進入國立獸醫學院的黃席群，被聘為副教授兼院長辦公室秘書，承擔了講授英語和國語兩門課程。以他的才華，無論授國文、教英語、辦文案，均揮灑自如，得心應手。他的英語課程設計合理，井然有序，語言優美，語音流暢，再加上漂亮板書，講課極受學生們的歡迎。同時，他還兼任蘭州大學的英語副教授。後來學習蘇聯，大家突擊俄語，十分吃力，唯獨他觸類旁通，一天可記上百個單詞，很快又掌握了俄語，擔任俄語教師，反過來輔導大家的學習。他甚至能與各科的教師們合作，翻譯了200多萬字的家畜寄生蟲學、獸醫內科學、獸醫產科學的俄文教材。
可惜好景不長，1955年的“肅反”運動中，他因在國民黨中央通訊社工作等曆史問題被調離教學崗位，到學校圖書館工作，雖然允許他翻譯書稿，但不許本人署名。
1957年，厄運再度降臨。黨中央號召全國各界幫助共產黨整風，黃席群擔任了校鳴放委員會委員。因言論和曆史問題，被打成右派中級別最高的“極右分子”，在農場管製勞動。《甘肅日報》還點名對他進行了批判。1958年8月，學校宣布：“省委通知，黃席群開除公職，送夾邊溝勞動教養。”他將家小送回九江老家，自己背著一隻箱子，到酒泉夾邊溝勞改農場。這一天，是1958年8月10日。
夾邊溝勞教農場隸屬於甘肅省勞改總局，在酒泉城東北約30公裏外的一片浩瀚的沙漠之中。1957年底以後，開始作為右派分子的勞動改造之地。黃席群來到這裏時，已近50歲，每天挖排洪溝排堿，這對一個從來沒有幹過重活的人來說，實在是難以承受，而且每頓隻有3兩饃，所以別人一天能挖七八方土，他隻能挖一方。挖野菜別人一天挖幾十斤，他隻能挖一斤。別人每月能拿5角至2元不等的工資，他卻拿不上一分錢。幸虧兩個大的女兒大學畢業有了工作，為家庭分擔起“大養小”的任務，否則，一個嗷嗷待哺之家，真不知道如何生活下去。不特如此，在一年多的時間裏，他還經曆了數次驚險的生死劫難。
一天半夜，管教幹部通知他們將一輛陷在河裏的汽車拉回來。返回宿舍時，黃席群突然掉進一口沒有遮蓋的井裏，幸虧他慌亂之中用手抓住了井邊凸起的一塊磚，人們才將他拉了上來，否則掉下去就沒有命了。
還有一次是他外出勞動時，在大漠裏迷了路，轉來轉去一直找不到場部。天漸漸黑了下來，外麵野狼很多，要是再走不出沙漠，碰上餓狼就完了。這時，他的心幾乎提到嗓子眼上，正在慌不擇路之時，遠遠看見一線燈光，循光找去，有個教室，他連忙進到裏麵，在椅子上睡了一夜。第二天回到場部，同宿舍的人對他說：“我們還以為你被狼吃了！”那個年代，狼吃掉又能怎麼樣？
一次在外麵翻地，中午飯每人一個小饅頭，有個年輕人餓得慌，向他討要，他分給了半個，餓著肚子又幹了半天。回來後排隊點名，他忽然暈倒在地，別人以為他死了，這種事情過去經常發生，可誰知過了一會兒，他又自己爬了起來。
1937年在武漢時，有個算命先生為他算過命，說他“大樹落葉，不傷根木”。誰知倒真靈驗，幾次到了鬼門關都沒有進去，一年多以後，否極泰來。1959年7月，中央命令搶救高級知識分子，甘肅農業大學的黃席群、蘭州大學的副校長陳時偉、西北民族學院蒙古史專家謝再善三人點名受到照顧，被調到幹部灶吃飯。黃席群還被安排看守圖書館，以後又調到酒泉城裏的新生機械廠，幫助翻譯英文科技手冊，寫寫簡報和黑板報，每月還有32元的工資，這使他暗自慶幸。否則，在接下來的三年困難時期，像他的身體狀況，肯定葬身沙漠。要知道，當年關押在夾邊溝的3000多名右派，死在那裏的就有一半多！