早於本年3月10日，日軍侵占奉天。日、俄陸戰結束，俄國軍隊死傷十一萬六千五百人；日軍死傷四萬二千二百人。5月，俄國艦隊來援，日艦於對馬海峽大敗俄國海軍，二十六艘俄艦沉沒二十二艘，俄海軍司令被俘。
本日，在美國總統老羅斯福調停下，於美國樸茨茅斯城日俄雙方訂此約。該條約規定日本於韓國有特殊利益，任何處置俄國不加幹涉；旅、大與南滿鐵路轉讓與日本，俄國割讓庫頁島五十度以南地區與日本。此後，於本年12月22日，日本迫清政府訂立《滿洲善後條約及附約》，其勢力進入中國南滿地區，其所奪得東北權益更大於俄國。該《善後條約及附約》主要內容是：（一）清政府承認樸茨茅斯條約。（二）開放奉天之鳳凰城、遼陽、新民屯、鐵嶺、法庫、長春、哈爾濱、寧古塔、琿春、三姓、齊齊哈爾、海拉爾、璦琿、滿洲裏等處。（三）設立“中日木植公司”，允許日本在鴨綠江右岸采伐森林。（四）日本繼續經營戰時鋪設之安東（丹東）至奉天（沈陽）軍用鐵路，至1923年期滿賣給中國。（五）吉長鐵路，由中國自行籌款修造，但籌款的一半要向日本借貸。（六）日本得在營口、安東、奉天劃定租界。
此次日俄戰爭中，東三省受害甚巨，據統計，在遼陽戰役中，東北人民死傷不下四萬餘人。此外，日本軍隊糧秣85%由中國東北供應，共約九十餘萬噸。中國東北財產損失約為六千九百萬兩。自己之國土作為列強之間戰場，世上少有。這是中國的奇恥與不應有的浩劫。
此次戰爭，日本立憲國戰勝了俄國專製國，於是乎立憲戰勝專製之理論，風行世界，中國朝野亦受其影響，清朝政府亦受觸動。
11日，光緒詔各省學政專司考察學堂。
16日，新疆巡撫潘效蘇，因侵款撤職，戍軍台效命。
17日，命袁世凱、鐵良校閱新軍秋操。
20日，命汪大燮充出使英國大臣，楊晟充出使德國大臣，李經邁充出使奧國大臣。
22日，開海州為商埠。
23日，命李經方為商約大臣。
24日，清出洋考察五大臣於前門車站登車啟程時，有二大臣載澤、紹英被革命黨人吳樾以炸彈炸傷，吳樾本人當場身亡。此事轟動全國，推翻清政府之革命運動，亦因之發展益速。
吳樾（1878～1905）字孟俠，安徽桐城人。1903年在保定組織軍國民教育會支部，後讀《自由血》、《孫逸仙》、《革命軍》、《警世鍾》。擁護孫中山革命主張，強烈反對君主立憲，其言曰：“立憲主義徒落我皇漢民族之人格，汙辱我皇漢民族之思想……敢以區區之心，貢獻於漢族同胞，必能協心並力，抱持唯一排滿主義之圖，建立漢族新國，則某雖死猶生。”1904年任《白話報》主筆。遺著有《暗殺時代》。其論暗殺曰：“善用兵者必分兵為二隊：一日戰兵，一日暗兵。暗殺者，吾黨之戰兵也；複仇者，吾黨之援兵也。有暗殺之戰兵在前，勢不得不有複仇之援兵在後。欲言革命者，不得前以暗殺，後以複仇，此暗殺與複仇，亦互相為力，互相為功也。”
巴塘亂平，為首者喇嘛阿澤、隆本郎吉等被殺死；清廷予有功之提督以及道員趙爾豐等獎敘不等。
外務部與各國公使改訂修浚黃浦河道條約。
27日，《醒獅》月刊於日本東京創刊，馬君武、柳亞子為主要撰稿人。
10月：
4日，為懲辦貪官，清廷特諭軍機大臣：岑春煊奏，候補三品京堂周榮曜，充粵海關庫書，百計侵吞，虧款至二百數十萬兩之多。命即革職，交岑春煊嚴拿監追，並將所置產業查抄備抵。
8日，清廷始設立巡警部，以徐世昌為尚書，毓朗、趙秉鈞為侍郎。
19日，以肅清廣西之功，給予岑春煊太子少保銜，李經羲優敘。
24日，光緒見德國公使穆默於勤政殿。
26日，命尚其亨、李盛鐸會同載澤，赴各國考察政治，以補徐世昌、紹英缺。
31日，光緒於勤政殿會見日本公使內田康哉。
本年秋，賑雲貴各屬水災、河南太康風災，鎮番、巴燕戎格雹災、風災。
