同日又諭李鴻章進京議和：“所奏各節，本日均已照辦，分別降旨。該大學士接奉此旨，著即日進京開議，勿再遲延”。次日，又諭內閣，命派禮部右侍郎那桐前往致祭日本使館書記生杉山彬，並賠葬銀五千兩，運回日本。
同日，命內閣，派大學士岜岡即日前往祭奠德國公使克林德。
同日，命鹿傳霖為軍機大臣。
26日，派那桐赴日本致祭被甘軍所殺之日本書記生杉山彬；毓賢罷官。
29日，駐大沽各國海軍繼續召開會議，決定由海上登陸秦皇島，同時派一批軍艦，前往轟擊山海關炮台，牽製中國駐軍，掩護登陸部隊；俄軍占領灤州。
同日，光緒諭內閣：因山西本年荒歉，供應維艱，加之山路崎嶇，轉運困難，且電報不通，諸多不便，特決定於10月1日（閏八月初八日）啟鑾赴長安。
10月：
1日，西太後等啟程，向長安進發。
6日，抵霍州，詔命榮祿至行在（皇帝所在之處）。
10日，抵史村驛，諭北五省嚴捕自立會黨。
同日夜，俄軍知英軍已占山海關，立即赴山海關，占領鐵路學堂，英、俄雙方有衝突之險。聯軍即派一支聯合艦隊駛往秦皇島登陸，輸送聯軍七千人，於10月24日進入山海關，協調各國軍隊：第一號炮台各國軍隊共同占領，升各國國旗；第二號炮台由德、奧、意三國共國占領，第三號炮台與火藥庫由法軍占領；第四號炮台由英、日軍占領；第五號炮台由俄軍占領。正當此時，俄軍一部暗中占領車站和山海關橋梁工廠。聯軍繼而侵占關城，燒殺搶掠，無所不至。並闖入鄉村和南北翼城燒殺淫掠。英、德軍繼侵寧海縣城。
2日，德、法聯軍占領秦皇島。俄國新任太平洋艦隊司令海軍中將斯克雷德羅夫率艦隊運俄軍三千人自旅順口抵山海關登陸。
3日，清廷授奕勖全權大臣，會同李鴻章協議和約，劉坤一、張之洞會商和約。
同日（10月3日）英軍芮德準將，率領一千二百人從威海衛駛抵山海關和秦皇島，任山海關、秦皇島兩地聯軍指揮官。英國海軍中將西摩爾返回大沽口，聯軍複於山海關、秦皇島淫掠燒殺，無所不為。10月10日，俄軍攻掠盧龍縣城。11日，德軍侵入永平縣城，將東街搶掠一空，並於該縣勒索大量白銀。
4日，法國政府向侵華各國政府提出對華談判六條作為談判基礎。各國原則上予以接受。主要是：懲辦各駐華使館指定之主要“罪犯”；禁止軍火進口；對各有關國團體、個人損失作出公正賠償；在北京建立永久使館隊伍；拆毀大潔炮台；對北京至大沽間幾處地點進行軍事占領。
15日，奕勖和李鴻章向各國使節提出一個照會表示：中國就進攻使館一事向各國認罪；同意賠償損失；同意修訂新通商條約；新約訂好後各國撤兵；談判前，各國應先行停戰。
7日，兩宮（西太後與光緒）抵蒲州，諭命江蘇等省解款百萬兩，接濟京師俸餉。免西行所過太原、陽曲等屬今歲額賦。
8日，孫中山領導下之反清義軍統將黃福率敢死隊八十人，奇襲清軍於惠州沙灣，奪洋槍四十支、彈藥數箱，斬殺四十餘人，俘獲三十人，清軍潰敗，惠州三洲田起義爆發（亦有雲10月6日，或10月5日爆發）。次日，孫中山複電，令鄭士良率部從海道接受來自台灣、廈門之軍械。鄭複於平山、龍岡招募千餘人。於15日攻克鎮隆，奪槍七百餘杆、馬七十匹。
