5日，學部奏定外國人在中國辦學，不須立案。此後外國教會學校遍布全國。
10日，免除江西臨川水衝地額賦。
13日，光緒於仁壽殿接見日本王爵博恭、公使林權助。
15日，《新雲南》創刊於東京，由吳琨、張熔編輯，宣傳反清革命。繼之，於31日，湖南留日學生創辦《洞庭波》，次年1月，改為《漢幟》。
29日，賜留學畢業陳錦濤等各科進士、舉人出身。
本月，賑安徽水災、廣東風災、湖州澇災。
11月：
6日，光緒下詔更定官製。命載澤、世續、那桐、榮慶、載振、奎俊、鐵良、張百熙、戴鴻慈、葛寶華、徐世昌、陸潤庠、壽耆、袁世凱，共同編纂更定官製方案。旋諭編定各省官製。同日又諭：內閣、軍機處照舊不改；都察院主官設禦史一員、侍郎二員，不分滿漢；增設資政院、審計院；其餘宗人府、翰林院、欽天監、鑾儀衛、內務府、太醫院、各旗營侍衛、步軍統領衙門、順天府、倉場衙門，均不改動。
本月，總核大臣慶親王等上奏官製改革奏章謂：按立憲官製，立法、行政、司法三權並立，各有專屬相輔而行。現積弊乃有三端：（一）日權限不分，以行政官而兼有立法權，則可借行政之名，創立不平之法，並必徇平時之愛憎，變更一定之法律，以意為出入，以司法官而兼有立法權，必肆行聽斷，侵害平民。（二）日責任不明，一人而數職，數人而一事，均無實效。（三）日名實不副，即如名為吏部，而無銓敘之權，名為戶部而無統計之權，等等。現本三權分立之製而定官製。立法之權，暫歸資政院，以為預備。行政之事，專屬內閣。司法之權屬於法部，以大理院任審判，而法部監督之，均與行政官相對峙而不為所節製也。此三權分立之梗概也。此外有資政院以持公論，有都察院以糾彈，有審計院以查濫費，亦皆獨立，不為內閣所節製，而轉能監督閣臣。內閣各部為外務部、吏部、民政部、度支部、禮部、學部、陸軍部、農工商部、郵傳部、理藩部。各部尚書一人、侍郎二人。部設承政廳，以左右丞任一部總彙之事，設參議廳，以左右參議，任一部謀議之事。此外之郎中、員外郎視事之繁重而設，務使責有專職。軍機大臣，可改為政務大臣，各部尚書均為參預政務大臣。大學士仍辦內閣事務。
同月，編纂館擬定外省官製，電各省督、撫裁奪。電雲：我朝承明製，管官之官多，管民之官少，州縣以上，府、道、司、院，層層鉗製，而以州縣一人，集中地方百務於一身，又無分曹為佐，遂致假手幕賓，寄胥吏，壞吏治，釀禍亂，皆由於此。今擬仿漢唐之製，分地方為三等：甲等日府，乙等日州，丙等日縣，均直隸於省，互不統屬。以前之首縣裁撤。知府從四品，知州正五品，知縣從五品，均直理地方民事。各府州縣各設六品至九品官，分理財賦、巡警、教育、監獄、農工商、庶務，同集一署辦公。另外設地方審判廳。各府、州、縣又各自劃分三個區，每區設讞局一所，置審判官，受理百姓訴訟，不服者，再上訴於地方審判廳。每府州縣，又各設議事會，由人民選舉議員，公議本府、州、縣應辦之事。並設董事會，由人民選舉會員，輔助地方官辦理議事會所議決之事。待各府、州、縣之議事會、董事會成立後，再推廣設立城、鎮、鄉各議事會、董事會及城、鎮、鄉等自治機關。以上均受地方官監督。仍留各巡、道監督各府、州、縣。以上辦法，由各省督、撫酌量推行。至於省城院、司各官，現擬辦法如下：（一）各省設戶、禮、兵、刑、工各司，糧、餉各處。合院司於一署，各日行省衙門。督、撫總理本衙門政務，略如部之尚書。藩臬兩司如部丞職，其下參酌京師各部之官製，合並藩臬兩司以外之司、道、局、所，各分司設官，以參議官員領之，其下再分設各曹，置五品至九品官，分別職責。各府、州、縣公文直達於省。省直達各府、州、縣。每省各設一高等審判廳。督、撫經管外務、軍政，兼監督一切行政司法。以布政司專理民政，兼管農工商，以按察司專管司法行政，監督高等審判廳。另設一財政司，專理一省之財政，兼管交通事務。此外，學、鹽、糧、關、河各司道仍舊。
