出土的2000多枚印章上帶有文字符號，不少銅器、陶器上也刻有象形銘文。如果能夠破解這些文字，或許古城的秘密就可大白於天下。可惜至今也沒有人能讀懂這些文字，隻能對古城的消失做出種種互相矛盾的揣測。
持“人禍”觀點的人認為，由於統治者的殘暴統治和荒淫無度使得當地居民內部階級矛盾激化，自相火並。也可能是外族入侵，殺人毀城，使城市變成廢墟。被掘出的那麼多殘肢畸骸，就被認為是毀滅的證據。然而，征服者為什麼會舍棄如此漂亮的城市和富庶的印度河平原？還有摩亨佐-達羅周圍廣大地區的文明也隨之同時消失，竟然長達幾個世紀無人問津，又是怎麼回事呢？這些疑問得不到解釋，使人禍之說難以具有說服力。
於是有人從自然災害的方麵來找原因，似乎更有說服力。他們認為，前1700年前後，地球有過一個地震活躍期，曆史上許多城市都是在這個時期被毀滅了。印度河諸城被大地震毀滅後，森林遭到嚴重破壞，水土流失，氣候惡劣，河道淤塞，河床抬高，洪水頻繁，蝗蚊成災，瘟疫盛行，土地再也不能耕作，草場難以繼續放牧，幸存者很難養活自己，再也沒有力量重建家園，隻好背井離鄉，遷徙到遠方，另覓家園。支持這一觀點的論據似乎很多。摩亨佐一達羅古城的頹敗破落，城基地麵碎石累累，排水管道扭曲變形，都依稀可見猝不及防的災變情景。
還有一部分人也持天災說，但是與上述不同的是，他們認為摩亨佐一達羅毀於“球形閃電”。證據是遺址中有大量燒熔的石塊，整個城市有焚燒的痕跡。據科學家說，“球形閃電”是這樣形成的：由於宇宙射線和電磁場的作用，大氣中會形成一種化學性能非常活躍的威力。這些微粒會越滾越大，最終形成一顆顆極其危險的“球形閃電”。這種“球形閃電”聚集到一起，超過一定數量，放溢出毒氣，使古城中的居民中毒。如果這時候有一顆“球形閃電”積聚到極限了，就會引起爆炸。更加可怕的是，爆炸產生連鎖反應，會引發所有的“球形閃電”的大爆炸，衝擊波瞬間就會到達地麵，產生相當於原子彈爆炸的威力，摧毀一切建築物和生物。並且，大爆炸過後，產生的有毒氣體和化學輻射，將繼續在所到之處肆虐，將所毀之處徹底變成不毛之地。這樣就可以解釋印度河平原上的城市同時毀滅的謎團了。而且，這一假說還能夠從古時代的文學作品裏得到驗證。公元初流傳於世的印度古史詩中寫道：“一個令人目眩的天雷和無煙的大火，緊跟著驚天動地的爆炸。爆炸引起的高溫使得水沸騰了，水中的魚熟了。”
不過，“球形閃電”實在是太玄了，古今中外史書上還沒有哪個城市是毀於“球形閃電”的記載。現代科學史上也沒有這類記錄。據說，“球形閃電”爆炸的概率微乎其微。1910年在紐約、1984年在蘇聯都出現過這種閃電，大地灼亮，部分電路遭到破壞，但未引發更大規模的破壞。若要毀滅摩亨佐-達羅，至少要有3000多顆“球形閃電”同時爆炸，而要摧毀印度河流域文明，那麼“球形閃電”的數量該數不勝數了。所以，“球形閃電”說也是存在很多疑點的。
怎麼解釋摩亨佐-達羅古城為何突然人煙絕跡的問題，還需要人們不懈的努力，也許這是一個永遠也解不開的謎團。
米諾斯迷宮探秘
相傳遠古希臘克利特島上有個富裕強盛的米諾斯國，國王米諾斯是最高天神宙斯的兒子。王後與一頭公牛怪私通，生下一個牛首人身的怪物。牛首怪不食人間煙火，隻愛吃人，刀斧不入，橫行宮廷，國王對它毫無辦法，又怕丟醜，於是就命人建了座迷宮。這就是米諾斯迷宮。迷宮有無數通道和房間，牛首怪關進去以後出不來，而外人也難以進去。牛首怪每9年要吃7對童男童女，由臣服於米諾斯的雅典城邦國進貢。
這種情形直到雅典第三次進貢時才得以改變。雅典王子提修斯自願充當犧牲品。王子來到米諾斯迷宮，米諾斯公主對他一見鍾情，兩人相愛了。公主送他一團線球和一柄魔劍，叫他將線頭係在入口，邊走邊放線。王子在王宮深處找到了牛首怪，經過一場殊死搏鬥，終於用魔劍刺死了它。然後順原線走出王宮，攜公主返回雅典，從此，王子和公主幸福地生活在一起。
這個故事出自荷馬史詩《奧德賽》和古希臘的神話。世上真的有米諾斯迷宮嗎？直到1900年，英國考古學家在經過了25年的考古工作以後，終於發掘出了23300平方米的米諾斯迷宮遺址。在清理出無數浮土後，古王宮牆基重現於世人眼前。
米諾斯迷宮建於什麼年代，為什麼能夠保存得這樣完整？
古希臘文明源於愛琴海。克裏特文化是愛琴海文化的代表。早在公元前3640年，克裏特島居民就懂得使用青銅器。按曆史分期，公元前3000～前2100年為早期米諾斯文化。克裏特島麵積8336平方千米，是愛琴海最大島嶼。中期米諾斯文化時以島北克諾素斯城為中心建立了統治全島的奴隸製國家，並控製了愛琴海大部分島嶼和希臘南部沿海地區，是當時歐洲第一海上強國，因而有雅典進行活人犧牲祭祀之說。公元前1700年前後的一次大地震使島上建築大部分被毀壞。公元前1700年開始複建的米諾斯王宮更加雄偉壯麗。可是200年後，王宮忽然銷聲匿跡，米諾斯文化也突然中斷。