至17日，清軍援軍萬人增援至惠州三洲田。鄭以義軍勢單力薄，決定奇襲克敵，率眾猛攻永湖，一舉而下。沿途軍紀良好。百姓以酒食相迎於道，各地來投者，竟達數千之眾。同日，義軍又連敗清軍，占領白芒花。此役擊傷清軍將領劉邦盛、鄧萬林，奪洋槍六百杆，馬數十匹。19日，義軍進占崩岡墟，入夜，複襲清軍，大勝，但因人多槍少，彈藥不繼，義軍追至沙洋而止。本月下旬，義軍繼占新安、大鵬，進軍惠州、平海沿海地區，此時義軍已達兩萬餘人。但槍械顯然遠遠不夠。孫中山所派使者山田良政由香港抵達，告知：“情勢突然生變，外援難期，即至廈門，亦恐徒勞，軍中之事，由司令官自決行止。”鄭士良接信後，悲痛不已，即日灑淚解散起義軍，化整為零，保存實力，以圖再舉。鄭等先後赴香港；山田良政在歸程中，被捕殉難，為日本誌士殉節中國革命之第一人。
此次起義期間，史堅如、鄧蔭南，於廣州欲以炸彈刺殺兩廣總督德壽，未能成功，史堅如被捕，於11月9日，慷慨就義，年僅二十二歲。
此次起義，震動世界，各國報紙紛紛刊載此次起義之新消息。
12日，瓦德西以保定府駐有清軍，天津、北京、保定間，仍有義和團在活動，派聯軍兩路進犯保定，指令對義和團進行殘酷鎮壓，搜到拳民，立即槍決；對清軍則可與之接洽，共同鎮壓義和團，並轉向議和局麵，但要清軍退出保定府城以南一百華裏外駐紮。聯軍攜帶二十一天糧飯（此時聯軍多有患痢疾與感冒者）出發：一路由法國旅長白勞德率領，自天津出發，計四千餘人，另一路由英國侵華軍司令官蓋斯裏陸軍中將率領，自北京出發，計有五千餘人。
13日，法軍一支，先抵保定城下。
15日，法軍未經作戰，進駐保定府城。
18日，聯軍兩支抵保定，並進入正定縣城，搶掠一空。
21日，聯軍占據保定城內總督署。
23日，聯軍將直隸布政使廷雍、城守尉奎恒、參將王占奎、按察使沈家本、候補道譚文煥等清朝官員俘獲。
25日，德寇於完縣境內殺人放火，肆無忌憚。
31日，聯軍犯永清縣城，勒索白銀四千兩。
16日，英國和德國簽訂《英德協定》，此協定第二條規定：“德帝國政府及英女王陛下政府，不得利用現時之紛擾，在中國獲得任何領土利益，其政策應以維持中國領土不受變更為指歸”。第四條規定：“兩國政府應將本協定通知其他關係列強，如奧、法、意、日、俄、美等國，並請其接受本協定所采取之原則”。
17日，聯軍統帥瓦德西抵達北京，將統帥部設於皇宮中。
19日，法國駐華公使根據各國公使所提修改意見，提出對華議和六條修正案，作為對華談判基礎。
26日，西太後與光緒逃抵西安，以巡撫署衙為行宮。
29日，聯軍突然向紫荊關（晉冀交界處）發起進犯，清軍與之激戰六個小時，因力量不支而撤退，後因聯軍和各國公使之間，對於進攻山西之意見未能統一，聯軍侵占紫荊關後暫駐該地，未再西犯。
11月：
6日，經瓦德西批準，被俘獲之清廷官員王占奎等“受國際審判”。以縱容團民殺害教士為由，將廷雍、王占奎、奎恒三人“判處死刑”；把沈家本革職並予以監禁；將譚文煥押往天津受審。對此，逃亡在外地之清廷，提出了質詢和抗議。此外，聯軍還對保定城進行了摧毀性的破壞，城門、城角均拆毀無餘；還勒索保定府二十四小時內交出四萬兩白銀，又罰銀十萬兩，限一月交齊。聯軍對保定城鄉，複行一貫之燒殺淫掠，並以“清剿義和團”為名，大肆屠殺城鄉百姓，血染保定地區。聯軍又犯固安縣城，勒索白銀八千兩。於定縣攻打高蓬鎮，繼犯曲陽縣，攻擊義和團隊伍。此外聯軍還到新城、淶水、易州各城鄉進行燒殺搶掠。複到清西陵，奸淫婦女無數；並當著青年丈夫之麵強奸其青年妻子，毫無人性。鄉人多以全家自焚而免其辱。聯軍複於西陵搶劫，甚至連門窗的銅片，也不放過。在此廣大地區之罪惡醜行，直至1901年夏天，才因開始撤軍而收場。西陵被劫金、銀、銅、木各類祭器共五千五百六十件，幾經交涉，退回五千零五十一件，多已損壞不整。