改官製，名為消除滿漢界限，各部隻設尚書一人，不再設滿漢尚書各一，但多以滿人擔任要職，漢人之地位反而更降，因而在官府中，亦生排滿之思潮。當時社會上因此而有新政排漢之傳言流布。各部員司候補者千餘人，多為滿人，而對政務，滿官獨斷獨行，致使滿漢員司見麵時，不交一語。漢人對此敢怒而不敢言。自剛毅（支持利用義和團之滿人大臣）製造排斥漢官十二字口訣（“漢人強，滿洲亡；漢人疲，滿洲肥”）以來。排漢思想深入滿洲親貴心中，牢不可拔。及立憲論起與改革官製，滿、漢大員之間，暗鬥之風潮洶湧。本年9月，漢官瞿鴻璣協辦大學士，特旨派其為議改官製大臣，因與軍機領袖奕勖每有爭持而辭職。後於1907年，瞿鴻璣又密奏請赦免戊戌黨人，為西太後所忌，遭罷斥。又有岑春煊，因護駕西逃，為西太後為重用，但因在西太後麵前彈劾慶親王奕勖貪贓誤國，而為西太後不悅，更為奕勖所忌，旋被委派兩廣總督，使其出京，及到上海又因小疾被罷職。改以張人駿為兩廣總督。同年4月，奕勖之子載振，在東北視察，保奏道員段芝貴直接升任黑龍江巡撫，輿論大嘩，禦史趙啟霖參奏載振受賄保薦段芝貴。奏雲載振過天津時，段芝貴以一萬二千金購得歌妓楊翠喜獻上，並以天津商會王竹林處借措十萬金為慶親王奕勖之壽禮。載灃、孫家鼐奉旨確查，由袁世凱從中彌縫，又因醇親王載灃亦不願得罪奕勖，結果是查無實據，禦史趙啟霖，以誣蔑親貴重臣名節奪職。但段芝貴亦免去巡撫之職，而載振亦上疏辭職自責，謂深負二聖（太後、光緒）之托付，請開去一切差缺，閉門思過。但禦史台對趙禦史被免職一事大嘩，趙啟霖不久又行複職。此事之後，汪康年（瞿鴻璣門生）於其主辦之《京報》大刊楊翠喜一案（平時亦對奕勖父子多所譏諷）。奕勖遂懷疑此係瞿鴻璣（亦寫）指使，決心排斥之，此時，奕勖與袁世凱相勾結，勢傾全國，人謂奕勖貪庸，世凱跋扈。6月某日，瞿鴻璣複職後入值軍機處，被西太後宣召，西太後語及奕勖時，表示對奕勖不滿，有擬令奕勖退出軍機處之言。瞿歸告夫人，夫人又告訴汪康年之夫人，汪又告訴曾敬詒，曾又告訴倫敦《泰晤士報》駐北京記者馬利遜，馬遂以重要新聞電告《泰晤士報》發表。西太後因此責備瞿漏言。奕勖即乘機嗾使惲毓鼎彈劾瞿暗通報館，授意言官，陰結外援，分布黨羽。西太後令孫家鼐、鐵良（滿人）查複。孫、鐵尚未著手，而姑免深究之詔下，著令瞿開缺回籍。先是袁世凱以為瞿當政樞，便媚結之，但為瞿所拒絕，因而倒向奕勖，竭力助奕勖以攻擊之。
袁世凱自出賣光緒，升任直隸總督兼北洋大臣後，於天津之籌建，儼然第二政府之規模，滿洲貴族對袁之握有重權以及兩江、湖廣總督之為漢人，深為疾忌，百計排擠之。清廷以鐵良為練兵處會辦，與袁同一職務，實欲以鐵良取代袁世凱。大學士伊裏布之孫良弼自日本留學歸國，亦入練兵處與鐵良共同排袁，京師興起排袁暗潮。禦史江春霖等，則於此時上疏彈劾袁氏權位太重，宜削減之。清廷於1906年11月，將北洋四鎮歸陸軍部直轄，留二鎮仍歸袁指揮。1907年9月以湖廣總督張之洞入值軍機，任體仁閣大學士，兼管學部；袁世凱亦入值軍機，兼任外務部尚書。此係將張之洞、袁世凱二人明升暗降，以奪其權。旗人趙爾巽任湖廣總督，此後，各省巡撫，又多命滿人任之。至此，滿洲貴族之排漢運動，取得重大成果。當時軍機處共六人，滿漢各三，但漢人鹿傳霖已經老邁，張之洞亦入暮年，掛名而已。袁世凱則惟奕勖之命是從。而張之洞亦看不起袁，常譏諷之。1909年初，又將袁世凱罷官。同年6月，直督楊士驤卒，以滿人端方任直隸總督。此時漢人居要津者，隻張人駿、陳夔龍等二、三人。