1月：
1日，司法部通告號召社會發起組織“出獄人保護會”。布告曰：
“民國肇興，與民更始。刑法草創，期合不同（與以前自有不同之意）。被告人刑期既滿，出獄自營生計，而社會之人，往往羞與為伍，致究無所之，再陷繩墨（再觸刑律），實社會未盡保護之責。各國皆有出獄人保護事業，望海內仁人碩子，發起組織保護會”。
津浦路（天津至浦口）全線通車，全長為一千零九公裏。同日，黃興、王國權、龍璋等二十九人發起組織中華汽船公司。其目的是打破洋商壟斷，擴張中華自由實業。總股本200萬元，北京政府認股三十萬元，發起者認股二十萬元；華僑曾連慶等認股一百萬元。不足者待認。
2日，大總統袁世凱邀宴各國公使；晚複宴國務員、議員，宣布對“俄庫（庫倫政府）問題”之意見：外蒙係中國領士，俄人不應違法與庫倫逆結私約，中國處於必爭之地位，如將來交涉決裂，見於戰爭，乃係俄人違背公約，侵我主權所致。中國向來力主和平，以維護世界和平，冀各國持公評斷。同時，對國務員、臨時參議院參議員宣布對庫事意見三條：（一）庫事交涉，刻下稍為退讓，但必以武力為後盾。（二）再議時，如俄國仍堅持強硬態度，即將中俄交涉宣告各國，並派專使赴荷蘭，請求召開臨時海牙和平會議仲裁。（三）此時政府隻宜鎮靜交涉，不能輕舉妄動，如交涉破裂，則實行最後辦法。
3日，財部編成民國二年預算：歲出九億零二百萬元；歲入七億二千五百萬元。赤字須靠借款，或增稅減政。
4日，王闓運赴京就國史館館長任，至上海，因受友人勸阻，又折而返湘。譚延闓等三十四人發起成立洞庭造革股份有限公司，股本二十萬元。
雲南黑井地區月初降下之深厚積雪（六寸）融化，冰水橫流，衝垮河堤，此地村莊處於汪洋之中，人畜淹死者無數。
6日，北京政府令各省不準截留鹽稅。公布《推事檢察官律師書記官服製服令》。外交部頒行《外交官領事官使領館主事官俸暫行章程》。公使按舊時二等駐使薪額月給銀一千八百元，一等秘書按舊時頭等參讚薪額月給銀七百五十元，使領館主事按舊書記生薪額，月給銀一百五十元。
8日，公布《地方機關劃一組織令》。規定除蒙古、青海、西藏三地外，各省已設民政長者，以民政長為省之行政長官；未設者，以都督兼任民政長；各省設行政分署。
裁撤各國中國留學生監督之職。
9日，公布《關於文官任免執行令》；蒙藏局擬呈《待遇西藏條例大綱》；鍾穎報告英國於西藏八地區連續增兵，袁世凱於是日召開內閣會議決定派兵西藏，但並未實行。
10日，孫中山於上海講演《黨德》，指出“黨勢之盛衰，全視黨員智能道德之高下”。《召集正式國會令》頒布，限三年二月以內，所有當選之參眾兩院議員齊集北京，並規定於議員報到過半數時，即行開會。
同日，袁世凱頒布修正參議院議員選舉法施行細則第十三條，規定現任官吏須於選舉前辭職方可應選。
11日，任命景定成、井勿幕擔任稽勳局職務。
12日，達賴以西藏國皇帝名義與庫倫哲布尊丹巴“蒙古皇帝”私訂《蒙藏協約》，於本日簽字，共九條。此後，中國社會上再掀征蒙、征藏浪潮。中國政府之二千五百萬鎊大借款案，各國分定數額。教育部公布《大學規程》。
13日，以沈雲沛籌辦浦信鐵路事宜。
16日，以高魯為中央氣象觀象台台長；教育部公布《私立大學規程》。
18日，大借款展期簽字。