9日，清廷予此次殉難的祭酒（官名）王懿榮世職並旌表其妻謝氏、兒媳張氏。
12日，德、意、奧三國軍隊由北京向張家口進犯。總兵力一千五百人，大炮四門，一路未遇到什麼抵抗，經南口、居庸關、延慶、懷來，於17日進駐宣化府城，勒索保險費二萬兩。
18日，抵張家口，守軍獻城迎敵，聯軍再次於張家口與附近州縣大肆搶掠，並闖入民宅奸淫婦女無數，複行種種勒索，因天寒地凍，於本月23日，又離張家口返京，沿途除搶掠奸淫之外，複一批批屠殺“義和團員”。此後兩次自北京向張家口進犯。1901年5月，十六名德國騎兵又入侵山西省天鎮縣，搶掠而後，又侵入大同府、陽高縣境和豐鎮廳，並有德軍再次進犯張家口，焚毀營房數十所。
同日（11月12日）清廷免保德貢黃河水魚。
13日，清廷削載漪爵，將載勳、溥靜、載瀅交宗人府圈禁；載瀾、趙舒翹奪職留任；剛毅病故免議；毓賢發配到極遠邊疆。
15日，德軍攻陷紫荊關，布政使升允退軍浮圖。
24日，德法聯軍在保定成立“權理司”，作為統治保定地區人民的機構，並於12月15日派軍攻打容城縣城和滿城，到處搶掠和勒取大量銀兩。
30日，聯軍各國政府駐華公使最後議定議和大綱十二條。
本月，賑陝西災荒。
12月：
3日，朝廷下詔責董福祥不諳外情，遇事魯莽，奪提督職仍留任。
4日，發內庫銀四十萬兩賑陝西饑民，並促江、鄂轉漕購糧，以接濟之。
4日，調崧番為陝甘總督。
6日，授王文韶為體仁閣大學士，崇禮、徐郙並協辦大學士。
16日，光緒諭命內閣：錫良、岑春煊奏請開陝西、山西實官捐輸（開價賣官），以資賑濟。山西、陝西兩省，災區甚廣，籌賑維艱，按其所奏，準開辦實官捐輸。
22日，對上月所擬十二條議和大綱，各國公使完成簽署手續。隨後。各國公使將大綱十二條以照會形式，送交清政府議和全權大臣奕勖，奕勖與李鴻章立即電告西安。該十二條如下：（一）殺死德使一事，中國派親王赴德賠禮，並於被殺處立碑紀念（即克林德碑）。（二）嚴懲“肇禍”諸人；“殺害淩虐”外國人各城鎮五年內不得舉行文武考試。（三）殺死日本書記生一事，中國政府必以優榮典禮以謝日本政府。（四）發掘外國人墳墓之處建立碑碣。（五）軍火及造軍火之材料不準運入中國。（六）中國政府賠外國人及為外國做事人損失。（七）各國派軍常駐，保衛在華使館。（八）京師至海邊留出外國來往通道；大沽炮台一律拆毀。（九）各國派軍駐屯保衛通道。（十）張貼永遠禁止軍民人等仇視外國之諭旨。（十一）修改通商行船條約。（十二）改變總理各國事務衙門及各國公使覲見禮節。照會稱此議和大綱“極為持平，若中國不允從，或仍與磋磨……和局必致決裂”。奕勖、李鴻章則謂此照會：“詞議決絕，不容辯論……稍一置詞，即將決裂，存亡之機，間不容發”；又雲：“如蒙電旨諭允，以後撤兵、回鑾皆可次第就緒”。
27日，光緒特諭軍機大臣等，同意各國議和大綱十二條：覽所奏各條，曷勝感慨，敬念宗廟社稷，關係至重，不得不委曲求全，所有十二條大綱，應即照允。惟其中利害輕重，詳細節目，著照昨日榮祿等電信各節，設法婉商磋磨，尚寄稍資補救。該王、大臣等勉為其難，惟力是視（盡力而為）可耳。此後，清廷即於十二條議和大綱上簽字畫押，加蓋玉璽，於1901年初送交各國公使，和議大綱基本確定。此後是各部分之細節問題，共商討七十餘次，數月後才最後確定全部內容。於以上討論過程中，聯軍向晉、魯進犯，以爭取更多權益。
