50年代，青海省海西自治州海西駱駝場派代表來到西北畜牧獸醫學院，請求學校協助解決生產中的問題。於是，陳北亨開始了他的駱駝研究生涯。
駱駝，重要的畜種資源之一，中國的雙峰駝更是世界優良品種。從海西駱駝場牧工的介紹裏，陳北亨了解到駱駝在沙荒地區有著別的家畜所無法代替的作用。但是，長期以來由於駱駝繁殖生理方麵的一些關鍵性的難題沒有突破，使駱駝繁殖發展緩慢。要在海西駱駝場搞科學研究也有許多困難，因為這裏位於柴達木盆地東部茶卡鹽池的邊上，是個典型的半荒漠地區，長年風沙不斷，氣溫最低到零下三十多度。但他覺得發展養駝業是利用這些國土的措施之一，對於發展邊疆地區的經濟很有益，加上海西自治州科委願意在財力上給予支持，場裏的獸醫願意積極配合參加這項研究，陳北亨毅然決定，把茶卡定為研究駱駝的實驗基地。
從1963年開始，陳北亨帶著研究生到青海海西駱駝場，同該場科技人員貟誌賢、葛榮欣等一起，開展駱駝繁殖生理方麵的研究。1983年6月17日的《甘肅日報》上，記者燕樹桂在《他為獸醫科學填補空白》的通訊報道中是這樣描述陳北亨的研究工作狀態的：
“茶卡的生活是相當艱苦的，他們搞科研的時間，又恰恰是青藏高原一年中最冷的時間，從頭一年的十二月到來年的四月，每天早上起床，被頭上總要降一層白霜。就是在這種條件下，陳北亨給自己和助手嚴格製定了作息製度：每天天亮以前起床，天麻麻亮就工作，保證駝工能早點把牲口趕去放牧。清早，人們穿著老羊皮襖都感到冷，而陳北亨和助手卻在凜冽的寒風中，光著膀子給駱駝進行定時的直腸檢查。時間一長，皮膚皴裂，又疼又癢。為了觀察、記錄母駝的發情配種情況，他們有時要跟群放牧，為了詳細了解駱駝分娩的過程，他們要在風雪彌漫的草原上，晝夜觀察。”
經過連續三年的苦戰攻關，共進行了數千次檢查和試驗，終於完成了雙峰駝生殖生理的現場觀察和實驗。他們第一次發現了母駝發情排卵不同於其他家畜的特點，為提高駱駝的受精懷孕率提供了科學依據，並且對家畜的排卵機理有了新的發現，為駱駝實行人工授精打下了基礎。據駝場統計，駱駝自然交配，受胎率約為58%，海西駱駝場三隊采用陳北亨研究的方法，第一次配種後24小時再配一次，受胎率可增加到98%。他主持撰寫的《駱駝繁殖生理的研究》論文，1979年在蘇丹首都喀土穆召開的國際駱駝會議上宣讀後，被認為填補了國際上駱駝繁殖生理科學研究方麵的空白。這項研究1981年榮獲農牧漁業部技術改進一等獎，並獲埃及國家研究中心獎狀、獎章，國際科學基金會也為他繼續開展駱駝研究撥款一萬美元。
從1980年起，陳北亨又著手探討雙峰駝誘導排卵機理。這時他已年屆六十，但照樣打起行李，直赴青海茶卡，指導助手試驗。又是幾年的冰天雪地，又是幾年的忍饑耐寒，他們終於獲得了新的結論：公駝精清是誘導母駝排卵的主要因素。中國科學院動物研究所內分泌室用放射免疫分析法分析以後，進一步證實了他們的結論。陳北亨帶領團隊終於揭示和闡明了駱駝繁殖各環節的機理，建立了適合我國特點的凍精人工輸精技術，使雙峰駝的受胎率從自然配種的60%提高到了人工配種的90豫以上，而且在駱駝的遺傳改良、疫病防治等方麵也有重要意義。雙峰駝誘導排卵因素的探討課題，1984年獲農業部技術改進一等獎。
犛牛是高寒地區重要的家畜品種，我國犛牛的飼養量占世界犛牛總頭數的85豫以上，是我國養牛業的重要組成部分。陳北亨對犛牛的繁殖生理進行了係統深入的研究，闡明了犛牛繁殖的臨床特點，揭示了不同生殖階段主要生殖激素的變化規律，找出了監測和提高犛牛繁殖的有效方法，建立了犛牛生殖生理研究的理論體係，其成果填補了國內外空白。這些係列論文在《英國獸醫雜誌》等著名刊物上發表後，引起了世界學界的廣泛關注。