19日，貴州省軍務處處長劉顯世，濫殺國民黨人劉潛、胡仲文。劉顯世曾殺害貴州省議員多人，更於扶風山殺害新軍一千五百人之多。
20日，任朱深為總檢察廳檢察官。
21日，命王治馨為京師警察廳總監。
23日，俄皇接見外蒙專使杭達。
26日，哲布尊丹巴以“蒙古帝國”名義致電袁世凱，聲言各主其民，該電文中有袁附和黎元洪妄殺革命黨人張振武事，令大漠不安之語。
同日，中央政府所派江西民政長汪瑞閩為江西人民拒絕，袁即指派陸軍部，轉飭九江鎮守使扣留江西所購槍械，並派艦六艘停泊九江示威。李烈鈞亦以冬防為名，派軍分駐要隘，要求發還槍支，互相對峙，其勢洶洶。黎元洪出麵調停，要政府撤回九江海軍，發還槍械，江西亦撤去各要隘之軍，並迎汪抵江西任職。未果。
29日，黃興辭漢粵川鐵路督辦，獲準；以顏惠慶為駐德國公使，劉式訓為外交次長。
30日，政府準許世英辭司法總長職。
2月：
1日，命楊以德為天津警察廳廳長。袁世凱議定對待蒙、藏問題辦法五條，主要是招撫和加封號、加津貼費等辦法。農林部在京召開全國農會聯會，以謀改良農業為宗旨。
3日，第一屆遠東運動會在菲律賓舉行，至9日閉幕。其比賽成績：菲律賓第一，中國第二，日本第三。派岑春煊督辦漢粵川鐵路事宜。
4日，國民黨於國會議員選舉中大獲勝利。眾院得票二百六十九席，參院得票一百二十三席，占兩院三分之一以上議席。
7日，國民、民主、共和、統一四黨，於江蘇會館召開憲法討論會成立大會。內外蒙王公在阿拉善集會，議決反對蒙古獨立，服從民國中央，袁世凱發給餉項。
8日，袁世凱宴各國公使。
11日，孫中山啟程訪日，三日後抵東京。
10日，至本日，上海大企業家沈靄荃、虞洽卿等十餘人為組建北京華商電車有限公司，刊載招股規程與該公司簡章。確定股本為三百五十萬元，承包北京內外全城電車之敷設，預期一年半完成所有工程。該公司由北京政府批準專辦二十年。
15日，教育部讀音統一會開幕，選吳敬恒（稚暉）、王照為會議正副議長，創製注音字母。司法部公布《假釋管理規則》。
16日，英俄私訂《西藏條約》，共七條。條約承認英國之西藏勢力範圍，俄國則廢除1902年俄清條約。
17日，王芝祥、於右任等發起組織“國事維持會”，以維持立法與行政、中央與地方、政黨與政黨間之調和關係為宗旨，至11月17日，該會解散。
19日，宋教仁於上海提出政黨內閣與省長民選主張。
20日，司法部通令各省，按京師辦法改組法院。
22日，前清隆裕皇太後逝世，國務院通告，以君主最優禮儀待之，一律下半旗二十七天，現任文武官均帶黑紗二十七天。
24日，教育部公布高師校規。
25日，司法部訓令各省高等審判廳、檢察廳一律暫用木質關防印，二寸五分長，一寸七分寬，印文曰：
“某省高等審判廳之關防”，檢察廳亦如之。以張防為農林部次長。
27日，內務部核準《邊事日報》立案。次日，中國蠶絲總會在北京成立。
3月：
1日，孫中山於日本東京出席中國旅日各界歡迎大會，講演《政黨之要義在為國家造幸福，為人民謀福利》。
2日，內務部核準滿旗官、民冠姓更名改籍。
4日，北京政府因六國銀行團要挾，特提出大借款拒絕書。全國禁煙聯合會議在北京開幕，會期三天，議決統一機構，確定刑犯，嚴厲查禁鴉片煙案。
