19日，朝廷賞在京王公百官半俸，旗、綠營兵丁一月錢糧。
23日，清廷命馬玉昆清剿京郊殘餘義和團眾；命瞿鴻璣在車機大臣上學習行走。
28日，清廷命銷毀各部署案卷，裁汰書吏。
29日，命瞿鴻璣兼政務處大臣。
本月，王國維創辦《教育世界》於上海。朝廷賑直隸旱災。
6月：
3日，朝廷下詔開經濟特科，命中外舉薦有能力應試人才；命各省清厘例行文籍；仿照章程刪繁就簡，將各衙門書吏差役分別裁汰，不準假以事權。
4日，清廷派醇親王載灃為專使大臣赴德國“謝罪”。
5日，命以政治之學整頓翰林院編檢以上各官。
7日，特諭於本年9月1日，由河南直隸一線回鑾京師。
11日，朝廷命停順天、奉天、黑龍江、直隸、山西、河南、陝西、浙江、江西、湖南諸省科舉考試五年。
14日，停吉林本年歲貢。
16日，命那桐為專使大臣赴日“謝罪”。
同日，展延山西本年恩、正兩科鄉試。
7月：
4日，賞道員蔡鈞四品京堂充出使日本大臣。
5日，命有關出使各國大臣訪察在各國之中國留學生，資送回國，聽候考試錄用。
17日，命副都統蔭昌充出使德國大臣，許台身充出使朝鮮大臣。
24日，朝廷詔令設立外務部。將總理各國事務衙門改成該部，命奕勖為總理外務部大臣，王文韶為會辦大臣，瞿鴻璣任尚書，並會辦大臣；徐壽朋、聯芳為侍郎。至宣統三年（1911年），新內閣成立，以尚書為外務部大臣，侍郎為副大臣，裁總理、會辦等職。
25日，《國民報》第一期於日本東京出版。主辦人為沈雲翔、王寵惠、張繼等。該報言論激烈，高呼革命與民主，主張學習西方。共出四期，對國內影響較大。同年，康有為弟子歐榘甲於美國舊金山創辦《大同日報》，突破保皇立場，並宣言廣東獨立。
31日，八國聯軍撤離北京。
本月，賑黑龍江災區。
8月：
14日，諭令改於10月6日（八月二十四日）（西太後與光緒）啟蹕回京，命鄧增節製隨駕扈從諸軍；免陝西、河南、直隸蹕路所過地區賦額。
15日，朝廷下詔除漕務諸弊；河運、海運改征折色，然後采運米糧，儲存京倉。
16日，罷世鐸值軍機處（免去軍機大臣差使）。
19日，黃河決口章邱、惠民等處。
26日，命各省綠營兵、防勇於本年內裁十之二、三。
29日，下詔改革科舉製度，自明年開始。罷去時文試帖，以經義時務、策問為考試內容；停止武科。
同日，予羅豐錄三品京堂，充出使俄國大臣。
9月：
7日，奕劻、李鴻章代表清政府簽訂《辛醜條約》共十二款，此外又有十九個附件。十二款主要內容為：
（一）清政府向八國賠償白銀四億五千萬兩，分三十九年付清，年息四厘大，本利共達九億八千二百萬兩，加上各省賠款兩千萬兩，共十億兩巨額。（二）北京設立使館區東交民巷，使館區內由各國駐軍管理、保護，不準中國人於內居住。（三）從北京到山海關鐵路沿線，外國有權於12處駐軍，駐軍地點為：黃村、廊坊、楊村、蘆台、唐山、灤州、昌黎、山海關、秦皇島、天津。（四）大沽炮台及大沽至北京沿線所有炮台一律拆毀。（五）天津周邊二十裏內，不準駐紮中國軍隊。（六）清政府必須嚴厲鎮壓中國人民反對外國侵略之鬥爭，永遠禁止中國人成立和加入任何反侵略組織，違者皆予處斬；地方官對該轄區反侵略活動，必須立即彈壓懲辦，否則，即行革職，永不敘用；凡附和義和團之王公大臣、地方官，分別處以革職、監禁、流放、死刑；凡發生過殺死外國人之城鎮停止文、武科考五年。（七）清政府設立外務部，撤消總理衙門。（八）遵照各國意願修改與各國之《通商行船條約》。（九）派王公大臣赴德、日兩國謝罪。在德國公使克林德被殺處，立牌坊為記；對被殺之日本書記生杉山彬給予“優榮之典”。
