錫山——山西、馮國璋（直係軍閥創建者，繼之者為曹錕、吳佩孚）——江蘇、張勳——安徽、李純——江西、李厚基——福建、呂公望——浙江、王占元—一湖北、陳宦——湖南、陳樹藩——陝西、蔡鍔——四川、陸榮廷——廣東、陳炳煜——廣西、唐繼堯——雲南、劉顯世——貴州。
特任省長：朱家寶——直隸、郭宗熙——吉林、畢桂芳——黑龍江、孫發緒——山東、田文烈——河南、沈銘昌——山西、齊耀琳——江蘇、倪嗣衝——安徽、戚揚——江西、胡瑞霖——福建、範守佑——湖北、張廣建——甘肅、楊增新——新疆、朱慶瀾——廣東、羅佩金——廣西、任可澄——雲南、戴戡——貴州。
督軍兼省長：張作霖、呂公望、陳宦、陳樹藩、蔡鍔。
省長兼督軍：朱家寶、畢桂芳、張廣建、楊增新。
同日，北京政府特派龍濟光督辦兩廣礦務，並令暫代廣東督軍。廢止《頒爵條例》、《懲辦國賊條例》、《附亂自首特赦令》、《糾彈法》。
同日，文官甄用委員會成立，由國務總理段祺瑞兼季員長，郭則沄副之。
7日，特任周樹模為平政院院長。
8日，內務部通告各省：前所查禁各報，準予一律自由行銷。北京政府廢止《文官官秩令》。
12日，惠民公司所招首批赴法華工1698人由大沽口乘輪出發開赴法國。至次年12月先後赴法華工25批，31656人。至一戰結束，赴歐華工共二十餘萬人。特任孫洪伊為內務總長，範源廉為教育總長，許世英為交通總長。
申令釋放政治犯，並撤消政治犯通緝案。
13日，特任李厚基兼代福建省長。
14日，護國軍務院宣告撤消，護國戰爭正式結束。黎元洪申令拿辦楊度、孫毓筠、朱啟鈐、周自齊、梁士詒、顧鼇、夏壽田、薛大可等八人，詳確訊鞫，嚴行懲辦，其餘一概寬免。
15日，孫中山在上海講《中華民國之意義》，先談權利，指出非除去惡政，人民無以談權利二字。次談改革，改革之根本大計為政體改革。再次談建設之目的，為國民之衣、食、住、行四者。
16日，
以劉人熙代理湖南督軍。北京政府廢止報紙條例，以保證人民言論、出版之自由權。
17日，孫中山於上海講《地方自治為建國之基礎》。
他說：地方自治，是國家之基石。基石不堅，國則不固。觀看五年來現狀，則自可知此道理。今後應當傾全力於地方自治。請諸君觀看此圖。圖中最高者，為人民，人民為行使主權者。其下為縣議會，人民選舉26人，行使立法權，而該城七十萬人，共同遵守此立法。縣長，亦由人民選舉，並根據該議會之法令，支配縣中六局。人民不但有選舉權，而且有罷免權，七十萬人中，有七萬人署名提議，即可召開縣國民大會。國民有三十五萬以上人數讚成，即可製定法律。對違反人民利益之法律，亦可如以上辦法取消之。對法律、法案如有疑點，亦可如上複決之。縣長對立法有否決權，但否決後，必交議會複議，如有三分之二議員否決縣長之否決案，則該立法仍然生效。國家統治權，屬於全體人民，而非政府（以美國新製為藍本）。
18日，北京政府廢止《官吏犯罪特別管轄令》。
19日，特任陳炳焜兼代廣西省長。準蔡鍔病假一個月，以羅佩金護理其職。
20日，孫中山在上海講《采用五權憲法之必要》。五權憲法是政府組織，主要是行政權、立法權、司法權、考試權、監察權。此立法院，非是議會之立法機構，而是在政府機構中。但其立法，必為國民大會所批準。此立法機構與西方之三權分立之立法機構不同。
24日，特任王占元兼代湖北省長。
25日，特任劉人熙暫兼代湖南省長。
同日，中華革命黨征求改組意見。
28日，張一朋代理平政院院長。
29日，《公文程式》公布實施，規定特任、簡任、薦任官委任狀均由大總統蓋印，國務總理會同主管國務員副署。特任李根源為陝西省長。
31日，特任畢桂芳為黑龍江督軍，張國淦為黑龍江省省長。中華革命軍東北軍總司令居正赴北京，許崇智代理總司令，蔣介石任參謀長。
本月，農業儲蓄銀行於山東威海衛創辦；榮敬宗於上海創辦福新第四麵粉廠；邵飄萍於北京創辦新聞編譯社，為中國自辦新聞社之始。
8月：
1日，特任穀鍾秀為農商總長。
3日，特任譚延闓為湖南省長兼督軍。京兆尹王達，令各縣設立注音字母傳習所。交通部令結束同成、浦信、寧湘三路工程。
4日，陳籙病辭，特任陳文運為都護使充駐庫倫辦事大臣。
同日，孫中山致電居正，要其收束山東護國軍軍事。
6日，山東中華革命軍（中華革命黨）飛機試飛。北京政府頒行謁見禮，並廢止覲見條例及覲見禮。
8日，撤消電政管理局，權限歸並於一等電報局。
9日，劉顯世兼代貴州省長，戴戡調任會辦四川軍務。財政部向美國花旗銀行訂立150萬英鎊借款合同，購買美國銀條，以為造幣之用。
11日，北京政府嚴令龍濟光、李烈鈞立即停戰。派薩鎮冰為粵閩巡閱使。特任畢桂芳兼代黑龍江省長。
12日，江蘇發生水災，以高郵、寶應、興化、鹽城為重災區。
13日，中日軍警因日商與華兵口角，在奉天鄭家屯衝突，互有死傷。之後，日軍向鄭家屯大量增兵，迫令駐防奉軍退出三十裏以外。奉軍撤出。
21日，日本關東軍又強迫奉軍於四平街至鄭家屯三十裏內撤出，奉軍又被迫撤出。繼之日對華提出種種侵權要求。
14日，北京政府令各省議會於10月1日召集。
15日，憲法研究會機關報《晨鍾》於北京創刊；《旅歐雜誌》於巴黎創刊；日商於上海開辦東亞製麻株式會社（公司）。