同日，司法部實行司法官脫離黨派製度，公布《司法官無黨及脫黨一覽表》。
5日，政府命朱善元、賈景德等為山西各路觀察使。
6日，西藏中巴地區地震。司法部訂立《華洋訴訟辦法》（仍未撤銷領事裁判權），訓令各級法院實行。以楊以德為直隸渤海觀察使。
7日，稽勳局通告北京及各省大學、專門、高等、中等、中小學校，“嗣後對於烈士後裔及革命出力人員貧苦不能自給者，持有本局證書，一律免收學費，按其程度分配何校何級。但學校以國立及各省官立為限”。河南省忽起大風，曆時十二時之久，拔樹倒屋，鐵道被沙堆塞，火車停開。
8日，命黃仁壽代理兩廣鹽運使。內務部核準夏金聲創辦《小報》。
9日，宋教仁發表大政方針十條，主要內容為：單一國製，責任內閣；省長由民選進入委任製，省為自治團體，有立法權；國務總理由眾議院推出；整理行政、劃分中央與地方之行政；整理財政；開發產業；振興民政；興辦國有交通業；振興教育；統一司法；運用外交。
10日，《黃鍾日報》立案，報人為王印川。
12日，宋教仁在滬演說中央行政與地方行政劃分之政見。謂中國以地方自治為宜，地方官由中央委任，權力操於中央。而地方自治則補中央行政之所不及，發揮地方行政自治與主動性，兩者既結合而又劃分權限。地方行政以省、縣二級為宜。即中央——省——縣——鄉——鎮。對外行政，多歸中央；對內行政多歸地方。消極維持治安，多歸中央；積極增進人民幸福之行政多歸地方。至於其審擇分配，則視國情而定。行政之權，中央既多且大者，謂之中央集權；地方官治之權多且大者，謂之地方分權。中國宜采用折衷辦法，中央不可過於集權，地方也不可過於分權，以地方自治，使人民直接參與施行，以重民權。
13日，孫中山抵神戶，對華僑演說，表示讚成於中國實行責任內閣製，認為內閣可以隨時更換，有利國家人民。又指出黨爭之實質，乃代替流血之爭：“蓋黨爭為文明之爭，能代替流血之爭也”。“天下事非以競爭不能進步……黨爭有一定之常規，苟能嚴守文明，不為無規則之爭，便是黨德”。
15日，公布《地方行政官公服令》。
16日，江西省議會拒絕接受北京政府簡派民政長。
18日，美國退出六國銀行團。
19日，北京政府特任陳振先兼代教育總長。
有湖北商民裘平治上書袁世凱謂：總統尊嚴不如君主，請改為“帝國立憲”等語。袁“閱之駭然”，於本日頒布命令，重申共和之義，斥責帝製之謬；並令湖北民政長嚴行查拿，按律懲治，以資儆戒。
袁世凱發布命令，決定於民國二年（1913年）4月8日舉行民國議會開會典禮。
國務院訓令各省民政長飭令所屬研議祀天配孔之國家典禮；教育部公布《中學校課程標準》，所定課程如下：修身、國文、外國語、曆史、地理、數學、博物、化學、物理。中學學習期為四年。
20日，午後10時40分，宋教仁於上海車站被刺倒地，並雲：“吾中槍矣”，時夜雨淒迷，景物陰慘。於右任等將宋送往滬寧醫院。12時30分取出子彈，惟因擊中近心髒處，疼痛殊甚。
宋教仁（1882～1913），湖南省桃源縣人。1904年與黃興在長沙成立華興會，策劃起義未成，流亡日本。1905年於日本參加同盟會。1910年，在上海主持《民立報》，同時與譚人鳳組織同盟會中部總會，決定於長江流域發動起義。武昌起義後，積極參與發動上海和蘇浙起義。1912年5月到北京任農林總長。8月改組同盟會為國民黨，實際主持國民黨工作，仍推孫中山為總理。積極從事競選，欲成立國民黨內閣，為袁世凱所不容。1913年3月20日，為袁刺殺於上海。