這是中國最屈辱損失最巨之不平等條約。
該條約規定，聯軍於9月17日撤出北京，22日撤出直隸省境。此時在直隸之各國軍隊總計二萬餘人。八國聯軍退出直隸地區後，留駐在中國軍隊的數量，條約中未予限定，由八國各軍隊將領商定。留駐中國有關地區軍隊數量如下：天津駐兵兩千人；山海關至秦皇島駐一千五百人，其他有關地點，每處派駐三百人；駐京使館衛隊總數不超過二百人。實際上，至1902年1月也列強留華軍隊仍有二萬人以上（使館衛隊除外）：天津駐二千人；山海關駐有一萬五千人；京、津、榆（榆關）鐵路沿線，有三千人。至1902年7月止，在直隸之侵華軍仍有五千人（不包括使館衛隊在內）。
此次侵華各國軍隊約為九萬四千人。與之作戰清軍約為五萬七千餘人，軍隊數量與武器、裝備，均遠遜於八國侵華軍。
關於此次庚子賠款，得款國除八國之外，還有比利時、西班牙、荷蘭三國，他們所以參與索賠，因為他們在北京駐有使節。在要求賠款數目時，美國主張以中國之承受力為根據，要求賠1.5億美元，約合庫平銀2億餘兩；德國則認為不應太慷慨；俄國亦如此要求，均認為美國之要求太少了。日本也同意德、俄二國意見，再發一筆戰爭財。此時外國各報紙則主張中國賠款應在七千萬英鎊之數，即中國庫平銀六億兩左右。英國則以列強領袖自居從中調整，最後確定按中國人口四億五千萬計，每人拿人頭稅一兩，確定賠款數為四億五千萬兩。本年9月7日，《辛醜條約》及其附件正式簽署。賠款數本息總計為982238150.05兩（九億八千餘萬兩）。其中以俄、德、英、法四國所得最多，俄國又多於其他三國，總計為284567750.49兩（二億八千餘萬兩）。德國獲一億九千餘萬兩；法國獲一億五千餘萬兩；英國獲一億一千餘萬兩。
賠款需三十餘年還清，賠款便轉化為債務。在清償債務過程中，各國又設法再加勒索，便想出一個“鎊虧”的辦法，要清政府再加賠因銀、金比價中銀價不斷跌落之補償數。參加補償“鎊虧”的國家有十國，美國未參加。1904年7月26日，簽訂自1902年至1904年之“鎊虧”補償條約。清政府不敢反抗，又增賠千餘萬兩白銀。而其利息，又於1905年1月1日四厘起息。是息上加息。
賠款實數，各國又折合為本國貨幣索賠，法國法郎彙價在第一次世界大戰中及戰後，不斷跌落，法國便不再以法郎折合，而采用以美元計算。1922年又要求以法國紙幣法郎換成“金法郎”，以紙幣換成金錠，要中國按金法郎償還庚款。中國北洋政府予以拒絕。1923年，法國又向北京政府張紹曾內閣重提此案。又被拒絕。法國又發動列強一齊對北京政府施加壓力，北洋政府同意法國要求，準備於1924年2月10日前簽字。但此激起國會議員憤怒，紛紛抨擊北洋政府。民間社團也在報刊電責北京政府。北京政府懾於民情，再次照會有關各國使節，拒絕法國無理要求。八國政府又聲言中國如不答應法國要求，即對中國進行“公判”。1924年，八國對中國北京政府施加壓力，聲言拒絕召開討論提高中國關稅之關稅會議。麵對國際上之無理取鬧。中國民眾又一次發起譴責列強的全國浪潮。中國國民黨中央委員會並發表反對金法郎案之宣言。此案暫時擱置。