於是，康熙禦駕親征，討伐噶爾丹。
在康熙看來，噶爾丹就是小朋友，這個南征北戰的皇帝，什麼場麵沒有見過？
康熙的確很能打，清朝的鐵騎是不容小覷的，於是康熙一路節節勝利，追著噶爾丹打。噶爾丹也不含糊，一邊跑一邊還擊，可到最後發現，自己的隊伍越來越少，於是噶爾丹丟盔棄甲地後退，再不跑剩下的這點兒人也都沒了！
桑傑嘉措當時的處境非常尷尬，一方麵不能拋棄盟友不管不顧，想方設法保護噶爾丹；另一方麵，自己深知這樣做會與清政府為敵。
此刻的處境隻能選擇其中的一個，他考慮再三決定選擇保存噶爾丹的實力。於是他上奏皇帝，多次以達賴喇嘛的名義出麵調停，其實這一舉動在康熙皇帝看來和噶爾丹的叛亂本質上沒有什麼區別。
噶爾丹隻帶了幾千名殘兵敗將逃回新疆，這也要感謝桑傑嘉措的功勞，是他的調停才延緩了康熙出兵的時間，使他得以逃脫。
拿破侖曾經說過：
“我是我自己最大的敵人，也是我不幸命運的製造者。”拿破侖戰敗後，被流放在地中海的一個小島上，但是他奇跡般地逃了出來，並且集結了700多人的隊伍，一直打到了巴黎。可惜好景不長，滑鐵盧一役讓他再也沒有翻身的機會。
噶爾丹雖然不是拿破侖，但也不甘失敗，在遭受到毀滅性的打擊後不到一年，又糾集了一些人馬，反身回擊。
但此時大勢已去，民心向背，一交戰便節節敗逃，一個月內，部屬或逃或亡，剩下已不足千人。
這時候，他才感覺自己沒地方可去了，他想回到他的老根據地伊犁去，但是那裏的部屬已經被他哥哥僧格的兒子策妄阿拉布坦吞並了；他想退回到青海去，但是那裏的部屬也已經相繼叛離了；他派他的兒子塞卜騰巴爾珠爾到哈密去征調軍糧，又被回族人抓住了獻給皇帝；最後，他想到西藏區投奔桑傑嘉措，但是西路屯留軍已經阻絕了通路；皇帝還親率大軍緊追不舍。
眾叛親離的滋味兒，走投無路的處境，使他的野心完全破滅了，精神最後崩潰了。絕望之中，他終於在三月的一天，端起了一碗毒酒……噶爾丹出師未捷身先死，雖然興的是無名之師，但也夠讓世人感慨不已。
有人這樣評價過項羽，他是一個好漢，但絕對不是英雄，鴻門宴上的表現讓世人明白了，項羽這種人是成不了大業的，他的腸子，太直，雖然他是萬人敵……噶爾丹不是萬人敵，他與項羽比起來還相差很遠，但是他也締造一個不小的傳奇，盡管這個傳奇以悲劇收場。不知道噶爾丹死的時候在想什麼，有沒有一點兒悔過之心，或許，他一直認為自己的做法是正確的，唯一的遺憾，是天時未到而已。
我們姑且妄加猜測，因為曆史畢竟是曆史，有好多的答案，都埋在滾滾的黃沙中了。
噶爾丹自掘墳墓，埋葬了自己，這下可苦了桑傑嘉措，桑傑嘉措一直指望借助噶爾丹的勢力來驅逐西藏境內蒙古和碩特部勢力，這下，全然無望了。
1696年，噶爾丹戰敗，康熙皇帝龍顏大悅，還沒高興過來，一個戰俘告訴了他一個驚天的消息：五世達賴喇嘛竟然已經圓寂了十五年之久！而這一切，第巴桑傑嘉措從來沒有上奏過，而且還明目張膽地以五世達賴喇嘛的名義發號施令。這明顯是不把朝廷放在眼裏，這是不是和噶爾丹一樣，也試圖謀反啊？
盛怒之下，康熙皇帝下旨嚴厲訓斥了桑傑嘉措，在旨意中說：如果再不據實上報，陽奉陰違，就像平定噶爾丹一樣鏟除。
很快，桑傑嘉措接到了聖旨。聖旨限定了桑傑嘉措回複的日期，讓桑傑嘉措必須在期限內將五世達賴圓寂事宜的原委呈表清楚，請求罪責。
桑傑嘉措知道這層紙終於被捅破了，他慌了，連忙對康熙皇帝坦白。這道回折讓他費盡心思，不知道哪句話不夠尊敬或者有所隱瞞， 自己和自己的族人將要遭受噶爾丹一樣的大禍。經過幾天的思考，桑傑嘉措上奏了這樣的折子：
“匿喪的事情是遵照五世達賴喇嘛的遺囑辦理的，靈童早已找到，並一直在受正規的教育，但是占卜的結果是不便對外公開，鑒於現在的情況和最新一次占卜的結果，我們會立刻將靈童迎請到拉薩來，請皇帝陛下批準他坐床。”在奏折中還說道：
“必至相合之年歲始聞天朝皇帝及眾施主，現六世達賴喇嘛於康熙三十六年十二月二十五日坐床，乞皇上暫隱之，毋聞於眾。”