不特儀器如此，圖書也慘遭厄運。盛彤笙將來之不易的3000美元，通過上海龍門聯合書局向英美等國訂購了一批圖書雜誌，漂洋過海沒有出什麼問題，通過郵局從上海往蘭州托運的途中，到鄭州受阻，撂在站台上，聽憑風吹雨打，有10小包被丟失，有近一半的經典書籍因水濕黴爛或結成硬塊而不能使用。見到自己訂購的書籍慘不忍睹的模樣，盛彤笙心疼不已，氣憤難言，除了打一場沒有結果的筆墨官司，書局與郵局相互推諉外，盛彤笙隻好將有些勉強能用的水毀書籍送到七裏河的蘭州印刷廠重新裝訂，但損失已超過三分之一。
1947年4月，開始了獸醫館的修建。當年的蘭州，經濟落後，地產的東西很少，連學校辦公用的電報紙、白報紙等都要靠教育部分配，建築材料如水泥、鋼材等，全靠從南方購買運來，是年7月，盛彤笙親自在上海購得七噸鋼筋和鋼管，委托上海鐵路貨運所職員金誌豐用火車運到西安，再用汽車轉運到蘭州。那時從上海到西安的鐵路分屬津滬、隴海兩個鐵路局管理，輾轉幾個月於12月初方到鄭州。這時中原戰事激烈，隴海線中斷，貨物和委托人一時不知去向，在電報查詢時，上海鐵路貨運所竟否認有金誌豐其人。盛彤笙焦慮萬分，趕緊通過上海方麵派人持公文追查，找到金誌豐，方知貨物被存放在鄭州恒豐公司。而該公司因為時局艱難，很快就要散夥南下，催促貨主月底前提走，否則不負保管之責。情急之下，盛彤笙於是又致電在河南的一個熟人———豫中植棉區辦事處主任孟憲武，請他將貨物提出並妥為存放。第二年5月15日，派事務主任李學儒趕往鄭州。大家商量的意見是，既然隴海線、京漢線都不通，就將這批鋼材拉回南京，再裝船從水路運到重慶，然後用汽車運到蘭州，來個“後方大迂回”。
李學儒到鄭州後，四處兵荒馬亂，找不到任何運輸工具。盛彤笙急忙致電交通部董部長，請求予以幫助，交通部答複：“際此華中緊急戡亂，軍運繁重，其他一切公私物品路局無法疏運。”眼看著鄭州戰事愈來愈緊，盛彤笙急得五內俱焚，再次致電交通部，言明此學院由蔣主席手令創立，事關國防軍事大局，因建築校舍急需這批材料，“可否讓返程放空的車輛捎帶回南京”。這次電報引起了交通部的重視，很快複函“允速利用軍運回空車輛回運至京”。
但事情並沒有就此順利，據李學儒後來給學校的彙報信中稱，由於隴海線時斷時修，時修時斷，延宕至6月10日方從鄭州裝車，12日運到開封，誰知津滬線又告中斷，鐵路方麵應允隻能捎帶到徐州。於是，14日找人裝車，將這批材料送出，自己準備找汽車趕往徐州。還沒有走出開封，16日在這裏發生了一場國共之間的豫東大戰，第二天，李學儒所住的南關旅館附近巷戰激烈，他躲在旅館裏，連大氣都不敢出，四天中僅10個燒餅和1罐牛奶充饑。21日，雖然炮火仍未停息，但一想到鋼材下落不明，他顧不了許多，懷揣提貨的幾紙公文，連隨身的衣物以及皮箱、毛毯等行李都沒拿，隻身逃出城來。隻見南關已成一片廢墟，屍枕狼藉，滿城彌漫著臭味。步行逃到商丘，驚恐方定，商丘戰事又起，此時幸虧遇一返程軍車，出示公文後，將他捎帶到徐州，下車後第一件事是看看所運的鋼材是否拉到，當見到東西絲毫無損時，方出了一口長氣，向盛院長發出“汴脫險，安抵徐”的電報。
6月底，這批鋼材在隴海、津滬線上轉輾了一年時間，又回到了起點南京下關。幸虧這是一批鋼材，笨重難運，若是其他貴重物品，如此兵荒馬亂的年月，早已蕩然無存。後來，終因未能找到運輸工具，而使“從水路再走公路拉到蘭州”的計劃落空，直到1950年3月任繼周、陳士毅進修期滿，從南京將存放在那裏的七噸鋼材拉回。那時，伏羲堂早已竣工，自然派不上用場，後來用在家畜病院的修建上。