5月底，莫紮特接到六十八歲的父親病逝的消息。
南妮爾不知是出於什麼樣的原因並沒有馬上告訴莫紮特這件事，等莫紮特知道的時候，別說是見父親最後一麵，就是參加父親的葬禮也幾乎成了不可能。
不管父子之間之前存在著怎樣的尚未消除的不快，這一刻莫紮特心裏記著的都是父親對他的愛和好。那些記憶流水般湧入莫紮特的腦海，他對父親的逝世感到十分悲慟。盡管父親有些缺點，幼稚而且喜歡吹毛求疵，但是他活在世間時，他為他的兒子做了自己能做的一切，指導、支持、宣傳，以及樹立偶像。
稍晚時候，與莫紮特有著良好關係的他的醫生也去世了。
這兩件接連發生的事情使莫紮特很悲傷，但是他似乎也從其中感悟到了更符合天主教徒的關於死亡的觀念，他寫道：“他們現在安息了！但願我們能高興地在另一個更美好的世界裏再度看到他們，隻可惜在那之前，我們是絕不會得到安息的。”
利奧波德死後不久，莫紮特和他姐姐的關係也就斷絕了。在莫紮特去世之後，南妮爾曾將莫紮特早年的很多詳細資料交給第一個為他寫傳記的人。關於1781年以後的情形，她告訴那個人：“你必須到維也納去查詢。”
10月，莫紮特和康絲坦茲前往布拉格，為他即將完成的新歌劇的演出做些準備工作。歌劇在排演時遇到很多困難，因為莫紮特的作品極為複雜，而且在歌唱、演奏方麵發生了問題。好在它們都被一一克服和解決。
《唐·喬凡尼》
1787年10月底，莫紮特的新歌劇《唐·喬凡尼》（K.527）首演，它的副題是《受懲罰的浪子》，基本以唐璜的故事為藍本。主角是一名風流成性的貴族，故事的一開始就是一宗凶殺案，喬凡尼殺死了他的朋友安娜的父親，因為在他企圖對安娜非禮的時候，她的父親衝出來保護了她。後來，這件事被安娜的未婚夫奧塔維俄知道了，他發誓要向喬凡尼複仇。
整個故事除了複仇這個線索之外，大部分篇幅講的是喬凡尼如何遊刃有餘地遊走在百花叢中，他性感而又有魅力，各種各樣的女人都被他迷惑，對他死心塌地。
幾百年來，人們對喬凡尼的感覺是矛盾的，一方麵譴責他的風流成性，一方麵又折服於他的魅力。
雖然這部歌劇整體說來是一部喜劇，但其中的一些部分讓人覺得十分激烈和狂暴。
它的最後一幕是一次晚餐宴會。各種角色悉數登場，人們要求喬凡尼為他之前做過的一切懺悔，可喬凡尼根本沒有絲毫悔改的意思。這時，超自然的力量出現了。在第一幕中已經死去的安娜的父親以一座雕像的形式獲得了新生，他抓住喬凡尼的手，要求他懺悔。這時的音樂變得陰沉，更令人害怕，那些升半音階和降半音階幾乎令人寒栗，就好像那些音符在脊椎骨上爬上爬下。
喬凡尼始終拒絕懺悔，他嘲弄地說：“不！”這時，火焰冒了出來，雕像領著仍在反抗的喬凡尼進入了地獄。
觀眾再一次對莫紮特那種能將人物性格和心理狀態用音樂描述出來的才能大感驚異。
這部歌劇裏的音樂強調主角們的曖昧、矛盾的情緒，以及人格的差異，其中流行的曲調和正統的抒情調相互配合，器樂的力量彰顯得淋漓盡致。這種音樂效果已超越傳奇性的範圍，屬於表現主義的作風。
人們對這部歌劇讚美不絕。一位評論者寫道：“鑒定家和音樂家們說，到現在為止，布拉格從沒有聽過這樣好的作品。”但是，可能是因為這部作品的故事有些荒誕不經，而且其中又包含了很多負麵的消極的東西，所以它也受到不少責難。盡管一再上演，而且的確非常成功，但並沒有像《費加羅的婚禮》那樣轟動。
債台高築
有人勸莫紮特留在布拉格，但是有兩件事使他必須回到維也納。康絲坦茲這時已經懷孕八個月，希望回家待產。另外莫紮特聽說，擔任皇家宮廷作曲家的格魯克已經去世。
莫紮特的才華和聲望使他成為繼任這個職務的不二人選，尤其是他在歌劇方麵取得巨大的成功之後。
11月，他回到維也納時滿懷著希望，他似乎已經接近他最大的成功了。他還年輕，正處於才華和靈感的鼎盛時期，有名望而又快樂，並且是多產的作曲家。但是還是有一件使他感到不安和緊張的事，那就是債台高築，另外莫紮特的健康情形也每況愈下。
莫紮特一回到家後，他所預測的事終於證實了，他的確被任命為格魯克的繼任人，但是薪水還不到他目前收入的一半。這個職位每年有八百元銀幣的薪水，而他從每部歌劇中可以得到五百元銀幣的報酬。約瑟夫二世在他最小的公主成年時，曾送給她一件禮物，價值高達九萬元銀幣。