28日，清平苗民王老九反清起義，王為清軍捕獲。
本年，沙俄侵占中國東三省。在八國聯軍進攻京、津及自京津向華北各地野蠻侵略過程中，沙俄一方麵派軍參加對京、津之武裝侵略，另方麵又乘機派兵十一萬人，編成四個軍團，分兵七路，入侵中國東三省。中國軍民於各地奮勇抵抗，但損失慘重。8月3日，俄軍侵占哈爾濱。8月5日，俄軍侵占璦琿城，軍民一千五百餘人，抗戰殉國。8月25日，俄軍侵占齊齊哈爾城，將軍壽山自殺殉國。9月22日，俄軍侵占吉林省城，燒殺搶掠，奸淫婦女，銀元廠十萬兩白銀被搶劫大半。10月1日，俄軍侵占奉天。10月4日，侵占錦州，東三省完全淪陷於俄寇之手。
在俄軍侵略東三省過程中，東三省軍民奮起抵抗，俄軍進行瘋狂報複，製造海蘭泡和江東六十四屯大血案。海蘭泡位於黑龍江左岸，精奇裏江右岸，為兩江彙合處，原是中國的一個村莊，於1858年《璦琿條約》，被俄國奪為己有，中國農民仍居住其中。此地以後成為俄國阿穆爾首府，有中國僑民一萬五千人。本年7月15日，璦琿城清軍炮擊來犯俄軍艦隻，擊傷俄軍官兵七人。瘋狂已極之俄軍即遷怒於海蘭泡中國僑民，7月17日，逮捕海蘭泡中國居民四千餘人，趕至黑龍江邊，用大刀和刺刀狠命砍殺，一時間屍滿江中，江水盡紅，最後隻餘八十人衝過江右岸進入中國領土。大屠殺持續到7月21日，有五千餘中國人被無故屠殺，連幼兒也不饒過。
與此同時，俄寇又越過精奇裏江，將屠刀揮向江東六十四屯。江東六十四屯，位於黑龍江左岸（東岸）精奇裏江江口以南，南北長二百餘裏，東西寬九十餘裏，有中國人兩千餘戶，原是中國領土。1858年《璦琿條約》將六十四屯，劃歸俄國，但仍由原中國官員管理，原中國居民享有在該地區之永久居住權。俄軍在六十四屯逐屯燒殺，逃到江邊之中國居民難以渡江，又被趕來之俄國獸兵，亂槍射殺。血染江水，屍蔽江麵。
江右清軍，見之不忍，派軍渡江包抄俄軍後路，擊敗俄軍，並接回部分中國屯民。7月18日，俄軍又於博爾多屯槍殺中國居民千餘人，未能渡江的中國人，盡數被趕入江中淹死，數日後屍散江麵。江東六十四屯中國居民除少數被救出外，全部被俄軍殺光。海蘭泡、江東六十四屯大屠殺中，無辜的中國男女包括幼兒有七千餘名被屠殺，此即震驚世界之海蘭泡、六十四屯大血案。7月下旬，俄人又於三姓城屠城，城中男女老幼，一概殺光。不留一人，並將富克錦至三姓城沿鬆花江兩岸居民房舍盡行燒光。此段曆史我中華子孫凡有良知與血性者，均應牢記。
本年，孫中山論庚子事變前後民心之變化。論曰：“經此次失敗（惠州起義）後，回顧中國之人心，已覺與前有別矣。當初次失敗也（1895年乙未起義），舉國輿論，莫不目我輩為亂臣賊子，大逆不道，咒詛謾罵之聲，不絕於耳。吾人足跡所到，幾被識為毒蛇猛獸，而莫敢與吾人交遊也。惟庚子（1900年八國聯軍入侵）失敗以後，則鮮聞一般人之惡聲相加。而有識之士，且多為吾人扼腕歎惜，恨其事之不成矣。前後相較，差若天淵。吾人睹此情形，中心快慰，不可言狀，知國人之迷夢，已有漸醒之兆。加以八國聯軍之破北京，清帝後之出走，議和賠款九萬萬兩而後，則清廷之威信，已掃地無餘，而人民之生計，從此日蹙，國勢危急，岌岌不可終日，有誌之士，多起救國之思，而革命風潮自此萌矣。”
本年，榮氏兄弟（榮宗敬、榮德生）創辦保興麵粉廠。