12月，莫紮特的第一個女兒誕生，可惜隻活了幾個月就夭折了。
12月底，海頓拒絕了布拉格的一份歌劇委托書，他說：“因為很少有人能和偉大的莫紮特相匹敵。”
他勸告布拉格人把莫紮特留下來，並且給他好的待遇，“因為假如不這樣做，偉大天才的故事就會麵臨悲哀的結局，這不利於鼓勵後起之秀為他們的事業作更大的努力，也容易使很多有希望、有前途的人受到挫敗”。但是，布拉格人顯然並沒有把他的勸告放在心上。
莫紮特作為皇家宮廷作曲家，主要工作就是為皇家舞會供應跳舞用的音樂。他照辦了，常常使用他歌劇中的曲調。這些官方的職責和義務妨礙了他的音樂會的預定日程，他隻寫了一首新作品供自己使用，就是第二十六號鋼琴協奏曲（K.537）。
他在兒童時期對音樂的嚴肅態度，已經擴展到他在演奏時不管是在家裏還是在舞台上，隻要有人發出聲音，他就馬上停止演奏。
1788年年初，他花了很多時間去籌備《唐·喬凡尼》在維也納的首次公演。他參與角色的選擇，甚至因為一位男高音演唱者覺得原來的抒情調太難唱，而重新寫了一首。
與此同時，他的對手和敵人們正積極地開展著反對他的活動。維也納的一些聽眾們也已經厭倦再聽到莫紮特的成功，而樂於看到他跌倒、失敗。
《唐·喬凡尼》於1788年4月在維也納首次公演，這是一次失敗的演出。
在音樂史上，沒有一首作品曾經獲得完全一致的讚揚。不管這首作品是如何的傑出。貝多芬的第九號交響曲、柴可夫斯基的小提琴協奏曲和布拉姆斯的第四號交響曲都曾受到權威評論家們的嚴厲批評，例如克勒拉·舒曼認為瓦格納的《特裏斯坦與伊索爾德》的序曲是他所聽過的最簡陋的東西。然而，人們仍很難想象《唐·喬凡尼》怎麼會在維也納遭到慘敗。
評論家們說，它太長，全劇充滿著多餘的東西，半音階以及不協調的和音太多，聽起來很受罪，而且過分注重滑稽，不夠莊重。
約瑟夫二世批評說，莫紮特的音樂“對歌手們的確是太難了”，雖然“這部作品是非凡的，甚至比《費加羅的婚禮》更美，但是這種音樂不太適合我們維也納人的胃口”。
這部歌劇在維也納上演了十五場之後，就銷聲匿跡了，而且在莫紮特的有生之年再沒有上演過。海頓拒絕參加這次趕時髦的攻擊，而聲稱“我所知道的隻是，莫紮特是現在活在世上的作曲家中最偉大的一位”。
這年夏天，莫紮特的性格發生了改變。《唐·喬凡尼》遭遇的失敗已經痛苦而明白地顯示出維也納社會的淺薄無知和反複無常。此時，康絲坦茲在生病，治療費用很貴。而莫紮特能夠得到的收入卻越來越少。
因為急需用錢，他寫信給一位是銀行家的共濟會會員邁克·普契博格說：“讓我直截了當地對你說，盼你能發出慈悲、友誼的心，借給我一兩千銀幣。”
在這之後，他又寫了第二封信說：“我可能無法很快地把這筆錢還給你。”
給普契博格的信繼續不斷地發出，總是一再地借錢，有時甚至隻借二十五元銀幣。
這期間，莫紮特搬了好幾次家，多半是搬到更小或更靠近郊外的地方。因為他實在沒有那麼多錢付昂貴的房租。現在莫紮特有了一個小花園，可以讓他在裏麵作曲，消磨現實生活裏越來越多的痛苦。
最後三首交響曲
在如此憂慮、抑鬱的情況下，莫紮特卻完成了一件傑出的作品，他從6月到8月一直不停地工作，這是他一生中的最後三首交響曲，第三十九號（K.543）、第四十號（K.550）和被叫做《丘比特交響曲》的第四十一號（K.551）。
這三首交響曲在莫紮特生前並沒有公開發布。因為它們不是他為了某一音樂會或某一顧客而寫，而是似乎有三首交響曲在他的腦海中，必須把它們寫出來，不管他能否聽到它們被演奏。隻要一寫出來，他就能聽到它們，就像失聰的貝多芬能夠“聽見”他的第九交響曲一樣。
這幾首曲子並沒有留下草稿，顯然是在莫紮特的想象中發展完成的，包括在《丘比特交響曲》結尾處的大型五部嬉遊曲，每一首都不同，各有特殊之處。第三十九號交響曲有成熟而豐富的聲音，並且以在一個樂句中途突然停下來的短而急促的圓號聲作為結尾。