本月，政務處奏請特設學部，主管教育與教育行政；禮部與國子監二機構裁撤，歸並於學部。
貝子載振奏請改革官製：凡一人兼數事、數人兼一事者，均不可行，應專職一事；中央政府，宜設十部：外務部、商部、法部、學部、吏部、巡警部、戶部、禮部、工部、兵部。每部各設尚書、侍郎三、四人。事繁之部，設左右丞左右參議各一人。事簡之部隻設丞參議各一人，其餘均應裁汰，各缺均不分滿漢，諸王貝勒亦應實習吏事；此後尚書、侍郎一律簡授；宗室、世職章京，亦可令在各部學習行走；凡一事歸二部者，並歸一部；內務府專司供應；內閣大學士不兼部務者，同內閣學士，政務處歸入內閣；翰林院、都察院、理藩院均不可裁，其餘各中央衙門，均應裁撤。
31日，設置吉林、哈爾濱道。
11月：
13日，盧漢鐵路修建竣工（盧溝橋至漢口）；英軍侵入西藏，索賠一百二十餘萬兩白銀，清廷諭令國家代給，以恤番屬之艱難。
19日，訂立鑄造銀幣及行用章程。
22日，以陸征祥充出使荷國大臣，兼理海牙和平會議事宜。
25日，設置考察政治館，擇取各國政法適用於中國政體者，斟酌損益，纂訂成書，供朝廷裁定。
同日，清廷以實行新政為名，嚴詔查禁革命黨。詔曰……近複舉新政，力圖富強。乃竟有不逞之徒，造為革命排滿之說，煽惑遠近，淆亂是非。查其跡，實為假借黨派，陰行其叛逆之謀……著各將軍、督、撫……明白曉諭，認真嚴禁。此次宣諭之後，倘有怙惡不悛，造言惑眾者，即重懸賞格，隨時嚴密防拿，細訊究辦……以期杜絕亂萌，而維大局。
26日，同盟會於東京創辦機關報《民報》，張繼為發行人。民報創刊號發表了孫中山解說三民主義之文章（即發刊詞，這是孫第一次公開發表三民主義革命綱領）。文雲：“歐美之進化，凡以三大主義，日民族、日民權、日民生。”“今者，中國以千年專製之毒而不解，異種殘之，外邦逼之，民族主義、民權主義殆不可以須臾緩；而民生主義，歐美所慮積重難返者，中國獨受病未深……吾國治民生主義者……睹其禍於未萌，誠可舉政治革命、社會革命畢其功於一役，環視歐美，彼且瞠乎後也。”
27日，陝、洛反清會眾被鎮壓。
12月：
3日，清政府罷撤駐韓國使臣，改總領事。
4日，東京中國留日學生舉行罷課，反對《清國留學生取締規則》。
5日，三百名中國留日學生於東京富士見樓開會，要求取消全部《清國留學生取締規則》。並有人發表文章曰：“既深惡祖國專製，誌於推翻，又何苦鬱鬱受異國專製壓迫？”此後各校中國留學生紛紛罷課。日本政府卻於《朝日新聞》著文嘲諷謾罵中國留學生。日本文部省更不接受中國留學生之要求。留學生程家檉則著文駁斥日本政府之誣蔑。陳天華初不讚成全體罷課，罷課之後，又怕不能堅持到底，心甚不安，及見《朝日新聞》謾罵中國留學生，則憤而於12月8日投海自殺，以示抗議。陳死後，東京中國留學生罷課風潮益激。
12月13日，中國留日學生有三百人集體退學返國，陸續返國者，不下二千人，並均不乘日本人船隻。後經東京中國學生聯合會交涉，取締規則無形打消。1906年1月13日，學生聯合會亦取消。
6日，清廷下詔設學部，將國子監與之合並，命榮慶為尚書，熙英、嚴修為侍郎。
22日，中日新條約訂立。該新約名《東三省事宜正、附約》或《滿洲善後條約及附約》。正約三款，附約十二款。
本月，免盛京各旗、陝西各屬被兵欠賦與安州澇災、韓城水衝地租。
本年冬，賑雲南會澤澇災、新疆英吉沙爾水災、雹災。
本年，湖北宜城縣將屯田改為民田，強令農民交納地契稅和田賦，農民不堪負擔，聚眾三萬人，圍攻縣衙，打擊劣紳，旋被鎮壓；但縣衙亦立即宣布減免田契稅。
上海成立聖約翰大學（美國教會學校）。
