盛彤笙作為我國現代畜牧獸醫學的奠基人之一，早在獸醫研究室建立初期，就考慮祖國傳統動物醫學的研究，對中獸醫進行係統的整理提高，從而達到中西並舉、融會貫通的目的。為此，他特派蔣次昇到陝西戶縣的鄉間，學習總結著名老中獸醫專家崔滌僧先生的臨床診療經驗。崔滌僧在陝西有“活馬王”之稱，在當時機械化程度不高的情況下，役馬是城市運輸和農業生產中的主要動力，總結他的經驗，具有十分重要的意義。1957年，西北分院還在七裏河王家小廟舊址設立了家畜病院，聘請了崔滌僧老先生來院坐診，安排科技人員結合臨床實踐學習和總結崔老先生診斷治療家畜常見病、多發病的臨床診療經驗。後來，又將崔滌僧老先生調入獸醫研究室，在中獸醫研究所成立後，崔老先生還擔任過副所長。
我國的中獸醫診療技術在很多方麵比歐美一些發達國家的西獸醫技術要好，諸如民間廣泛流傳的家畜去勢術，小母豬和公雞的閹割術，中醫的正骨、接骨術，獸醫針灸術等都是我國傳統動物醫學所特有。盛彤笙看到了這方麵的優勢，提出應該很好地總結、繼承和深入研究。他派員到我國養豬業發達的四川、湖南、湖北、廣西、浙江等省調查和深入研究，在較短時間內就基本掌握了母豬和公雞的閹割術，並對其中的手法、器具和消毒方法進行了改進，從而使閹割術更趨完善，在此基礎上撰寫了圖文並茂的《家畜閹割術》一書，在全國推廣應用。同時還在家畜病院用中西藥結合的方法開展了馬騾起臥症、馬騾虛勞症、瀉泄症、家畜破傷風、豬喘氣病、羔羊痢疾、家兔疥癬等病的研究，均取得較好效果。1958年7月，在中科院西北分院獸醫研究室的基礎上，組建了我國第一個全國性的中獸醫研究機構———中國農科院中獸醫研究所。由於在地址、建築、人員、設備方麵有較充分的準備，所以中獸醫研究所才得以在短時間內順利建成。曆經50多年的建設，這所由盛彤笙策劃而建立的研究所，現在已成為人才濟濟、成果豐碩、學術一流的重要研究機構。
盛彤笙還把祖國的寶貴文化遺產推向了世界。1955年6月，他受中國政府派遣，參加在德國召開的世界獸醫會議。這次會議討論了防止國際間獸疫交叉傳播和現代獸醫學術發展方向等重大問題。盛彤笙就中國傳統獸醫學術在現代的運用和發展作了精彩的發言：
“各國同道，女士們，先生們，朋友們：
此次世界獸醫大會實乃獸醫界的盛事！我們當向各國同行學習，與同道交流，取彼之長，補我之短；揚我之長，補彼之短。積我多年之體驗：西方的獸醫，以生理解剖為其知，以顯微化驗彰其形，以化學藥物治療為其本，故其效速而其功倍。西方的現代獸醫教育，先鞭辟道而捷足先登，學科嚴密而無疏漏，實驗測定而數足信。然天各一方，地相遙遠，自然條件有別，水土造化養育，六畜品類各異。中華五千年文明史，獸醫亦源遠流長。中國獸醫之防疫，雖無現代的手段，卻有治病之絕招。牲畜乃無言，獸醫亦啞科，全憑獸醫一雙‘火眼金睛’，一個‘望’字，望其口鼻，望其毛色，望其表而知其裏。判斷病情全賴經驗之足；治療疫病全靠植物草藥。百草治百病，自然之療法使然，療效亦確切無疑，為世之首創。梓裏鄉間，走村進戶，串鈴響起，獸醫往來，流動施治，方便養畜，禁防傳播，利民利世。而欲建立現代獸醫之教育防治體係，必須建立規模之獸醫教育，建立專門家畜病院，建立現代實驗手段，建立解剖實證分析，建立係列統一標準，實行草藥與化學藥物相結合，顯其療效。中國中獸醫學術博大精深，我今天僅膚淺地說了一點皮毛而已，故中國獸醫亟待挖掘整理而發揚之，同理，我們也必須向各國獸醫同道借鑒學習，向現代獸醫邁步，共同攜手防疫病而惠蒼生。”
這一席話深得世界同行的讚賞，引起大家的興趣，有的要索取資料，有的還表示要派人到中國考察中獸醫的診療機理。
這一時期，是盛彤笙心情舒暢，工作得心應手的一個時期。不但在輕車熟路的畜牧獸醫研究領域，其他領域，他為中科院在西北的發展，也做了重要的奠基性工作。經過4年的努力，先後建立了十幾個研究單位和分支學科，專業人員達到460餘人。如果盛彤笙能繼續正常工作下去，很可能會成為他人生事業中的第三個黃金時期。
但是，現實生活中沒有“如果”。1957年夏季，隨著我國政治生活的急劇變化，盛彤笙也被拋入狂風惡浪，跌進了人生的穀底。