不管怎麼說，桑傑嘉措對政事的處理還是非常果斷而且很有條理的，他沒有時間理會別人說他什麼。作為格魯派甘丹頗章政權的實際領導人，他不敢有絲毫的鬆懈，他心中最清楚，此時的他需要做什麼。
五世達賴喇嘛要送給倉央嘉措一件禮物。
這也是他的遺願，是為了西藏長治久安必須完成的任務，雖然，倉央嘉措並不知道。
桑傑嘉措想等自己老了，倉央嘉措長大成人了，他就要獨立挑起這副擔子，可是現在的他，沒有一點經驗，麵對著這樣的風雲變幻，他如何應對？如何才能成為一位佛學精湛的大師，有能力執政的時候，自己才可以放手。
現在，就是要用自己的能力給他創造學習的條件，為他保駕護航，並為他爾後的執政掃清重重障礙，給他鋪一條路，讓他順順當當地親政，做一位萬人敬仰的活佛，這，才對得起五世達賴喇嘛的厚恩。
桑傑嘉措隻要一有空閑的時候，便會仔細溫故過去看過的經書典籍，每次看到這裏，他都會啞然一笑。道理易懂，行動卻難。當一個人太執著地追求他想要的東西時，常常會變得偏激、固執，甚至充滿了毀滅性。就像噶爾丹為了權勢和野心，桑傑嘉措為了統一與和平是一樣的道理。
五世達賴喇嘛臨終交給他的任務，也是他一生堅持的計劃，那就是讓西藏長治久安。
固始汗是一個很有軍事頭腦的人，他在那個時期就已經意識到了清朝這股強大的力量，他肯定這股力量會興起。那時候固始汗正在和格魯派勢力共同對抗藏巴政權。固始汗意識到這種情況後，開始極力促使五世達賴與尚未龍興的後金政權加強聯係。
崇德八年（明崇禎十六年，1643年），固始汗遣使向滿清朝廷奏言：
“達賴喇嘛功德甚大，請延至京師，令其諷誦經文，以資福佐。”
順治九年（1652年）正月，固始汗再度“以勸導達賴喇嘛來朝，奉表奏聞”。
也就是這一年的十一月，五世達賴喇嘛率班禪活佛及固始汗的代表來到北京，受到順治帝的隆重接待，並齎送金冊、金印，封五世達賴喇嘛為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇旦喇達賴喇嘛”。
在此過程中，滿清朝廷也遣使進藏封固始汗為“遵行文義敏慧顧實汗”，指示他“作朕屏輔，輯乃封圻”，要他給清朝政權保衛邊疆，並把封給他的地區治理得平安和睦。自此，滿清朝廷正式肯定了固始汗對西藏地區的政治統治，並承認了達賴喇嘛作為西藏地區宗教領袖的尊貴地位。
正是這樣，矛盾隨之而現。表麵上看來，和碩特部是格魯派的救命恩人，他們進入西藏是為了給西藏實施政治庇護。格魯派則在和碩特部的扶持下一舉登上藏傳佛教界統治教派的寶座，雙方的關係堅不可摧。
但是透過這些外表現象可以看出，和碩特部蒙古勢力占據西藏之後就不打算走了，準備在這兒紮根，而且他們處處反客為主。這種做法與西藏本土勢力存在著難以調和的矛盾衝突。固始汗進入西藏實施統治以後，和碩特蒙古勢力就淩駕於本土勢力之上，儼然以老大哥自居。盡管此時的危機背景已經不存在，但是和碩特蒙古勢力卻對西藏統治似乎心安理得，這樣也為以後的反目成仇埋下了深深的隱患。
固始汗不是傻子，五世達賴喇嘛更是精明，他們怎麼可能看不出來這裏麵的玄機？表麵上雙方親和相處，可是格魯派早已對和碩特蒙 古勢力產生了不滿和戒備；而和碩特蒙古勢力則是越來越大，不安現狀，隻想拓展自己的地盤。
在格魯派勢力看來，當初要不是因為鬥不過綽羅斯部、要不是看中了格魯派在蒙古民眾中的宗教號召力、要不是達賴喇嘛還有可利用的政治價值，恐怕就算格魯派被人殺絕了，遠在天山北路的和碩特部也不會伸手來西藏管這單閑事的。在和碩特蒙古勢力看來，當初要不是我部鐵騎的英勇護法，你格魯派恐怕今天早就已經被噶舉派的勢力擠兌的無處容身了，作為你們的救命恩人，我們在這裏進行統治當然是順天應命、理所應當的。表象終究難以掩蓋政治交易中赤裸裸的利益企圖，當固始汗依然在世、和碩特部的英勇武功依然記憶猶新，而格魯派也還依然在修養恢複的時代。但是隨著雙方勢力的消長、隨著老一輩曆史見證人的相繼離世，各種猜忌、裂痕開始在缺少血與火考驗的後輩心中滋生蔓延了。