本年至1911年（宣統三年），全國各省商民收回路礦自辦權運動達於高潮。該收回利權運動，發自本世紀之初，主要有如下各省收回運動：山西收回福公司霸占之礦權；安徽、山東收回煤、銅各礦；雲南、四川收回各礦權；滬杭甬路權收回；兩湖收回路權。至於1911年5月，清政府正式下達“幹路均歸國有”詔書，撤銷全國所有商辦鐵路幹線成案。此一謬舉嚴重損害廣大紳商切身利益，因而激起保路風潮。（並於此大潮中，發生武昌辛亥之役，繼之各省先後響應，清王朝滅亡，而民國以成。）
此一時期，中國近代蘇浙資本集團勢力走向政治舞台，對清廷展開了商政與外交方麵之反抗鬥爭。
先是1898年（光緒二十四年），清政府督辦鐵路大臣盛宣懷與英國怡和洋行簽訂了滬杭甬鐵路草約，由英國人負責修建該路。對此，蘇浙商家們，均心存不滿，認為有損國人利益。
本年（1905年），江蘇商家在上海、蘇州、常州等地分別集會，要求清政府將滬杭甬鐵路交歸蘇、浙商民自辦。繼之蘇州商人起草章程，並推選王清穆、張謇、王同愈等，為總理和協理，同時成立商辦蘇省鐵路公司。次年，清廷商部批準其正式注冊。但英國人見該公司於上海、北京等地招募股份深感該路利權“得而複失”，便逼迫清政府簽訂該鐵路修造正約。清政府在外力逼迫下又行妥協，答應由傳郵部向英國銀公司借款一百五十萬鎊，轉借給江浙兩鐵路公司，使英國有優先貸款權、發行股票權、工程管理權、購買材料權、帳目監督權。江浙兩省商家對此極為憤怒，上書反對，據理力爭，而清廷則拒不答應，要商家“昭大信而全邦交”。1907年10月下旬，江蘇商家派代表一百餘人在上海商學公會開會。情緒激憤。11月，江蘇鐵路協會，召集股東在上海舉行蘇路拒款會。繼之，江蘇股東又聯合浙江股東在上海召開多次拒款會議，通過決議三項：一、不接受商借商還辦法；二、股東拒絕借英國銀公司款項；三、成立江浙保路協會。並公推王文韶、王同愈、許鼎霖等六人為遵旨商辦不借外款代表，交涉此事。12月，江蘇紳商和旅蘇浙江商人也於蘇州召開拒款大會。此外，上海、常州等地發生商家集會反對借款事件，並於集會之外，複用電報、書信向清政府和有關部門提出質問和抗辯。其中有蘇路公司股東們致外務部電，說該鐵路費用股款足夠，沒必要借外資以害國人。其經營所得，可以振興實業，以表明商家愛國之誠。否則，抵押外人，虧損既巨，信用亦失，人心渙散，大局可危。最後表示對政府強迫之舉，萬難從命。《申報》、《時報》也將此次抗爭運動與商家意見披露報端。光緒三十三年十月一日（11月16日）申報刊有常州股東致鐵路公司之信函一封雲：“承認已廢之約，冒天下之不韙，置輿論於不顧，勒江浙兩省借一百五十萬鎊之洋款。政府甘棄我江浙，我江浙人民何忍聽政府之行為，自戕（殘害）其生命財產耶？是可忍，孰不可忍……以廣義言之，所爭雖為路款，實為兩省人之生命財產，亦實為全國之土地主權而爭也。爭而勝，國尚可為國，立憲尚可望。否則，中國為印度，為波蘭，為安南（越南），為朝鮮之滅亡可耳。何必設諮議局，立憲會、地方自治所，裝假麵具以自欺也。”
清政府見民憤太大，遂取消強借英款之議，而改行部撥存款五十萬兩，撥給江浙兩鐵路公司，要兩公司借用清政府款項，仍承認“路歸商辦”。由於商家抵製，部款亦隻撥付一次而罷。清廷用對英國之借款，改修徐州至開封段鐵路。
此後，江蘇商人更以主力地位參與速開國會之請願運動。至1909年、1910年江蘇大商人連續兩次以諮議局代表赴京請願，張謇為其代表人物。1910年上海商界舉行請願送別會議時，到場商人有千餘人，聲勢壯大，並高呼“國會萬歲！”1911年之四川保路運動，則是四川資本集團將清廷送入墳地。
本年。榮宗敬兄弟創辦振新紡織廠，資本二十七萬元。1909年將其改組成申新紡織廠，資本三十萬元，榮氏占60%。該企業以後發展迅速（見1914年）。