21日，黃興電袁和國務院、參議院報告宋教仁遇刺經過。袁即令江蘇都督等立重賞破案。同日，醫院接到一封匿名怪信，謂為欲殺他人，而誤殺宋氏，署名鐵民。
22日，宋教仁於晨4時47分頃逝世，時年三十二歲。在其側者有黃興、陳其美、於右任、居正、劉白等十數人，均為之頻呼：“此事真不甘心”。宋於痛苦中仍告訴於右任曰：
“諸公皆勉力進行，勿以我為念，而放棄責任心。”
黃興致電北京《民主報》，請其將宋教仁被刺經過刊諸報端，宣示中外，並與陳其美致函上海巡捕房，懸賞一萬元，請協助緝凶。
23日，孫中山致電國民黨本部與上海交通部（本部之分部），令黨人合力查究宋教仁被刺原因。宋教仁殯殮，萬眾執紼，同聲悲悼，各報章雜誌，均紛紛刊登消息，情緒激昂。上海各有關機關，亦懸賞緝凶。
24日，刺宋疑犯應桂馨、凶手武士英被捕。先是有王阿發其人，以賣古玩、字畫為生，至應家出售字畫，應即出示宋教仁照片，對王說：我欲辦此人，你能辦到，酬洋一千元。王當時未允，歸而謀其友鄧某。鄧初允之，即隨王阿發赴應家，但中途變計謂不能無故殺人，此事遂罷。及宋氏被刺噩耗傳出，鄧某即告訴其友張君此事真相。張則告訴國民黨交通部，並尋王阿發至交通部。部中幹事立即偕王至捕房報告。王說明應桂馨所持照片與報上所刊照片相同。捕房立即將應自一妓女處捕獲，再押應至其家搜查文件。
次日，凶手武士英亦至應家，立即被捕。
25日，孫中山自日返抵上海。
26日，自應桂馨家查得應與國務院內務部秘書洪述祖電報密碼本。洪述祖潛逃。
同日，孫中山因見刺宋主使者在國務院，其後台已現，主張起兵討袁；陳其美、戴季陶等讚同，黃興則主張以法律解決，並認為南方武力不足以言戰，如開戰，大局糜爛，不可收拾。孫見黃不同意，隻好再與袁周旋。
27日，孫中山於國民黨公宴國會議員宴會上講述中日關係，主張促進中日感情，以維持東亞和平。報人楊超、洪壽民、關紹先、包魁章等呈報開辦《白話報》，政府準予立案。
28日，袁世凱批準優恤宋教仁遺屬，及將宋氏事跡宣付國史館。
29日，達賴脅迫駐藏辦事長官鍾穎離藏，鍾穎於本日移駐那當印藏交界外，並電告中央情形。
30日，國民黨上海交通部接到匿名函一件雲：“宋案不事深求，彼此均存顏麵……萬一顏麵既破，轉瞬兵端即見”。
31日，京師警察總監王治馨向張繼談宋案秘密。指洪述祖之潛逃，袁世凱深知之。
本月，俄政府決定派兵五萬入蒙，助其對抗中國政府；同時，又派騎炮兵二千五百名進犯新疆。
4月：
1日，公布《行政執行法》。藏人煽動川邊土番圍攻巴塘。
袁世凱加給班禪“致忠闡化”名號。北洋政法學會創刊《言治》月刊。
2日，公布《省議會暫行法》。
3日，午後6時45分，南京、上海地區發生強地震。7時，鎮江地震，倒房頗多。
6日，午後6時，地震波及蘇州、鬆江。
8日，午後，揚州亦發生地震，亦有房子倒塌。
4日，宋案第二次預審。
5日，外蒙軍侵襲東蒙，旋被擊退。宋案第三次預審。
7日，宋案第四次預審。
晚，九江暴風為災，浮橋盡毀，沉輪船一艘，撞毀輪船三艘，帆船被毀者無算，船民淹死眾多。
8日，中華民國第一屆國會在北京開幕。到會參議員一百七十九人，眾議員五百五人。先宣讀開幕詞，再宣讀袁氏賀詞。
同日，巴西首先承認中華民國。
總統府移於南海（中南海）辦公。
9日，宋案第五次預審；上海《中華民報》發表《強盜政府》社論，抨擊袁世凱政府以殺人為業，斥袁為竊國大盜，並雲：袁賊一日不除，則共和國必將斷送。
同日，秘魯承認中華民國。
10日，袁公布西藏第一屆國會議員選舉法。
11日，宋案第六次預審。
12日，宋案第七次預審。
13日，袁世凱令暫發國會議員每月月費三百元。
同日，國民黨上海交通部舉行宋教仁追悼大會，極其隆重。
國民大學在北京正式開學，黃興繼宋教仁為校長。
14日，袁世凱以鄂軍“倡亂”為名，下令通緝武昌首義者陸軍中將季雨霖與陸軍少將熊秉坤。
15日，袁公布《中國銀行條例》。辛亥鎮江起義都督林述慶被袁派人毒死於北京山本醫院。
國民黨旅日支部機關刊物月刊《國民雜誌》創刊。其宗旨為“發揚黨綱，闡明平民政治原則”。社長夏之時，總編鄧澤。16日，汕頭國民黨機關報《大風日報》發表《萬惡政府》時論，痛斥袁世凱進行黑暗野蠻之專製統治，罪在桀、紂之上。
17日，教育部訓令高等學校著重筆記，並令中學於第三學年進行筆記訓練。
外蒙古“外交使臣”杭達爾濟被刺死於庫倫。
19日，北京《民立報》、《國報》、《新叢報》、《憲法新聞》、《民任報》、《震旦》雜誌等，核準立案。廣西桂林自是日開始，連吹三日大風，風中雜有雨雹，城內外被吹倒房屋、店鋪無計，大樹百餘棵，亦被連根拔起，為曆年所僅見。
21日，各國駐北京公使密議對中華民國承認問題。俄、法二國公使提出承認四條件：（一）不承認外蒙為中國領土。（二）要求川、滇特別權利。（三）要求付清本年賠款。（四）要求償清到期欠款。但美、德二國反對此四條要求，該會未能形成決議。
23日，籌辦西藏選舉事務所公布《西藏第一屆參議院、眾議院議員選舉法施行細則》。
24日，國會參、眾兩院舉行第一次正式會議，討論議事細則、旁聽規則、正副議長互選規則。
25日，張繼、王正廷當選參院正、副議長；眾議院投票通過無記名投票選舉議長。
宋教仁被刺案真相大白，江蘇都督程德全、民政長應德閎呈報宋案檢查報告，並通電全國，該案由國務總理兼內務總長趙秉鈞嗾使內務部秘書洪述祖，洪嗾使應桂馨，應買刺客武士英刺殺宋教仁。趙秉鈞之後當然就是袁世凱，因而舉國嘩然。
26日，孫中山與黃興聯名通電，主張嚴究宋案主使人。以申公憤。北京政府未經國會通過，訂立五國銀行團借款二幹五百萬鎊合同，黨人指為非法。此次借款無美國參加；中國以鹽稅、關稅，以及直隸、山東、河南、江蘇四省所指定之中央稅項為擔保，利率五厘。
命孫多森、聶其煒為中國銀行正、副總裁。
27日，張繼、王正廷通電反對袁氏違法大借款，並向袁世凱提出質問。袁稱早經臨時參院通過；前參院成員吳景濂等七十二人則予以否認。
28日，安徽都督柏文蔚通電反對大借款；新聞界致書五國銀行團，請緩支借款，待國會通過後，再行支付。趙秉鈞發出自辯通電，輿論紛紛駁斥之。
29日，參議院開會，通過反對大借款案。